準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋?zhuān)褂胮rokka進(jìn)行注釋?zhuān)@得gff文件。參考我前一篇:autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[...
Github: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用,有錯(cuò)誤請(qǐng)指出,我立刻改正! 官方說(shuō)明:https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
再冒昧的問(wèn)一下,這樣畫(huà)出的樹(shù)用的方法和步長(zhǎng)是多少????
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
你好像請(qǐng)問(wèn)一下可以用數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋文件作為參考基因組,然后將二代得到的不完全組裝的scaffold文件和數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的結(jié)合三代測(cè)序完全組裝的基因文件作為輸入文件一塊call snp嗎?然后再建樹(shù),
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
@大壞蛋HYB 謝謝分享
核心基因提取:prokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用首先,下載好基因組的完成圖(自己的也行,只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好),先用prokka注釋完獲得*.gff文件(批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行),將gff文件放...
請(qǐng)問(wèn)一下這樣提取出來(lái)的基因序列是全是cds序列嗎?小白不太懂??
核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用首先,下載好基因組的完成圖(自己的也行,只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好),先用prokka注釋完獲得*.gff文件(批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行),將gff文件放...
@大壞蛋HYB懂了, 謝謝!
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
那如果批量prokka注釋時(shí)需要增加一個(gè)complaint參數(shù),也是在第82行添加命令嗎?
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件,并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果,.gff...
@shenghuanjing 謝謝回復(fù)!
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
您好,有點(diǎn)好奇通過(guò)core.full.aln文件輸入gubbins并最終得到的樹(shù)文件是全基因組SNP進(jìn)化樹(shù)還是核心SNP進(jìn)化樹(shù)?我看官方文件里說(shuō)core.full.aln是全基因組SNP比對(duì)文件,core.aln是fasta格式的核心SNP比對(duì)文件,
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
請(qǐng)問(wèn)一下,為什么添加了環(huán)境變量,也更改了主文件ksnp3,為什么輸入命令還是報(bào)錯(cuò)為未找到命令?謝謝
kSNP3尋找SNPs并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)1. kSNP3 安裝 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌,古菌...
受教了????
CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測(cè)方法:集錦規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌,古菌...