SMC++ 是分析種群歷史的一個(gè)軟件，主要用在重測(cè)序數(shù)據(jù)分析中。 git地址 GitHub - popgenmethods/smcpp: SMC++ infers popul...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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fastq污染源檢測(cè)參考： 生信：2：sam格式文件解讀[https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972]FastQ S...
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基因組重測(cè)序分析干貨### 一般從測(cè)序公司拿到的下級(jí)數(shù)據(jù)有raw data，或者經(jīng)過質(zhì)控之后的clean data，格式為fq。參考基因組及注釋文件gff從網(wǎng)上下載。分析流程如尾圖所示。 分析軟...
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二代測(cè)序序列拼接：fastp
對(duì)于PE數(shù)據(jù)，fastp通過-m/--merge選項(xiàng)實(shí)現(xiàn)拼接模式。-m, --mergefor paired-end input, merge each pair of re...
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序列比對(duì)軟件 MUMmer 結(jié)果文件解讀（三）該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對(duì)程序 nucmer 的使用，計(jì)算操作見前兩篇推文； 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
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使用MAKER進(jìn)行注釋: 學(xué)習(xí)MAKER的配置參數(shù)
MAKER配置文件詳解 本文翻譯自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
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samtools: sortsamtools sort [options] input.bam 僅可對(duì)bam文件進(jìn)行排序默認(rèn)對(duì)最左側(cè)坐標(biāo)進(jìn)行排序處理后會(huì)在header中加入相應(yīng)的行默認(rèn)輸出格式是bam，...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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R語(yǔ)言z-score轉(zhuǎn)p.value
z-score計(jì)算方法為：Z =（x-μ）/ σμ為均值，σ為標(biāo)準(zhǔn)差。 以下是R中將z-score轉(zhuǎn)為p.value的方法： pnorm(q, mean = 0, sd = ...
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基因流分析——D統(tǒng)計(jì)基本概念 基因滲入(introgression)： 是在遺傳學(xué)中，指兩個(gè)基因庫(kù)間的基因流動(dòng)，通常是經(jīng)過種間雜交產(chǎn)生?；驖B入是一個(gè)長(zhǎng)期的過程，它可能需要許多代雜交才能產(chǎn)生回交...
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treemix使用2021-03-11
一、vcf文件格式轉(zhuǎn)換 轉(zhuǎn)換成plink格式 注意：plink2treemix.py[http://plink2treemix.py]從https://bitbucket.o...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非...
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ggplot2之文本換行在做基因富集時(shí)，有些通路特別長(zhǎng)，以至于使圖片的大小不好控制，這種情況可以用stringr包的str_wrap來完成文本自動(dòng)換行。如使用clusterProfiler的barp...
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構(gòu)建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)目前只支持19個(gè)物種，如果要對(duì)這些物種之外的物種進(jìn)行富集分析則需要自己構(gòu)建orgDb物種包。 1.首先安裝eggnog-m...
