很久以前，我們在寫單細(xì)胞分析的時(shí)候，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基因集/通路的活性程度，具體的原...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化 -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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smart-seq2 實(shí)踐單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組：smart-seq2 參考資料： Smart-seq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記: http://www.itdecent.cn/p/23a8fcb1292...
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結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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16S從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會(huì)對(duì)遇到的問題進(jìn)行解答，圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明，對(duì)初學(xué)者比較友好，當(dāng)然知道實(shí)驗(yàn)部分會(huì)讓你對(duì)數(shù)據(jù)如何得來的有一個(gè)整體的把握，知其然而知其所以然，分析和解釋數(shù)據(jù)起來會(huì)更...
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R 函數(shù)筆記 | grep()函數(shù)與R語言中的正則表達(dá)式
grep()能對(duì)向量中特定條件的元素進(jìn)行查詢，默認(rèn)return為index。grep()語法與grep()大致相似，但默認(rèn)return為logical。 grep() 代碼如...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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KO豐度轉(zhuǎn)換為pathway豐度經(jīng)常會(huì)遇到已經(jīng)有KO-number(代表基因家族信息)在各樣品中的豐度，如何轉(zhuǎn)換為level3等級(jí)的KEGG pathway(通路)豐度表呢？ 目標(biāo)如下： 轉(zhuǎn)換為 首先你要通...
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KEGG Module 數(shù)據(jù)庫
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中，每個(gè)KO 代表具體的一個(gè)功能。在生命活動(dòng)中，往往需要多個(gè)功能單位共同發(fā)揮作用，比如多個(gè)蛋白質(zhì)構(gòu)成復(fù)合體來發(fā)揮調(diào)控作...
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
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【單細(xì)胞軌跡分析】monocle2其實(shí)在前面也提到過Pseudotime分析，擬時(shí)間序列分析（Pseudotime分析）是通過構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來重塑細(xì)胞隨著時(shí)間的變化過程。從具體的分類分析和復(fù)雜程度來說，...
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WGCNA實(shí)例分析及解讀（附代碼）WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?；谶@兩點(diǎn)，可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達(dá)相似性劃分為不同的模塊...
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Clusterprofiler多分組富集分析及可視化一般富集分析都是單個(gè)組基因集，但是當(dāng)有多個(gè)數(shù)據(jù)集的時(shí)候，一個(gè)一個(gè)分析比較麻煩，clusterprofile包可以實(shí)現(xiàn)多組分析，這里演示一下。我們使用單細(xì)胞數(shù)據(jù)構(gòu)建一個(gè)例子。 ...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis，即加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。它是一種分析多個(gè)樣本基因表達(dá)模式的分析方法，...
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熱圖如何去掉聚類樹的同時(shí)保留聚類的順序？劉小澤寫于2020.5.15相信你看到這個(gè)問題，可能感覺很簡單，不就一個(gè)參數(shù)的問題嗎？下面來看探索（全程是基于pheatmap來做的） 首先構(gòu)建一個(gè)測試數(shù)據(jù) 然后最簡單的熱圖...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對(duì)這個(gè)過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換前言 看了這么多期的 circos，都有點(diǎn)乏了，換換口味也是好的。 下面，咱就開始吧。 做生信分析，總是免不了要給基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換來轉(zhuǎn)換去。 方法 一般要進(jìn)...
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宏基因組 + 宏轉(zhuǎn)錄組分析工具：HUMAnN導(dǎo)讀 HUMAnN（全稱HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Curtis Huttenhower團(tuán)隊(duì)針對(duì)HMP項(xiàng)目開發(fā)的一款可...
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R及R包安裝、更新、卸載、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一種方法是點(diǎn)擊Tools，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...