1. 首先查看KEGG數據庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細說明查看如何拿到 KEGG數據庫的 hsa04650 Natural...
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老大讓復現的是一張韋恩圖,來自3個數據集,分別找每個數據集的差異基因,然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
摘要:新冠患者SARS-CoV-2 entry受體ACE2的表達比正常高了3倍,并與免疫細胞的干擾素表達相關。和中度患者相比,重癥患者顯示出更強的上皮細胞免疫細胞互作,引起免...
上節(jié)完成了擬時分析,剩下的內容就比較簡單了,只需要可視化。我們可視化一些一般文章中出現的圖。用到的文件是上節(jié)分析得到的cds文件。圖的主題可以結合ggplot2進行修飾。 先...
單細胞數據挖掘實戰(zhàn):文獻復現(一)批量讀取數據[http://www.itdecent.cn/p/c9da06d451b9]單細胞數據挖掘實戰(zhàn):文獻復現(二)批量創(chuàng)建Seu...
基本函數:sample_exp為不同年齡分組的表達矩陣 單細胞數據seurat_object:seurat_object_list為按照某個meta.data中的因素如cel...
從富集的結果中導出富集在通路中的基因 從GSEA富集的結果中導出富集在通路中的基因 從富集的結果中導出富集在所有GO中的基因 導出某個GO item中的所有差異基因 導出某個...
貝赫切特?。˙ehcet’s disease,BD),又名白塞病,是一種慢性血管炎,通常表現為復發(fā)性口腔/生殖器潰瘍和皮膚病變,以全身免疫異常為特征。然而,目前還缺乏對BD發(fā)...
第五節(jié):基因差異表達分析 在本節(jié)教程中,我們將介紹基因差異表達分析的相關知識。在單細胞數據分析中,差異表達分析可以具有多種功能,例如鑒定細胞群的標記基因,以及跨條件(健康與對...
好了,這一篇我們繼續(xù)分享單細胞空間聯合分析的文章,大業(yè)未完成,我們仍需要努力,參考文章在Spatiotemporal transcriptomics reveals path...
Single‐cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T‐cell sub...
1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法,用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
這里是佳奧! 我們進入到作者的GitHub下載一下代碼來看看吧。 1 作者原始代碼 當然,由于package的版本日新月異,除非安裝相同版本的package,我就不運行了,作...
單細胞繪圖系列: Seurat繪圖函數總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...