在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機(jī)制[http://www.itdecent.cn/p/f270b9431427]里面看到計(jì)算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫的是這樣做...
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基因相關(guān)性的計(jì)算 -
特別有用的分享，感謝
plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)
簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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全外顯子組測序（WES）分析3: 變異功能注釋（SnpEff / VEP ）1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數(shù)據(jù)庫 手動下載（選擇符合自己需要的物種及版本）：https://sourceforge...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝、配置和使用
軟件說明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件，但是相關(guān)的配置比較困難。這次我們使用conda進(jìn)行安裝，可以跳過繁瑣的環(huán)境配置過程。http://asia.ensembl...
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R語言中的apply()，lapply()，sapply()，tapply()函數(shù)以及示例
文章來源：R中的apply（），lapply（），sapply（），tapply（）函數(shù)以及示例 本教程旨在介紹apply（）函數(shù)集合。apply（）函數(shù)是所有集合中最基本的...
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最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動檢測輸入的格...
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2021-05-31Speedseq的安裝和使用（轉(zhuǎn)載待測試）
題外音：speedseq是一套流程，套用了大量三方軟件，但是居然也能發(fā)到Nature Methods上！驚訝之余查看了一下代碼，非常佩服，簡直是教科書一樣的模式，太贊了！ 1...
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全外顯子測序數(shù)據(jù)分析TITLE: 全外顯子測序數(shù)據(jù)分析AUTHOR: Shuntai Yu [TOC] 外顯子是形成mRNA后剪接剩下的部分，包括UTR區(qū)與CDS，而CDS則是真正編碼蛋白的...
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dplyr-cli：在Linux Terminal上直接執(zhí)行dplyr
熟悉R的朋友都會知道，dplyr包是對原始的數(shù)據(jù)集進(jìn)行清洗、整理以及變換的有力武器之一。但是其使用會局限于你需要有打開R/R studio或者通過R腳本來執(zhí)行dplyr。對于...
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awk從放棄到入門（1）：awk基礎(chǔ) （通俗易懂，快進(jìn)來看）
我們先來用專業(yè)的術(shù)語描述一下awk是什么，如果你看不懂，沒關(guān)系，我們會再用"大白話"解釋一遍。 awk是一個(gè)報(bào)告生成器，它擁有強(qiáng)大的文本格式化的能力，這就是專業(yè)的說法。 你可...
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2020.02.14|Linux線上課程第二講
2020.2.13|Linux 線上課程第二講 文本處理三駕馬車grepgrep -v 反向選擇輸出沒有匹配的行g(shù)rep -n 顯示匹配成功的行所在的行號grep -c 統(tǒng)計(jì)...
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【塊】生信上游-3 fastp
這一篇只是fastp的官方manual，后面再放實(shí)操。 1. 主要功能 質(zhì)量檢測 排除質(zhì)量較差的reads 剪掉質(zhì)量低的堿基片段 reads首尾剪切 校正低質(zhì)量堿基 poly...
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重磅干貨：外顯子的那些疑問
作者：Raymon T編輯：angelica 外顯子組分析有助檢測出和疾病相關(guān)的編碼區(qū)突變，從而研究DNA變異對正常生物學(xué)機(jī)制與疾病發(fā)病機(jī)制的影響。繼上篇關(guān)于外顯子在實(shí)驗(yàn)方面...
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MAGMA軟件實(shí)現(xiàn)gene-based & gene-set-based關(guān)聯(lián)分析
作者：Bio_gevin審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析使用樣本數(shù)量的增加，人們也逐漸認(rèn)識到很多感興趣的性狀在本質(zhì)上是由微效多基因控制。單個(gè)SNP的關(guān)聯(lián)...
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