在單細胞轉錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機制[http://www.itdecent.cn/p/f270b9431427]里面看到計算某基因與其它基因的相關性 方法里寫的是這樣做...
特別有用的分享,感謝
plot1cell:優(yōu)雅的可視化你的單細胞數(shù)據(jù)簡介 plot1cell包提供了多種單細胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能,可以基于Seurat分析結果對象直接進行可視化繪圖,主要依賴于Seurat V4,circlize,Compl...
簡介 plot1cell包提供了多種單細胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能,可以基于Seurat分析結果對象直接進行可視化繪圖,主要依賴于Seurat V4,circlize,Compl...
1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數(shù)據(jù)庫 手動下載(選擇符合自己需要的物種及版本):https://sourceforge...
軟件說明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件,但是相關的配置比較困難。這次我們使用conda進行安裝,可以跳過繁瑣的環(huán)境配置過程。http://asia.ensembl...
文章來源:R中的apply(),lapply(),sapply(),tapply()函數(shù)以及示例 本教程旨在介紹apply()函數(shù)集合。apply()函數(shù)是所有集合中最基本的...
1 簡介 BCFtools 是一款多種實用工具的集合,它可以用于處理VCF文件和二進制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式,并能自動檢測輸入的格...
題外音:speedseq是一套流程,套用了大量三方軟件,但是居然也能發(fā)到Nature Methods上!驚訝之余查看了一下代碼,非常佩服,簡直是教科書一樣的模式,太贊了! 1...
TITLE: 全外顯子測序數(shù)據(jù)分析AUTHOR: Shuntai Yu [TOC] 外顯子是形成mRNA后剪接剩下的部分,包括UTR區(qū)與CDS,而CDS則是真正編碼蛋白的...
熟悉R的朋友都會知道,dplyr包是對原始的數(shù)據(jù)集進行清洗、整理以及變換的有力武器之一。但是其使用會局限于你需要有打開R/R studio或者通過R腳本來執(zhí)行dplyr。對于...
我們先來用專業(yè)的術語描述一下awk是什么,如果你看不懂,沒關系,我們會再用"大白話"解釋一遍。 awk是一個報告生成器,它擁有強大的文本格式化的能力,這就是專業(yè)的說法。 你可...
2020.2.13|Linux 線上課程第二講 文本處理三駕馬車grepgrep -v 反向選擇輸出沒有匹配的行grep -n 顯示匹配成功的行所在的行號grep -c 統(tǒng)計...
這一篇只是fastp的官方manual,后面再放實操。 1. 主要功能 質量檢測 排除質量較差的reads 剪掉質量低的堿基片段 reads首尾剪切 校正低質量堿基 poly...
作者:Raymon T編輯:angelica 外顯子組分析有助檢測出和疾病相關的編碼區(qū)突變,從而研究DNA變異對正常生物學機制與疾病發(fā)病機制的影響。繼上篇關于外顯子在實驗方面...
作者:Bio_gevin審稿:童蒙編輯:amethyst 隨著全基因組關聯(lián)分析使用樣本數(shù)量的增加,人們也逐漸認識到很多感興趣的性狀在本質上是由微效多基因控制。單個SNP的關聯(lián)...