導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“如何從Miseq測序數(shù)據(jù)中快速...
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16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取 -
轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個(gè)性化作圖
當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后，就可以進(jìn)行作圖了。 富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑，所以還是自己動手修改修改。 一、常規(guī)柱狀圖（...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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轉(zhuǎn)錄組下游分析——DEG和GO富集分析
??在進(jìn)行上游的轉(zhuǎn)錄組分析后，我們會得到基因的計(jì)數(shù)文件。通過該文件，我們可以進(jìn)行下游的DEG分析，獲得不同樣本的差異表達(dá)基因，并可以將這些基因富集到不同的生物學(xué)過程。 ??該...
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StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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R安裝xlsx問題解決在保存輸出結(jié)果時(shí)，一般是將文件保存為txt或者csv格式，如果想要保存成excel常用的格式xls或者xlsx時(shí)，則需要安裝xlsx包。安裝過程如下： 將程序包安裝入‘C:/...
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轉(zhuǎn)錄組丨limma差異表達(dá)分析，繪制火山圖和熱圖
limma差異表達(dá)分析 本篇筆記的內(nèi)容是在R語言中利用limma包進(jìn)行差異表達(dá)分析，主要針對轉(zhuǎn)錄組測序得到的基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行下游分析，并將分析結(jié)果可視化，繪制火山圖和熱圖 [...
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?? funkyheatmap | 用這個(gè)包來完美復(fù)刻N(yùn)ature Biotechnology的高顏值神圖吧！~寫在前面 天氣開始暖和了??，發(fā)現(xiàn)旅游的人好多??！~?? 不知道自己什么時(shí)候能有時(shí)間出去看看外面的世界，實(shí)在是太忙了。?? 最近用到的有個(gè)包感覺很不錯，分享給大家，funkyhe...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作圖！featureCounts是一個(gè)用來統(tǒng)計(jì)count數(shù)的軟件，運(yùn)行的速度飛快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先說一下怎么下載這個(gè)軟件： 然后來說這次的流程...
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雙曲線火山圖一鍵拿捏日常瞎掰 ??火山圖作為展示差異基因的首選，可以說是生信分析常見的圖形了。常規(guī)的火山圖會在x、y軸方向上添加垂直參考線，以方便區(qū)分滿足閾值的差異基因。常規(guī)的火山圖這里就不多了...
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RNA-SEQ(六)：KEGG富集分析及可視化題目：對篩選得到的差異基因做KEGG富集分析。 目的：富集分析給定的基因集對哪些功能的影響有針對性的，不是隨機(jī)影響的。 內(nèi)容：1. 將篩選出的基因集導(dǎo)入網(wǎng)頁，就可以得到結(jié)果。...
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基因序列結(jié)構(gòu)圖這個(gè)圖是從HGVS網(wǎng)站看到的，算是一個(gè)比較全面的對基因結(jié)構(gòu)的介紹了： 從這個(gè)圖發(fā)現(xiàn)，原來 UTR 是外顯子的一部分。這個(gè)圖很好的說明的splicing位點(diǎn)，包括剪接供體位點(diǎn)和...
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跟著Nature Genetics學(xué)畫圖：R語言ggbio包畫基因結(jié)構(gòu)圖論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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Trizol法提取RNA及RNA純度判斷Trizol 提取RNA的步驟和注意事項(xiàng) 提取原理 Trizol可以破壞細(xì)胞使RNA釋放出來的同時(shí)，同時(shí)使RNA酶變性失活，保護(hù)RNA的完整性。Trizol的主要成分為異硫氰...
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熒光定量PCR引物設(shè)計(jì)設(shè)計(jì)熒光定量PCR引物的一般原則 1. 引物長度為20或21 bp； 2. 避免引物中連續(xù)出現(xiàn)5個(gè)或以上相同堿基，例如AAAAA或GGGGG； 3. 每條引物兩端的堿基最好是...
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R語言繪制精美漂亮截?cái)鄨D教程 | 代碼重復(fù) | （收藏篇）R語言繪制精美漂亮截?cái)鄨D教程 | 代碼重復(fù) | （收藏篇）[https://www.zhihu.com/zvideo/1474155001073774592] R語言繪制截?cái)?..
