DESeq2文庫標準化 問題1：調(diào)整文庫大小的差異 樣本1的read是樣本2的一半,樣本2中每個基因的read是樣本1的兩倍。這種差異不是生物學造成的，而是測序深度造成的。R...
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12高通量測序-DESeq2文庫標準化 -
如何要展示logFC的大小在通路圖里，這個cpd.data是不是可以理解為KO代謝物對應的gene的FC值
KEGG分析工具：pathview基本操作
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫，它有助于研究者把基因及表達信息...
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data(geneList,package="DOSE")是什么意思？geneList是哪里來的
構(gòu)建自己的R包--KEGG.db
參考地址在使用clusterProfiler時，KEGG注釋包，可以自定義。畢竟許多物種的數(shù)據(jù)庫是不完善的。現(xiàn)在就自定義一個KEGG.db的包，用于KEGG注釋。 簡單快捷方...
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前言科學-3D2Y<br><br>簡書博客<br><a href="http://www.itdecent.cn/u/599a9e91afc8" rel="nofollow" target="_blank">http://www.itdecent.cn/u/599a9e91afc8</a><br><br>CSDN博客<br><a href="https://blog.csdn.net/leadingsci" rel="nofollow" target="_blank">https://blog.csdn.net/leadingsci</a><br><br>微店：<br><a href="https://weidian.com/?userid=583316993&wfr=wx_profile" rel="nofollow" target="_blank">https://weidian.com/?userid=583316993&wfr=wx_profile</a>
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孫振球, 徐勇勇. 醫(yī)學統(tǒng)計學.第4版[M]. 人民衛(wèi)生出版社, 2014. 從R語言和統(tǒng)計學小白的過渡。。。 更加優(yōu)質(zhì)的閱讀體驗：https://x2yline.github.io/statistics_note/ 簡書不支持latex語法。。。
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《極簡統(tǒng)計學》-幫你快速入門統(tǒng)計學作為前數(shù)學專業(yè)畢業(yè)生，學過的概率統(tǒng)計知識已經(jīng)忘記得差不多了，對于統(tǒng)計學的概念能清楚記得的也只有方差，標準差和均值了。正態(tài)分布只記得了一個曲線圖了，其他性質(zhì)什么的都不記得了。更...
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視頻在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ，如果大家R語言能力不夠，就主要學習網(wǎng)頁工具 https://www.cbioportal.org/ 等等，如果R語言還行，就看代碼: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 如果確實有需要，還可以看看我們的付費內(nèi)容：地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html
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單細胞實戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細胞類型注釋單細胞數(shù)據(jù)標準分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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學習資料
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令，所以需要對比對結(jié)果sam文件進行提取，可以通過sam...
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淺淺的學習歷程<br>生信新手，打工人，搬運工。<br>像王子文一樣財務自由，才可實現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致，才可實現(xiàn)職業(yè)自由
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