來自老大嗶哩嗶哩-生信技能樹的R語言視頻-P8 任意基因任意癌癥表達量分組的生存分析的學(xué)習(xí)筆記。如下鏈接可直接跳轉(zhuǎn)視頻https://www.bilibili.com/vid...
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生信技能樹的R語言視頻-P8 任意基因任意癌癥表達量分組的生存分析
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R基礎(chǔ)-08.任意基因任意癌癥表達量分組的生存分析2019-07-17R基礎(chǔ)-08.任意基因任意癌癥表達量分組的生存分析 參考視頻【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)R語言代碼為自己學(xué)習(xí)總結(jié) 由于工作上的一些事情，R基礎(chǔ)學(xué)習(xí)斷更快一周了，今天補起 1...
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GO注釋結(jié)果整理對于非模式生物或者無參考基因組的項目，經(jīng)常需要進行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說BAX、BID、ABL1、...
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R語言學(xué)習(xí)-富集分析泡泡圖回應(yīng)
R語言學(xué)習(xí)-富集分析泡泡圖剛一出品，Y叔就說有硬傷。Y叔是著名富集分析軟件clusterprofiler的原創(chuàng)，而且軟件內(nèi)集成dotplot,enrichmap,cnetma...
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超詳細ggmaplot繪制差異基因火山圖這次和大家分享下利用ggmaplot繪制差異基因篩選后的火山圖，用到的基因集是ggpubr里面自帶的數(shù)據(jù)集diff_express數(shù)據(jù)集 可以看到basemean為所有樣本數(shù)...
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使用蛋白ID如何進行KEGG和GO富集分析事由起因 昨天，有個童鞋咨詢?nèi)绾问褂玫鞍譏D進行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。 思路 蛋白ID轉(zhuǎn)UniProt數(shù)據(jù)庫ID UniProt數(shù)據(jù)庫ID轉(zhuǎn)KEGG...
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R語言繪制環(huán)狀熱圖實操1# rm(list=ls())#clear Global Environment# setwd('F:\\RStudio\\RStudio_workPath\\heatmap...
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2022-11-30通過安裝virtual BOX 安裝qiime2（第二種方法安裝qiime2）個人認為是最簡單的。yml打不開，通過conda 命令安裝 對網(wǎng)絡(luò)有要求。 第一步，下載vitural 剛開始的時候，我下載的是最新的7.0.4...
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2022-11-30 qiime2最新yml文件
手動碼字，可能會有錯別字，見諒，可以免費幫忙安裝。 1.復(fù)制下面代碼，存為TXT文件，文件名為qiime2-2022.8-py38-linux-conda.yml 2安裝qi...
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Windows10安裝Ubuntu桌面子系統(tǒng)一、設(shè)置開發(fā)人員選項 修改之后需要重啟 二、修改系統(tǒng)設(shè)置打開控制面板->程序與功能->啟用或關(guān)閉windows功能勾選 [適用于linux的windows子系統(tǒng)] ...
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fastp：數(shù)據(jù)質(zhì)控 + 過濾
之前都是用 fastqc+trimmomatic進行數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾，但是fastp更方便也更快，而且可以一次完成質(zhì)控過濾和出圖。 1. Fastp 軟件安裝 可以直接用con...
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SRA數(shù)據(jù)(2)------SRA數(shù)據(jù)處理
上次分享我們通過兩種方式下載得到了SRA數(shù)據(jù)，今天就開始對SRA進行處理（以SRR5489805為例）。SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫是用于存儲二代...
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NCBI SRA數(shù)據(jù)庫使用詳解本文轉(zhuǎn)自生信人https://www.shengxin.ren/article/16 1、簡介 SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫是用于存儲二代測序的原...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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盤一盤畫相關(guān)性熱圖的幾種方式R可視化相關(guān)性矩陣的幾種方案 R中相關(guān)性矩陣的可視化解決方法在已經(jīng)有很多了，我們在這里總結(jié)一些常用的都有哪些： ggplot2包 corrplot包 熱圖包(pheatmap...
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相關(guān)性熱圖的繪制及意義關(guān)于相關(guān)性，表示數(shù)據(jù)之間的相互依賴關(guān)系。但需要注意，數(shù)據(jù)具有相關(guān)性不一定意味著具有因果關(guān)系。 相關(guān)性在組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘中應(yīng)用非常廣，如樣本的重復(fù)檢驗、基因的共表達分析、微生物群落...
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腸道菌群與藥物療效的相關(guān)綜述1. Nature review：一文讀懂細菌影響化療的所有已有機制（必讀） NAT REV GASTRO HEPA[IF:16.99]① 腸道菌群通過促進藥效、清除和損害抗...