發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來源，...
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講的蠻好的啊
2024-11-09 | 孟德爾隨機(jī)化分析
一、孟德爾隨機(jī)化（Mendelian Randomization， MR）的原理 隨機(jī)對(duì)照實(shí)驗(yàn)（RCT）一般被認(rèn)為是明確因果關(guān)系的金標(biāo)準(zhǔn)。其要求研究對(duì)象隨機(jī)分組，為減少偏倚，...
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使用scanpy進(jìn)行高可變基因的篩選
作者：童蒙編輯：angelica 代碼解讀scanpy又來啦，不要錯(cuò)過～～今天我們講的是：高可變基因的篩選。 函數(shù) scanpy.pp.highly_variable_gen...
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scATAC數(shù)據(jù)分析的正確打開方式-Signac
簡(jiǎn)介 單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是近十年最偉大的科學(xué)進(jìn)展之一，其涵蓋多方面的內(nèi)容。scRNA-seq想必大家都較為熟悉，但是scATAC-seq出現(xiàn)在大家印象中的次數(shù)并不多，但是這種現(xiàn)象...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)（更新版）更多重要函數(shù)見：Seurat重要命令匯總[http://www.itdecent.cn/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結(jié) 在使用R語言進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)...
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SCTransform：?jiǎn)渭?xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個(gè)函數(shù)用來對(duì)數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個(gè)函數(shù)可以代替三個(gè)函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉(zhuǎn)化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲(chǔ)的文件格式有10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom：10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會(huì)得到矩陣的三個(gè)文件：matrix.mtx...
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技術(shù) | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序之10x Genomics10X Genomics 是一個(gè)綜合的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，可以應(yīng)用于多種單細(xì)胞測(cè)序上，包括Single cell gene expression, Single cell I...
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Signac::Enhence_CoveragePlot 的參考實(shí)現(xiàn)方案效果圖 Signac中的 CoveragePlot是一種用于展示基因組覆蓋度的圖形工具，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會(huì)發(fā)現(xiàn)，我們?cè)诤鸵惶仔碌睦砟畲蚪坏?。在這套理念中，對(duì)象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬。我們對(duì)一張表是熟悉的，Excel極大...
