最近開始使用RSS服務(wù)，為我節(jié)省了不少時間，而且可以關(guān)注自己喜歡的新聞，博客，作者，網(wǎng)站等，比較私人。心血來潮，想跟大家分享一下，先整理最近使用的這些，因為對美食/教育/健康...
發(fā)簡信
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【不定期更新】RSS優(yōu)質(zhì)的訂閱源
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表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理，最簡明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽到一個詞Call Peak。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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ComplexHeatmap復(fù)雜熱圖繪制學(xué)習(xí)——5.圖例圖例 默認(rèn)情況下，熱圖和簡單注釋會自動生成圖例，生成的圖例放在熱圖的右側(cè)。復(fù)雜注釋沒有圖例，但可以手動構(gòu)建和添加它們。所有圖例都是由構(gòu)造函數(shù)Legend()內(nèi)部構(gòu)造的 。在后...
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單細(xì)胞測序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的預(yù)處理與質(zhì)控前兩期scRNA-seq分享講到了測序的原理、應(yīng)用以及測序方法，今天就進(jìn)入了數(shù)據(jù)分析階段了。scRNA-seq 與 bulk -RNA-seq 同樣是RNA的通量測序數(shù)據(jù)，在...
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SCTransform：單細(xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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Seurat::DotPlot繪圖美化-facet方法添加X軸注釋標(biāo)簽獲取Seurat氣泡圖的繪圖數(shù)據(jù) 創(chuàng)建x軸分類標(biāo)簽注釋 將注釋添加到data.usage方便繪圖調(diào)用 根據(jù)需求重排y軸繪圖標(biāo)簽順序 重繪氣泡圖并基于facet分面方法為x軸添...
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【R>>barplot】堆疊柱狀圖+百分比展示看文獻(xiàn)是經(jīng)常發(fā)現(xiàn)有堆疊柱狀圖+百分比展示的例子，下面就來復(fù)現(xiàn)下這樣的圖形。下圖中的C圖。 以IMvigor210免疫治療隊列數(shù)據(jù)為例： 1.輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)rt是兩個因子變...
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FindVariableFeatures
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制，如多數(shù)據(jù)熱...
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GATK 4.1.9.0 CreateSomaticPanelOfNormals 報錯及解決辦法使用GATK 4.1.9.0 分析單個個體（具有一個或多個腫瘤樣本）體細(xì)胞變異Somatic short variant discovery (SNVs + Indels)[...
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理論 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差異表達(dá)分析時，經(jīng)常會用DESeq2這個包，但一直沒有深究其分析的統(tǒng)計流程。因此，在這里記錄一下DESeq2校正基因表達(dá)的方法 -- 比率中值法。 開篇明義，比率中值...
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構(gòu)建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
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非root用戶配置VS Code Remote-SSH - - windows系統(tǒng)（一次比較艱辛的“摸魚”過程，但成功免密連接遠(yuǎn)程服務(wù)器之后感覺很不錯?。。。?1、效果圖 先領(lǐng)略一下最終的效果， 可以在 中創(chuàng)建、刪除、編輯服務(wù)器端的文件，當(dāng)然也有 的命令行...
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VS Code進(jìn)行遠(yuǎn)程R開發(fā)還在苦惱服務(wù)器版的RStudio只能開啟一個session嗎？ 還在苦惱服務(wù)器端的原始R Console沒有代碼補(bǔ)全、高亮嗎？ ，輕松解決以上問題！ 1、部署Remote-S...
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聊UCSC xena的數(shù)據(jù)下載問題作者：白介素2 UCSC xena數(shù)據(jù)存儲中心總覽 UCSC xena的數(shù)據(jù) 存儲倉庫主要包括的數(shù)據(jù)有以下這些： TCGA hub Pan-Cancer Atlas Hub ...
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featurecounts的使用說明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻(xiàn)參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
