1. 首先查看KEGG數(shù)據(jù)庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細(xì)說明查看如何拿到 KEGG數(shù)據(jù)庫的 hsa04650 Natural...
IP屬地：黑龍江
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ReactomeDB 和KEGG兩個數(shù)據(jù)庫的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 區(qū)別 -
通過3個數(shù)據(jù)集取差異基因的交集復(fù)現(xiàn)一篇文中的韋恩圖
老大讓復(fù)現(xiàn)的是一張韋恩圖，來自3個數(shù)據(jù)集，分別找每個數(shù)據(jù)集的差異基因，然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)006--[sc]單細(xì)胞測序揭示COVID-19嚴(yán)重性與呼吸道上皮和免疫細(xì)胞的相互作用相關(guān)摘要：新冠患者SARS-CoV-2 entry受體ACE2的表達(dá)比正常高了3倍，并與免疫細(xì)胞的干擾素表達(dá)相關(guān)。和中度患者相比，重癥患者顯示出更強(qiáng)的上皮細(xì)胞免疫細(xì)胞互作，引起免...
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單細(xì)胞軌跡分析
擬時間分析比較 http://genome.annoroad.com/News/Industry/1061.html https://mp.weixin.qq.com/s?_...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十):Monocle2擬時分析演示之結(jié)果可視化（下）
上節(jié)完成了擬時分析，剩下的內(nèi)容就比較簡單了，只需要可視化。我們可視化一些一般文章中出現(xiàn)的圖。用到的文件是上節(jié)分析得到的cds文件。圖的主題可以結(jié)合ggplot2進(jìn)行修飾。 先...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（五）細(xì)胞亞群并可視化單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（一）批量讀取數(shù)據(jù)[http://www.itdecent.cn/p/c9da06d451b9]單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（二）批量創(chuàng)建Seu...
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ggplot2繪制帶有顯著性分析的box plot
基本函數(shù)：sample_exp為不同年齡分組的表達(dá)矩陣 單細(xì)胞數(shù)據(jù)seurat_object：seurat_object_list為按照某個meta.data中的因素如cel...
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函數(shù)：導(dǎo)出富集在通路中的基因
從富集的結(jié)果中導(dǎo)出富集在通路中的基因 從GSEA富集的結(jié)果中導(dǎo)出富集在通路中的基因 從富集的結(jié)果中導(dǎo)出富集在所有GO中的基因 導(dǎo)出某個GO item中的所有差異基因 導(dǎo)出某個...
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單細(xì)胞分析揭示了C1q-high單核細(xì)胞對貝赫切特病的促炎作用貝赫切特?。˙ehcet’s disease，BD），又名白塞病，是一種慢性血管炎，通常表現(xiàn)為復(fù)發(fā)性口腔/生殖器潰瘍和皮膚病變，以全身免疫異常為特征。然而，目前還缺乏對BD發(fā)...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（五）：基因差異表達(dá)分析第五節(jié)：基因差異表達(dá)分析 在本節(jié)教程中，我們將介紹基因差異表達(dá)分析的相關(guān)知識。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，差異表達(dá)分析可以具有多種功能，例如鑒定細(xì)胞群的標(biāo)記基因，以及跨條件（健康與對...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析揭示病毒性心肌炎的發(fā)病機(jī)制好了，這一篇我們繼續(xù)分享單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的文章，大業(yè)未完成，我們?nèi)孕枰?，參考文章在Spatiotemporal transcriptomics reveals path...
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怎么樣才算是完整的單細(xì)胞分析？為什么別人能輕輕松松6分+？
Single‐cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T‐cell sub...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 實(shí)戰(zhàn)】十一、復(fù)現(xiàn)文章分析結(jié)果這里是佳奧！ 我們進(jìn)入到作者的GitHub下載一下代碼來看看吧。 1 作者原始代碼 當(dāng)然，由于package的版本日新月異，除非安裝相同版本的package，我就不運(yùn)行了，作...
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單細(xì)胞密度散點(diǎn)圖的繪制單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
