STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開(kāi), https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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@許東 一般不會(huì)出現(xiàn)這種情況,你看看是不是參數(shù)設(shè)置出問(wèn)題了?
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總(個(gè)人分析記錄貼)0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫(xiě)introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái),后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控:fastp[https://git...
@1de241d8bbe1 感謝指出問(wèn)題
2020-01-23 RSEM轉(zhuǎn)錄組RNA-seq測(cè)序分析實(shí)操測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾 見(jiàn)上一篇論文 http://www.itdecent.cn/p/0a8461b1ea7a[http://www.itdecent.cn/p/0a84...
@3828fd8cf521 是的哦,或者找個(gè)linux計(jì)算機(jī)也行,因?yàn)楹芏嘬浖窃趌inux環(huán)境下使用的
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對(duì)及分析匯總(個(gè)人分析記錄貼)0_1 前言 有時(shí)間再詳細(xì)寫(xiě)introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來(lái),后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控:fastp[https://git...
(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附帶一個(gè)補(bǔ)充的bismark_methylation_extractor腳本,它對(duì)Bismark結(jié)果文件進(jìn)行操作,并對(duì)每個(gè)C進(jìn)...
比對(duì)軟件很多,首先大家去收集一下,因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T(mén),請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
Gephi 和網(wǎng)絡(luò)圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡(luò)圖工具:Gephi。 你可能沒(méi)聽(tīng)過(guò) Gephi,但說(shuō)起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data,一定不陌生。 在這兩款的數(shù)...
引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開(kāi)展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專(zhuān)欄。想要獲取更多教程...
1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合,它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式,并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
相似關(guān)鍵詞 背景RNA,環(huán)境RNA,RNA污染,游離RNAbackground mRNAs, ambient RNA, RNA contamination, cell fr...
單細(xì)胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
官網(wǎng):http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻(xiàn)參考:featureCounts: an efficient general purpos...
bedtools intersect可以對(duì)兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap,找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集,或者看很多...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 當(dāng)我們需要評(píng)估ChIP-seq類(lèi)測(cè)序數(shù)據(jù)的相關(guān)性時(shí),deeptools[...
@1de241d8bbe1 感謝指出問(wèn)題
2020-01-23 RSEM轉(zhuǎn)錄組RNA-seq測(cè)序分析實(shí)操測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾 見(jiàn)上一篇論文 http://www.itdecent.cn/p/0a8461b1ea7a[http://www.itdecent.cn/p/0a84...
BETA 網(wǎng)址: http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html 功能介紹 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備: peak bed file d...
CellChat三部曲1:使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來(lái)在簡(jiǎn)書(shū)寫(xiě)了一篇cellchat的中文介紹教程,然后R包作者也在B站做了直播介紹,cel...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...