前言 最近看一篇文章中提到 WSL 中已經(jīng)支持 Docker 運行了，最初不以為意以為還是千篇一律的標題黨 ( Docker Client + Docker Desktop ...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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WSL 中 Docker 使用總結(jié)
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（二）假設(shè)檢驗之——T檢驗假設(shè)檢驗也叫顯著性檢驗，是以小概率反證法的邏輯推理，判斷假設(shè)是否成立的統(tǒng)計方法，它首先假設(shè)樣本對應(yīng)的總體參數(shù)（或分布）與某個已知總體參數(shù)（或分布）相同，然后根據(jù)統(tǒng)計量的分布規(guī)...
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VCF文件INFO列的一些信息意義轉(zhuǎn)自：GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（下） QualByDepth（QD） QD是變異質(zhì)量值（Quality）除以覆蓋深度（Depth）得到的比值。這里的變異質(zhì)量值就是...
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應(yīng)該是版本原因，我測試的也是也遇到你說的那個問題，但是更換完pysam的版本就沒有問題了，pysam=0.11.2.2
VarBen：NGS變異數(shù)據(jù)模擬軟件
VarBen（Variant Benchmark） 2021年3月3號，來自 國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心、中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所等單位的研究人員開發(fā)了腫瘤突變數(shù)據(jù)模擬軟件V...
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pandas agg函數(shù)使用方法DataFrame.agg（func，axis = 0，* args，** kwargs） func : 函數(shù)，函數(shù)名稱，函數(shù)列表，字典{‘行名/列名’，‘函數(shù)名’} 使用指...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個時候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個自己的博客，xu...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗WGCNA：加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析，簡而言之，就是將基因劃分為若干個模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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@橙子嘿喲喂 40%可能不行，一般都是數(shù)據(jù)的問題，我的也是這個原因，人類的比對率高很多，其他物種可能也得75%多
比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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好的，感謝回復(fù)
比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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你好，想請教一下star比對結(jié)果的比對率比較低，只有50%多，*.Log.final.out文件中
% of reads unmapped: too short 的比率非常高，造成這種結(jié)果的原因是什么呢，謝謝！比對軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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可變剪切軟件CASH測試
可變剪切介紹： 什么是基因的可變剪切？ 有些基因的前體mRNA（pre-mRNA）通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體，這一過程稱為可變剪接（...
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R使用筆記: heatmap.2繪制熱圖筆記內(nèi)容：熱圖的應(yīng)用意義包的安裝scale的作用作圖細節(jié)：系統(tǒng)發(fā)生樹，label, color key的問題等補充：添加多行ColSideColors補充：heatmap.3...
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WGCNA學(xué)習(xí)筆記本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團：一文學(xué)會WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析）3.WGCNA分析，簡單全面的最新教程4.WGCNA實戰(zhàn)練習(xí)5.STEP6:W...
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達網(wǎng)絡(luò)進行可視化（cytoscape軟件的使用）WGCNA分析過程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
