DESeq2文庫標準化 問題1:調(diào)整文庫大小的差異 樣本1的read是樣本2的一半,樣本2中每個基因的read是樣本1的兩倍。這種差異不是生物學造成的,而是測序深度造成的。R...
DESeq2文庫標準化 問題1:調(diào)整文庫大小的差異 樣本1的read是樣本2的一半,樣本2中每個基因的read是樣本1的兩倍。這種差異不是生物學造成的,而是測序深度造成的。R...
如何要展示logFC的大小在通路圖里,這個cpd.data是不是可以理解為KO代謝物對應的gene的FC值
KEGG分析工具:pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫,它有助于研究者把基因及表達信息...
data(geneList,package="DOSE")是什么意思?geneList是哪里來的
構(gòu)建自己的R包--KEGG.db參考地址在使用clusterProfiler時,KEGG注釋包,可以自定義。畢竟許多物種的數(shù)據(jù)庫是不完善的。現(xiàn)在就自定義一個KEGG.db的包,用于KEGG注釋。 簡單快捷方...
作為前數(shù)學專業(yè)畢業(yè)生,學過的概率統(tǒng)計知識已經(jīng)忘記得差不多了,對于統(tǒng)計學的概念能清楚記得的也只有方差,標準差和均值了。正態(tài)分布只記得了一個曲線圖了,其他性質(zhì)什么的都不記得了。更...
單細胞數(shù)據(jù)標準分析Seurat流程: Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
把read比對到基因組之后,需要提取唯一比對來進行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令,所以需要對比對結(jié)果sam文件進行提取,可以通過sam...