生信博士生一枚，分享科研代碼，經(jīng)驗(yàn)。推文一般很長(zhǎng)，努力將一個(gè)問(wèn)題講全面，感謝你的耐心閱讀。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江西
-
Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程Dada 2 流程 DADA2數(shù)據(jù)處理不以序列相似度聚類(lèi)，只進(jìn)行去重（或相當(dāng)于以100%序列相似度聚類(lèi)），生成的是以ASV為單元的表格；Vsearch數(shù)據(jù)處理與Usearch...
-
R: adonis進(jìn)行permannovaadonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
-
通過(guò)ggplot2中stat_summary函數(shù)快速進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)如何靈活，快速地可視化置信區(qū)間、標(biāo)準(zhǔn)誤差以及變量的均值和中位數(shù) 本節(jié)將詳細(xì)介紹stat_summary函數(shù)的應(yīng)用,喜歡的小伙伴可以關(guān)注我的公眾號(hào)R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南[https...
-
宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
-
基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個(gè)基于pyhton寫(xiě)的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性的圖形，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
-
利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對(duì)應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個(gè)關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集，另一種就是解析...
-
利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫(xiě)有時(shí)候用endnote導(dǎo)入文獻(xiàn)后顯示的是期刊全稱(chēng)，而用到縮寫(xiě)時(shí)候就需要去一些網(wǎng)站上一個(gè)個(gè)搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
-
R語(yǔ)言繪制組間比較散點(diǎn)圖并自動(dòng)添加P值信息
查詢(xún)ggprism包使用時(shí)候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 注意兩個(gè)細(xì)節(jié)： tools::toTitleCase可以替換字符中每個(gè)單詞的...
-
宏基因組之基因豐度計(jì)算目前有兩種方式可計(jì)算宏基因組基因的豐度，一種是基于比對(duì)，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比對(duì)軟件，另一種是不比對(duì)快速估計(jì)基因豐度，可以用近倆年來(lái)流行的...
-
分析菌群基因水平轉(zhuǎn)移的信息學(xué)工具-MetaCHIP文章介紹 1| 標(biāo)題：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
-
Linux下bowtie2安裝(非conda)和配置
conda安裝更好，但這種方法也要學(xué)會(huì)，因?yàn)椴⒉皇撬熊浖伎梢詂onda安裝，如果要看conda下安裝NGS軟件，請(qǐng)看我以前的這篇：用conda安裝RNA-seq所需要的工...
-
linux中shell終端ls顏色配置
ubuntu中沒(méi)有LS_COLORS，/etc/目錄中也沒(méi)有DIR_COLORS，所以這里使用dircolor命令加以解決 1. 利用dircolors命令，查看我們的系統(tǒng)當(dāng)...
-
linux中Trimmomatic安裝與使用
trimmomatic是一款用來(lái)處理illumina測(cè)序數(shù)據(jù)的工具，可以是單條的single reads，也可以是成對(duì)的pairend reads。支持壓縮格式數(shù)據(jù)。功能和其...
-
-
大概是16S從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析最全流程了吧原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433[https://www.sohu.com/a/270075112_99971433]...
-
nr/nt taxonomy scientific name轉(zhuǎn)載原創(chuàng)作者：風(fēng)風(fēng)是超人原文鏈接：https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327[https://bl...
-
宏基因組分箱（五）Metawrap計(jì)算Bin豐度導(dǎo)讀 用Metabat2分箱的方法見(jiàn)：宏基因組分箱（二）Metabat2分箱實(shí)戰(zhàn)[http://www.itdecent.cn/p/72a60906d9a7]。本篇將展示用...
-
16S測(cè)序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類(lèi)”的方法尋找16S測(cè)序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID；最后一列放分組變量 二、R分析準(zhǔn)備 三、隨機(jī)森林...
-
宏基因組分箱（六）Prokka基因預(yù)測(cè)，注釋COG、EC、RNA導(dǎo)讀 prokka注釋細(xì)菌基因組，獲得該基因組的CDS、Gene、RNA、EC、COG等注釋信息。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
