前言 在各種RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中，我們幾乎都避不開(kāi)差異表達(dá)基因（DEGs）的分析。我們可以用氣泡圖，提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表達(dá)情況，而火山圖則是最直觀的表...
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單組火山圖和多組火山圖展示差異表達(dá)基因（DEGs） 2023-10-12 -
對(duì)于多表型數(shù)據(jù)如何利用limma包進(jìn)行差異基因分析
寫(xiě)在前面最近在做GSVA，做到我有點(diǎn)自閉，不是因?yàn)檫@個(gè)算法有多難，而是他所耗費(fèi)的時(shí)間有點(diǎn)夸張。加上校園網(wǎng)這兩天時(shí)不時(shí)“調(diào)皮”一下，做了兩次，等了四天，最后都白白浪費(fèi)了。其實(shí)后...
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maSigPro 處理時(shí)間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時(shí)間序列研究的是基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)行為，測(cè)量的是一系列和時(shí)間點(diǎn)之間有強(qiáng)烈相關(guān)性的過(guò)程。和針對(duì)某一時(shí)間點(diǎn)的基因表達(dá)進(jìn)行差異分析不同，時(shí)間序列更加關(guān)注是發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)的趨勢(shì)，以有助于理...
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小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解04-rRNA去除數(shù)據(jù)預(yù)處理之后是rRNA去除，這一步驟是可選步驟。 使用Hisat2去除數(shù)據(jù)中的rRNA的原代碼，摳出來(lái)看看： 一、rRNA序列下載 在之前的教程中，我使用的NCBI的rRN...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡(jiǎn)單流程，適用于初學(xué)者入門(mén)閱讀，從原始測(cè)序數(shù)據(jù)開(kāi)始，經(jīng)過(guò)質(zhì)控、序列比對(duì)、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達(dá)信息。...
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13.時(shí)間序列數(shù)據(jù)分析
利用implut 時(shí)間序列數(shù)據(jù)分析的部分綜述http://www.itdecent.cn/p/94520ce07c95[http://www.itdecent.cn/p/...
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4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對(duì)及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì)，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組差異分析及可視化關(guān)于RNAseq Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
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測(cè)序質(zhì)量分析 —— FastQCFastQC是一款依賴Java環(huán)境的高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具，目的是為高通量測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)提供一種簡(jiǎn)單的質(zhì)量控制檢查方法。它提供了一組模塊化的分析，在后續(xù)分析前，快速...
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RNA-seq入門(mén)（二）質(zhì)控及fastqc報(bào)告解讀一、質(zhì)控 前面我們從GEO下好了SRA數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換為fastq文件，現(xiàn)在需要對(duì)fastq文件進(jìn)行質(zhì)控，這里用的軟件為fastqc。首先建好文件夾用來(lái)存放數(shù)據(jù) fastqc 這步...
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一文讀懂FastQC Report前言：從今天開(kāi)始就開(kāi)始為拼裝轉(zhuǎn)錄組做準(zhǔn)備啦，今天聽(tīng)了技能樹(shù)組織的生信人論壇，感覺(jué)很有意思。特此聲明：本文所有代碼及文件經(jīng)通過(guò)本人親自實(shí)踐！絕對(duì)沒(méi)有副作用！當(dāng)然希望大家多提出寶...
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CentOS安裝Docker并配置Ubuntu容器
安裝Docker（略） 獲取鏡像docker pull ubuntu 啟動(dòng)容器docker run -it ubuntu /bin/bash啟動(dòng)容器以下命令使用 ubuntu...
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多變量孟德?tīng)栯S機(jī)化MVMR孟德?tīng)栯S機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] TwoSampleMR：兩樣本孟德?tīng)栯S機(jī)化[ht...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德?tīng)栯S機(jī)化孟德?tīng)栯S機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數(shù)據(jù)選取合適...
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【r<-ROC|包】分析與可視化ROC——plotROC、pROC在【r<-繪圖|ROC】ROC的計(jì)算與繪制這篇文章中我講了ROC曲線的本質(zhì)以及如何計(jì)算和繪制ROC曲線。注意，我這里談到的ROC并未曾涉及機(jī)器學(xué)習(xí)模型的擬合與預(yù)測(cè)，而是指存在...
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TCGA單基因或多基因表達(dá)ROC曲線在上一篇文章：?jiǎn)位蚍喊┍磉_(dá)箱線圖和配對(duì)箱線圖展示[http://www.itdecent.cn/p/cda81685fe6f] 中，我們講解了如何繪制單基因泛癌表達(dá)箱線圖...
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用R語(yǔ)言進(jìn)行連續(xù)型變量的網(wǎng)狀meta分析--詳細(xì)教程最近在后臺(tái)有不少讀者留言想要了解一下網(wǎng)狀meta分析，而我恰好前兩天幫一位醫(yī)生朋友處理了一次連續(xù)型變量的網(wǎng)狀meta分析，那么本文我將以其中的部分?jǐn)?shù)據(jù)為例，向大家詳細(xì)展示一下...
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hdWGCNA：?jiǎn)渭?xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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加權(quán)共表達(dá)分析總結(jié)
綜述 經(jīng)典的WGCNA分析用于疾病兩組比較的MEGENA用于兩組處理比較的DGCA整合工具CEMiToolCEMiTool的一段代碼如下: MEGENA使用
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[R語(yǔ)言]boxplot繪圖經(jīng)驗(yàn)總結(jié)箱線圖是統(tǒng)計(jì)分析里面最為重要且基礎(chǔ)的圖形，利用R語(yǔ)言繪制箱線圖是數(shù)據(jù)分析里必不可少的一環(huán)。這里我總結(jié)了面對(duì)不同情形時(shí)，繪制箱線圖的經(jīng)驗(yàn)。 這里只介紹利用基礎(chǔ)繪圖命令boxpl...