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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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收集一些R語言相關(guān)的報(bào)錯(cuò)和解決方案。如果有些問題你無法處理，歡迎整理問題發(fā)送到xuzhougeng@163.com
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CentOS上由libgfortran.so.4引起的R包igraph安裝問題
在R發(fā)布了3.6.1之后，我在我的CentOS服務(wù)器上編譯了這個(gè)版本的R語言，隨后就是開始安裝各種R包。在安裝clusterProfiler時(shí)，其中的一個(gè)R包igraph安裝...
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本小推車專門推各種perl相關(guān)的基本語法介紹，資源，應(yīng)用。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? perl基本語法，比如和python語法的區(qū)別 ?? perl上下文，比如將列表賦值給標(biāo)量會(huì)發(fā)生什么 ?? perl特殊變量，比如$_ $/ $\ ?? perl入門，比如循環(huán)，常見的正則使用等 ?? perl進(jìn)階，比如引用，比如map grep等 ?? perl高級，比如命名空間，繼承，閉包等 ?? perl的單行程序，比如與linux的各個(gè)工具搭配 ?? perl常用模塊，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖，比如svg模塊，GD模塊，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6） 備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題 『碼神之路：perl篇』 中找到。這個(gè)專題對我的幫助很大，感謝這位簡友
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生信~一天學(xué)會(huì)Perl，你相信嗎？劉小澤開始寫于19.7.31寫這個(gè)是因?yàn)榭吹烬埿墙坛淌褂昧舜罅康膒erl腳本，動(dòng)輒4、5千行，例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對與samtoo...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載，索引下載，比對，比對質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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2019-06-27 scenic: single-cell regulatory network inference and clustering
title：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal：Nature me...
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生信必備生物知識(shí)
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札記分享：生物信息學(xué)，統(tǒng)計(jì)學(xué)，算法。。。。。。
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作為生信菜鳥，雖然之前用 R 畫了不少圖，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)，感覺 R 的知識(shí)不系統(tǒng)，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語言。在這里把讀書筆記整理出來，入門書籍包括《R 語言編程藝術(shù)》、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》、《R 語言實(shí)戰(zhàn)》、《R 語言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》。
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記錄數(shù)據(jù)分析過程中遇到的那些讓我漲知識(shí)的坑，生信札記
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、加工、存儲(chǔ)、分配、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
