ceRNA 最近被玩的很多，構(gòu)建的方法很多，這個是我這幾天探索覺得比較好用也比較省力的，分享給大家。我已經(jīng)把代碼 數(shù)據(jù) 文件打包好了，在生信星球公眾號后臺回復(fù)ce657即可獲...
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從mRNA到ceRNA network -
Seurat4.0系列教程7：數(shù)據(jù)可視化方法我們將使用我們之前從 2，700個 PBMC 教程中計算的 Seurat 對象在 Seurat 中演示可視化技術(shù)。您可以從這里[https://github.com/sati...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler進行GS...
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三大經(jīng)典在線生存分析工具測評導(dǎo)讀 在腫瘤相關(guān)研究中，一張精美的生存分析圖，已經(jīng)成了腫瘤研究高分文章的標(biāo)配。好的臨床預(yù)后效果，往往在一定程度上決定了文章發(fā)表的層次。然而對剛剛拿到一個新基因的新手來說，生存...
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【軟件使用】PyMol入門教程主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標(biāo)）操作 1.認(rèn)識PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開PyMOL,點擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點...
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R|TCGA|m6AlncRNAm6A相關(guān)的lncRNA怎么進行計算？下面我們就來探究下 1.表達矩陣下載[#%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E7%9F%A9%E9%98%B5%E4%B8%8B%E8...
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細胞通訊分析【二】——CellChat分析結(jié)果可視化本期內(nèi)容同步發(fā)布于單細胞天地微信公眾號。 回顧——細胞通訊網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 前面的帖子中我們已經(jīng)成功地進行了細胞間通訊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，總的來看借助下面簡易的分析流程即可完成： 今天繼續(xù)介...
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神兵利器——單細胞細胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中，當(dāng)我們聚類分群完成之后，緊接著就是細胞類型注釋，細胞類型的注釋就離不開 基因marker ，即在目標(biāo)細胞類群和其它細胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達模式特征的基...
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細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯(lián)系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發(fā)生相互作用...
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學(xué)習(xí)小分隊分享單細胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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單細胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細胞分析中的NormalizeData()與ScaleData()區(qū)別在哪兒？今天又是入門單細胞分析的一天在單細胞分析當(dāng)中，我們會用到兩個函數(shù)：NormalizeData()和ScaleData()，這兩個函數(shù)的區(qū)別到底在哪兒？它們到底對我們的單細胞數(shù)...
