在使用FeaturePlot畫圖的時候會因為細胞太多存在一些細胞被覆蓋的現(xiàn)象，導(dǎo)致表達某基因的細胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_特定基因的細胞都展示在上層，從而...
發(fā)簡信
IP屬地：天津
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FeaturePlot畫圖讓有表達的點展示在上方 -
RNA速率：細胞內(nèi)部的指南針博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
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博主有沒有公眾號啊
通俗易懂WGCNA(2)
正文 正文部分，我想盡可能的從原理出發(fā)，講解WGCNA背后的大致邏輯。我盡可能的在這部分不介紹代碼，以免喧賓奪主般的干擾我們對于WGCNA原理的思考。 先簡單給個目錄，WGC...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當(dāng)于給每個細胞打個標(biāo)簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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玩轉(zhuǎn)單細胞(7)：修改Seurat對象基因名稱玩轉(zhuǎn)單細胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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博主 有沒有后續(xù)呀 兩年沒更新了
如何優(yōu)雅的閱讀Seurat包
20211109（周二）1.今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)scanpy單細胞分析包，走在路上想，我用seurat和scanpy的意義在哪里，多學(xué)一個軟件嗎？學(xué)習(xí)軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學(xué)會...
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如何優(yōu)雅的閱讀Seurat包20211109（周二）1.今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)scanpy單細胞分析包，走在路上想，我用seurat和scanpy的意義在哪里，多學(xué)一個軟件嗎？學(xué)習(xí)軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學(xué)會...
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Seurat單細胞分析常見代碼-01
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應(yīng)的坐標(biāo)? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞？ 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
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作者有沒有公眾號呀
2022-11-20周末隨記
2022年11月20日 周天今天沒有想工作的任何事情，也沒開電腦，放空大腦，曬太陽，看閑書。初冬暖陽，如沐慈悲。我在想卷的這個事情，大家都在知識或者價值的隊伍中排隊，或者說，...
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博主的微信公眾號是啥呀
單細胞ChIP-seq方法的比較
寫在前面的廢話 這篇文章來自于一個舔狗的悲哀，謹(jǐn)以此文告訴大家莫當(dāng)舔狗…… 以上聊天記錄，就是整個故事背景。當(dāng)時我的內(nèi)心歷程： 我看過類似的文章欸，趕緊發(fā)出來展現(xiàn)一下我的閱讀...
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GeneOverlap: 用于基因Overlap的檢驗及可視化R包參考學(xué)習(xí)資料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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博主公眾號名稱是什么呀
生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（四）：組裝軟件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon
寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組概念 基因組應(yīng)該指單...
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生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（一）：基礎(chǔ)知識與基本思路寫在前面 以下內(nèi)容均來自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班課堂筆記 1. Genome de nove 基礎(chǔ)知...
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2022-11-20周末隨記
2022年11月20日 周天今天沒有想工作的任何事情，也沒開電腦，放空大腦，曬太陽，看閑書。初冬暖陽，如沐慈悲。我在想卷的這個事情，大家都在知識或者價值的隊伍中排隊，或者說，...
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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Linux中常規(guī)命令無法使用的解決方法
這是因為在改環(huán)境變量的時候沒有配置正確的原因，需要在命令行寫： export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/...
