1. 首先查看KEGG數據庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細說明查看如何拿到 KEGG數據庫的 hsa04650 Natural...
IP屬地：黑龍江
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ReactomeDB 和KEGG兩個數據庫的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 區(qū)別 -
通過3個數據集取差異基因的交集復現一篇文中的韋恩圖
老大讓復現的是一張韋恩圖，來自3個數據集，分別找每個數據集的差異基因，然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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文獻學習006--[sc]單細胞測序揭示COVID-19嚴重性與呼吸道上皮和免疫細胞的相互作用相關摘要：新冠患者SARS-CoV-2 entry受體ACE2的表達比正常高了3倍，并與免疫細胞的干擾素表達相關。和中度患者相比，重癥患者顯示出更強的上皮細胞免疫細胞互作，引起免...
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跟著Cell學單細胞轉錄組分析(十):Monocle2擬時分析演示之結果可視化（下）
上節(jié)完成了擬時分析，剩下的內容就比較簡單了，只需要可視化。我們可視化一些一般文章中出現的圖。用到的文件是上節(jié)分析得到的cds文件。圖的主題可以結合ggplot2進行修飾。 先...
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單細胞數據挖掘實戰(zhàn)：文獻復現（五）細胞亞群并可視化單細胞數據挖掘實戰(zhàn)：文獻復現（一）批量讀取數據[http://www.itdecent.cn/p/c9da06d451b9]單細胞數據挖掘實戰(zhàn)：文獻復現（二）批量創(chuàng)建Seu...
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ggplot2繪制帶有顯著性分析的box plot
基本函數：sample_exp為不同年齡分組的表達矩陣 單細胞數據seurat_object：seurat_object_list為按照某個meta.data中的因素如cel...
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函數：導出富集在通路中的基因
從富集的結果中導出富集在通路中的基因 從GSEA富集的結果中導出富集在通路中的基因 從富集的結果中導出富集在所有GO中的基因 導出某個GO item中的所有差異基因 導出某個...
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單細胞分析揭示了C1q-high單核細胞對貝赫切特病的促炎作用貝赫切特?。˙ehcet’s disease，BD），又名白塞病，是一種慢性血管炎，通常表現為復發(fā)性口腔/生殖器潰瘍和皮膚病變，以全身免疫異常為特征。然而，目前還缺乏對BD發(fā)...
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NBIS系列單細胞轉錄組數據分析實戰(zhàn)（五）：基因差異表達分析第五節(jié)：基因差異表達分析 在本節(jié)教程中，我們將介紹基因差異表達分析的相關知識。在單細胞數據分析中，差異表達分析可以具有多種功能，例如鑒定細胞群的標記基因，以及跨條件（健康與對...
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10X單細胞空間聯合分析揭示病毒性心肌炎的發(fā)病機制好了，這一篇我們繼續(xù)分享單細胞空間聯合分析的文章，大業(yè)未完成，我們仍需要努力，參考文章在Spatiotemporal transcriptomics reveals path...
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怎么樣才算是完整的單細胞分析？為什么別人能輕輕松松6分+？
Single‐cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T‐cell sub...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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【單細胞轉錄組 實戰(zhàn)】十一、復現文章分析結果這里是佳奧！ 我們進入到作者的GitHub下載一下代碼來看看吧。 1 作者原始代碼 當然，由于package的版本日新月異，除非安裝相同版本的package，我就不運行了，作...
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單細胞密度散點圖的繪制單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
