在使用FeaturePlot畫圖的時候會因為細胞太多存在一些細胞被覆蓋的現(xiàn)象,導(dǎo)致表達某基因的細胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_特定基因的細胞都展示在上層,從而...
在使用FeaturePlot畫圖的時候會因為細胞太多存在一些細胞被覆蓋的現(xiàn)象,導(dǎo)致表達某基因的細胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_特定基因的細胞都展示在上層,從而...
博文名稱:RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接:https://towardsdatascience.com/rna-v...
博主有沒有公眾號啊
通俗易懂WGCNA(2)正文 正文部分,我想盡可能的從原理出發(fā),講解WGCNA背后的大致邏輯。我盡可能的在這部分不介紹代碼,以免喧賓奪主般的干擾我們對于WGCNA原理的思考。 先簡單給個目錄,WGC...
適用背景 在單細胞分析中,必要的一步是對每個細胞進行注釋,這相當(dāng)于給每個細胞打個標(biāo)簽,或者說起個別名,這些信息都存在@meta.data信息里,所以不用特意去更改細胞名字,S...
玩轉(zhuǎn)單細胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
博主 有沒有后續(xù)呀 兩年沒更新了
如何優(yōu)雅的閱讀Seurat包20211109(周二)1.今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)scanpy單細胞分析包,走在路上想,我用seurat和scanpy的意義在哪里,多學(xué)一個軟件嗎?學(xué)習(xí)軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學(xué)會...
20211109(周二)1.今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)scanpy單細胞分析包,走在路上想,我用seurat和scanpy的意義在哪里,多學(xué)一個軟件嗎?學(xué)習(xí)軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學(xué)會...
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應(yīng)的坐標(biāo)? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞? 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
作者有沒有公眾號呀
2022-11-20周末隨記2022年11月20日 周天今天沒有想工作的任何事情,也沒開電腦,放空大腦,曬太陽,看閑書。初冬暖陽,如沐慈悲。我在想卷的這個事情,大家都在知識或者價值的隊伍中排隊,或者說,...
博主的微信公眾號是啥呀
單細胞ChIP-seq方法的比較寫在前面的廢話 這篇文章來自于一個舔狗的悲哀,謹(jǐn)以此文告訴大家莫當(dāng)舔狗…… 以上聊天記錄,就是整個故事背景。當(dāng)時我的內(nèi)心歷程: 我看過類似的文章欸,趕緊發(fā)出來展現(xiàn)一下我的閱讀...
參考學(xué)習(xí)資料:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
??作為生命科學(xué)的從事者,不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
博主公眾號名稱是什么呀
生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)(四):組裝軟件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組概念 基因組應(yīng)該指單...
寫在前面 以下內(nèi)容均來自菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培訓(xùn)班課堂筆記 1. Genome de nove 基礎(chǔ)知...
2022年11月20日 周天今天沒有想工作的任何事情,也沒開電腦,放空大腦,曬太陽,看閑書。初冬暖陽,如沐慈悲。我在想卷的這個事情,大家都在知識或者價值的隊伍中排隊,或者說,...
所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
這是因為在改環(huán)境變量的時候沒有配置正確的原因,需要在命令行寫: export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/...