很久以前,我們在寫單細(xì)胞分析的時(shí)候,就寫過GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能夠分析基因集/通路的活性程度,具體的原...
很久以前,我們在寫單細(xì)胞分析的時(shí)候,就寫過GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能夠分析基因集/通路的活性程度,具體的原...
1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools,安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組:smart-seq2 參考資料: Smart-seq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記: http://www.itdecent.cn/p/23a8fcb1292...
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞,而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
文中會(huì)對(duì)遇到的問題進(jìn)行解答,圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明,對(duì)初學(xué)者比較友好,當(dāng)然知道實(shí)驗(yàn)部分會(huì)讓你對(duì)數(shù)據(jù)如何得來的有一個(gè)整體的把握,知其然而知其所以然,分析和解釋數(shù)據(jù)起來會(huì)更...
grep()能對(duì)向量中特定條件的元素進(jìn)行查詢,默認(rèn)return為index。grep()語法與grep()大致相似,但默認(rèn)return為logical。 grep() 代碼如...
簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能,可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖,主要依賴于Seurat V4,circlize,Compl...
經(jīng)常會(huì)遇到已經(jīng)有KO-number(代表基因家族信息)在各樣品中的豐度,如何轉(zhuǎn)換為level3等級(jí)的KEGG pathway(通路)豐度表呢? 目標(biāo)如下: 轉(zhuǎn)換為 首先你要通...
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中,每個(gè)KO 代表具體的一個(gè)功能。在生命活動(dòng)中,往往需要多個(gè)功能單位共同發(fā)揮作用,比如多個(gè)蛋白質(zhì)構(gòu)成復(fù)合體來發(fā)揮調(diào)控作...
適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一,本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程,具體原理和內(nèi)容不展開,主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
其實(shí)在前面也提到過Pseudotime分析,擬時(shí)間序列分析(Pseudotime分析)是通過構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來重塑細(xì)胞隨著時(shí)間的變化過程。從具體的分類分析和復(fù)雜程度來說,...
WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè):1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路,2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?;谶@兩點(diǎn),可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達(dá)相似性劃分為不同的模塊...
一般富集分析都是單個(gè)組基因集,但是當(dāng)有多個(gè)數(shù)據(jù)集的時(shí)候,一個(gè)一個(gè)分析比較麻煩,clusterprofile包可以實(shí)現(xiàn)多組分析,這里演示一下。我們使用單細(xì)胞數(shù)據(jù)構(gòu)建一個(gè)例子。 ...
WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis,即加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。它是一種分析多個(gè)樣本基因表達(dá)模式的分析方法,...
劉小澤寫于2020.5.15相信你看到這個(gè)問題,可能感覺很簡單,不就一個(gè)參數(shù)的問題嗎?下面來看探索(全程是基于pheatmap來做的) 首先構(gòu)建一個(gè)測試數(shù)據(jù) 然后最簡單的熱圖...
基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步,edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù),將對(duì)這個(gè)過程進(jìn)行梳理,讓你明白limma包的why,what,h...
前言 看了這么多期的 circos,都有點(diǎn)乏了,換換口味也是好的。 下面,咱就開始吧。 做生信分析,總是免不了要給基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換來轉(zhuǎn)換去。 方法 一般要進(jìn)...
導(dǎo)讀 HUMAnN(全稱HMP Unified Metabolic Analysis Network)最早由Curtis Huttenhower團(tuán)隊(duì)針對(duì)HMP項(xiàng)目開發(fā)的一款可...
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio,要更新library里所有包,一種方法是點(diǎn)擊Tools,選擇Check for Package Updates即可。 ...
CellChat 三部曲2:使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...