更多內容請訪問個人公眾號---KS科研分享與服務--- 接上節(jié)（跟著Cell學單細胞轉錄組分析(二):單細胞轉錄組測序文件的讀入及Seurat對象構建[http://mp.w...
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跟著Cell學單細胞轉錄組分析(三):單細胞轉錄組數據質控（QC）及合并去除批次效應
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R 實現方差分析
對于組數高于2組的，t檢驗不再適用，這時，方差分析適用 單因子方差分析（one-way ANOVA）We use the data,cholesterol,作為例子 完全隨機...
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基因組信息，snp，gblup，genomic
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PPI網絡實戰(zhàn):String加Cytoscape聯手挖掘PPI網絡
歡迎關注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網絡聚類算法可以從復雜的蛋白質網絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法...
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用cytoscape畫網絡圖經?？吹轿恼轮杏心欠N好漂亮的網絡圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網絡圖！ 看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈...
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GO分析1.最常用的在線網站David： https://david.ncifcrf.gov/home.jsp 然后用R進行可視化 good：可以自行篩選GO/KEGG進行可視化 T...
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Cytoscape作蛋白互作PPI圖由于之前提到軟件版本的問題，所以以下分享是基于Cytoscape3.7.2的~ step1：導入string_interactions.tsv 文件，法1：load； 法2：...
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2021-03-24 R語言畫柱狀圖先是畫一個這個圖 ，這個圖是根據p.adjust（也就是FDR）來排序的，我的代碼是按照queritem多少來排序的，顏色填充都是根據FDR來的 ##畫直方圖，先是數據集，設...
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2021-03-23 GO富集分析氣泡圖先在AgriGO[http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/specises_analysis.php?&SpeciseID=18&...
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已經做完GO enrichment,例如david結果, ggplot2可視化有一些已經做完了GO enrichment, 得到了結果，才發(fā)現很多軟件都是直接給gene list做富集。如果已經完成分析，照樣可以畫圖，代碼如下： 原始文件示例：Anno...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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2021-03-14 biomaRt 水稻轉換ID以及注釋
1、安裝 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManage...
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2021-03-12 R語言之安裝R與R Studio 以及 clusterprofiler R包1、安裝R 先安裝R語言，到官網https://www.r-project.org/[https://www.r-project.org/]，點擊download R，選擇鏡...
