全網(wǎng)同名
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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我們已經(jīng)進(jìn)入一個(gè)嶄新的智能機(jī)器時(shí)代，在未來(lái)幾年內(nèi)，人工智能和機(jī)器人給世界帶來(lái)的影響將遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)個(gè)人計(jì)算機(jī)和互聯(lián)網(wǎng)在過(guò)去的30年間已經(jīng)對(duì)世界造成的改變。是謙遜地生存，還是傲慢地死去？智能機(jī)器將成為我們的奴隸，伙伴還是主人？
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利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋?zhuān)褂胮rokka進(jìn)行注釋?zhuān)@得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[...
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MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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備忘！<br>備忘！<br>備忘！
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Eggnog-mapper（2.1.7）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
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再冒昧的問(wèn)一下，這樣畫(huà)出的樹(shù)用的方法和步長(zhǎng)是多少????
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
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你好像請(qǐng)問(wèn)一下可以用數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋文件作為參考基因組，然后將二代得到的不完全組裝的scaffold文件和數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的結(jié)合三代測(cè)序完全組裝的基因文件作為輸入文件一塊call snp嗎？然后再建樹(shù)，
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
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@大壞蛋HYB 謝謝分享
核心基因提取：prokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用
首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好），先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...
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請(qǐng)問(wèn)一下這樣提取出來(lái)的基因序列是全是cds序列嗎？小白不太懂??
核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用
首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好），先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...
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@大壞蛋HYB懂了， 謝謝！
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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那如果批量prokka注釋時(shí)需要增加一個(gè)complaint參數(shù)，也是在第82行添加命令嗎？
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋?zhuān)詣?dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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@shenghuanjing 謝謝回復(fù)！
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
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您好，有點(diǎn)好奇通過(guò)core.full.aln文件輸入gubbins并最終得到的樹(shù)文件是全基因組SNP進(jìn)化樹(shù)還是核心SNP進(jìn)化樹(shù)？我看官方文件里說(shuō)core.full.aln是全基因組SNP比對(duì)文件，core.aln是fasta格式的核心SNP比對(duì)文件，
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
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男，某西北高校博士在讀，摸魚(yú)專(zhuān)業(yè)戶(hù)。
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請(qǐng)問(wèn)一下，為什么添加了環(huán)境變量，也更改了主文件ksnp3,為什么輸入命令還是報(bào)錯(cuò)為未找到命令？謝謝
kSNP3尋找SNPs并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
1. kSNP3 安裝 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
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CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測(cè)方法：集錦規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌，古菌...
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受教了????
CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測(cè)方法：集錦
規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌，古菌...
