一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 -
StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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UCSC官網(wǎng)下載TSS.bed文件1.進(jìn)入U(xiǎn)CSC官網(wǎng)（ 2.進(jìn)入table browser工具后進(jìn)行選擇： track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene，這里選了NCBI group一般...
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HiC矩陣可視化之-HiCPlotter1. 軟件安裝 軟件是python寫的，不需要安裝但是需要安裝需要的庫(kù)。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 輸入文件要求 =====matrix格式的...
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HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計(jì)算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實(shí)驗(yàn)步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
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samtools的功能大全：查看bam文件外還能做什么
必須學(xué)習(xí)這篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【繼續(xù)更新ing】 samtools view -h 查看bam文件，包含頭文...
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Hi-C文庫(kù)數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀
來源： 三維基因組Magic [三維基因組Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文庫(kù)數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀 數(shù)據(jù)自身的質(zhì)量在很大程度上...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對(duì)及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡(jiǎn)介 1.1 ...
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干貨！Hi-C研究抽象變具象，就讀這篇！2009年，Job Dekker首次開發(fā)出Hi-C技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了全基因組單位內(nèi)染色體片段間相互作用的捕獲。高通量染色體三維構(gòu)象捕獲技術(shù)Hi-C（High-throughput ...
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【三維基因組】ABCompartment分析軟件ABcompartment和TAD主要采用cworld 軟件進(jìn)行分析。 Cworld 軟件架構(gòu)如下： Cworld軟件安裝 https://github.com/dekker...
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R語言_read.table()函數(shù)用法
前言：微博參與話題 #給你四年時(shí)間你也學(xué)不會(huì)生信# read.table()函數(shù)是R最基本函數(shù)之一，主要用來讀取矩形表格數(shù)據(jù)。 各參數(shù)的說明如下： （1）filefile是一...
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R語言_數(shù)據(jù)框排序與數(shù)據(jù)框連接主要學(xué)習(xí)R語言的專題為以下幾個(gè)內(nèi)容： 數(shù)據(jù)框排序表達(dá)矩陣畫箱線圖花里胡哨的連接 需要重點(diǎn)掌握： R語言里的管道符號(hào)：%>%str_detect()Ifelse()apply(...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（四）：Compartment 分析流程寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Compartment計(jì)算...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（五）：差異分析——DESeq2 edgeR limma的使用與比較本節(jié)概覽：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三類差異分析軟件的結(jié)果比較——相關(guān)性、韋恩圖3.選取差異基因繪制火山圖和熱圖 承接前期文章：RNA-seq入門實(shí)...
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表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理，最簡(jiǎn)明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽到一個(gè)詞Call Peak。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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「文獻(xiàn)01」ATAC-pipe: ATAC-seq分析的工具包日期：2019年1月6日——2019-Week1分類：「工具」題目：ATAC-pipe: general analysis of genome-wide chromatin ...
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轉(zhuǎn)錄組中的基因表達(dá)模式聚類分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)對(duì)于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析是非常重要的，對(duì)于常規(guī)的case/control實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，通過兩組間的差異檢驗(yàn)就可以得到不同條件下的差異基因；對(duì)于多組...
