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  • 如何提高執(zhí)行力

    對于我這種拖延癌晚期患者來說,如何提高執(zhí)行力一直是非常痛苦的事情。這篇回答[https://www.zhihu.com/question/19979300/answer/12...

  • 方法論寫的很有啟發(fā)性,但是這些方法論背后的本質(zhì)需求是什么?目的、預(yù)算、原則、四象限、候選清單與大局觀的內(nèi)在聯(lián)系是什么?存量思維是如何影響判斷的?更疑惑了

    當(dāng)我們講大局觀,我們在講什么?

    圍棋對弈的時候,人們會講到大局觀。不在意一城一池的得失,對全局的把握,對大勢的判斷,對節(jié)奏的掌控,能從整局棋的輸贏來考慮布局和落子的人是有大局觀的人。 而在我們這個時代,最稀...

  • Docker Desktop 使用筆記

    我之前沒有接觸過Docker,嘗試源代碼編譯一個在線自動化服務(wù)n8n[https://n8n.io/]時總是出錯,硬著頭皮用 docker 安裝了,發(fā)現(xiàn) Docker 還挺方...

  • R ...(dots) 參數(shù)使用方式

    介紹 當(dāng)你不確定一個函數(shù)有多少個參數(shù)輸入時,可以使用...參數(shù)占位。例如R的打印函數(shù)?print: help文檔點(diǎn)出了使用方式:傳遞給其他方法或從其他方法傳遞,意思就是說有多...

  • 重建在線閱讀流程

    訴求 受在線閱讀處理流程:從需求、到方法、再到工具[https://sspai.com/post/36795?utm_source=pocket_reader](強(qiáng)烈建議先讀...

  • absolute的文檔說明是真垃圾啊

    解析ABSOLUTE軟件

    簡介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所開發(fā)的一款癌癥CNV分析軟件,實(shí)質(zhì)是一個R包,可以定量細(xì)胞的絕對拷貝數(shù)、腫瘤純度與倍性,如果提供突變數(shù)據(jù),還能探究克隆...

  • 配置 VSCODE 寫 R 代碼

    使用 VSCODE 寫代碼還是很爽的,因為有非常充裕的插件,多種語言的支持,并解決了我遠(yuǎn)程寫代碼無法同時看到輸出的痛點(diǎn)。這篇文章記錄了我配置 VSCODE 的步驟以及遇到的問...

  • @ZYXNB 不用客氣,現(xiàn)在看來很多地方?jīng)]有寫好,有興趣的話直接看原作收獲更大,祝進(jìn)步。

    31.《Bioinformatics-Data-Skills》之Unix sort命令

    對數(shù)據(jù)進(jìn)行排序的好處有: 提高特定程序的運(yùn)行速度,這些程序(后續(xù)會介紹)在輸入排序過的數(shù)據(jù)會大大減少運(yùn)行時間 sort | uniq 作為一個常用的連招使用保留唯一值(下一節(jié)...

  • 笑是生活的解藥?不,笑是生活的麻藥

    笑是生活的解藥。 笑是我們社會大眾倡導(dǎo)的,笑是生活的解藥,笑一笑十年少,也有很多類似的諺語這樣詮釋它。但是最近人間清醒-呼蘭這次叫起真了。 呼蘭,脫口秀演員,畢業(yè)于美國的哥倫...

  • 根據(jù)PMID號批量下載文獻(xiàn)

    該方法基于Python3.7實(shí)現(xiàn),需要安裝以下包: 新建文件夾作為工作空間,下載工程(無git的話去官網(wǎng)[https://github.com/billgreenwald/P...

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    二代測序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)(1)

    高通量測序又稱NGS,重新定義了基因組學(xué)研究。近年來,NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展,伴隨著成本下降以及測序應(yīng)用呈指數(shù)增加。本文,我們研究了影響測序文庫質(zhì)量的關(guān)鍵因素,以及,在DNA來源...

  • @Jason_5b5a 簡書無法發(fā)送圖片,私信已回復(fù),仍有問題截圖發(fā)送到我的郵箱吧:pseudoway@163.com

    67.《Bioinformatics Data Skills》之pileup文件與突變識別

    pileup文件是指通過BAM文件每個位置重疊的read對比對結(jié)果進(jìn)行的總結(jié),可用于判斷各個位點(diǎn)突變的可能性。這里通過命令行工具演示使用pileup文件進(jìn)行突變識別(僅供參考...

  • 82.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite 函數(shù)

    上節(jié)我們采用SELECT直接進(jìn)行列信息提取,實(shí)際上可以在提取的同時創(chuàng)建與命名新的列。 以一個例子說明: 其中第一句將trait列轉(zhuǎn)為小寫并命名為相同的名字trait;第二列通...

  • 81.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite SELECT 操作

    SQL數(shù)據(jù)庫的SELECT操作將是你學(xué)過的最為有用的數(shù)據(jù)操作技術(shù)之一。除了關(guān)系數(shù)據(jù)庫,你能夠在廣泛的工具中找到它的影子。不同數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)的語言相當(dāng)一致,你可以將這項技術(shù)應(yīng)用...

  • 如何查找投稿雜志?

    個人經(jīng)驗,可以采用如下的兩種方式查找雜志: 1. 雜志搜集: 關(guān)鍵詞法根據(jù)自己的研究方向擬定一些關(guān)鍵詞,使用PubMed[https://pubmed.ncbi.nlm.ni...

  • 80.《Bioinformatics Data Skills》之SQLite關(guān)系數(shù)據(jù)庫

    簡介 數(shù)據(jù)庫是解決內(nèi)存不足的另一方案,關(guān)系數(shù)據(jù)庫存儲一系列的表格,通過多個表格間的關(guān)系來提取與合并特定的信息。目前常用的關(guān)系數(shù)據(jù)庫是采用SQL語句,例如MySQL,Postg...

  • 79.《Bioinformatics Data Skills》之使用bgzip與tabix解決內(nèi)存不足問題

    某些基因組文件(包括GFF,BED與VCF類型)特別大,無法讀入到內(nèi)存。然而需要隨機(jī)地讀取某些區(qū)域的信息的話,不讀入內(nèi)存進(jìn)行處理又特別費(fèi)時。借助bgzip與tabix命令可以...

  • @大叔的生信備忘錄 linux的限制很少,我試過是可以同名的。這個例子是局限了,事實(shí)上如果使用模糊匹配的話這樣操作更有必要

    76.《Bioinformatics Data Skills》之shell find命令

    前面我們提到pipeline處理多個文件有兩種方式,一種是先讀取存儲數(shù)據(jù)信息的配置文件,另一種是直接通過一定的條件選取數(shù)據(jù)。通過find命令可以幫助我們靈活的查找相關(guān)文件,下...

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