準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋,使用prokka進(jìn)行注釋,獲得gff文件。參考我前一篇:autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡書 (jianshu.com)[...
Github: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用,有錯誤請指出,我立刻改正! 官方說明:https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
再冒昧的問一下,這樣畫出的樹用的方法和步長是多少????
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
你好像請問一下可以用數(shù)據(jù)庫中的注釋文件作為參考基因組,然后將二代得到的不完全組裝的scaffold文件和數(shù)據(jù)庫中下載的結(jié)合三代測序完全組裝的基因文件作為輸入文件一塊call snp嗎?然后再建樹,
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
@大壞蛋HYB 謝謝分享
核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運用首先,下載好基因組的完成圖(自己的也行,只要確保測序質(zhì)量夠好),先用prokka注釋完獲得*.gff文件(批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行),將gff文件放...
請問一下這樣提取出來的基因序列是全是cds序列嗎?小白不太懂??
核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運用首先,下載好基因組的完成圖(自己的也行,只要確保測序質(zhì)量夠好),先用prokka注釋完獲得*.gff文件(批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行),將gff文件放...
@大壞蛋HYB懂了, 謝謝!
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋,自動按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
那如果批量prokka注釋時需要增加一個complaint參數(shù),也是在第82行添加命令嗎?
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋,自動按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
@shenghuanjing 謝謝回復(fù)!
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
您好,有點好奇通過core.full.aln文件輸入gubbins并最終得到的樹文件是全基因組SNP進(jìn)化樹還是核心SNP進(jìn)化樹?我看官方文件里說core.full.aln是全基因組SNP比對文件,core.aln是fasta格式的核心SNP比對文件,
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
請問一下,為什么添加了環(huán)境變量,也更改了主文件ksnp3,為什么輸入命令還是報錯為未找到命令?謝謝
kSNP3尋找SNPs并構(gòu)建進(jìn)化樹1. kSNP3 安裝 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌,古菌...
受教了????
CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測方法:集錦規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌,古菌...