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RNA-seq(3):sra到fastq格式轉(zhuǎn)換并進行質(zhì)量控制把RNA-seq(2)-2下載的sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)量，理解各指標(biāo)的意義。 1 數(shù)據(jù)解壓：用samtools中的f...
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RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫在前面: 來自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda)和配置 注意 現(xiàn)在清華鏡像源...
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從0開始，包括軟件安裝，環(huán)境設(shè)置，原始數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)換，差異基因分析等整個流程
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號下載SRA文件3.使用...
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WGCNA分析 | 全流程代碼分享 | 代碼三關(guān)于WGCNA的分析，共有3期教程，今天是的第三期。前面兩期是使用代碼進行分析的，也是我們的平時最常用的分析方法，對我個人來說也是最簡潔的方法。（PS：對于使用代碼分析，個人...
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遺傳作圖軟件Joinmap4.0使用方法軟件下載及安裝網(wǎng)上都有教程。具體不再贅述。本文具體講解Joinmap具體操作（網(wǎng)上沒有這么詳細(xì)）。 首先打開Joinmap4.0 創(chuàng)建文件 點...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白質(zhì)序列進化樹構(gòu)建軟件下載：https://www.megasoftware.net/ 1、數(shù)據(jù)輸入 2、進化樹構(gòu)建 這就畫出來了 調(diào)整成圓形 有點多哈 此外這次分析的蛋白質(zhì)序列，大概這個樣子
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MEGA 構(gòu)建進化樹步驟
【轉(zhuǎn)載】 分子進化的研究對象是核酸和蛋白質(zhì)序列。研究某個基因的進化，是用它的DNA序列，還是翻譯后的蛋白質(zhì)序列呢？序列的選取要遵循以下原則：1）如果DNA序列的兩兩間的一致度...
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系統(tǒng)進化樹簡介及構(gòu)建系統(tǒng)進化樹學(xué)習(xí)筆記。 系統(tǒng)進化樹簡介 系統(tǒng)進化樹（Phylogenetic tree）：用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點之間的進化關(guān)系，節(jié)點可以是不同物種、同一物種不同樣本...
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基因家族分析（1）——進化樹構(gòu)建與美化更多內(nèi)容關(guān)注微信公眾號：“今日之森” 后獲取。 “好看的皮囊千篇一律，有趣的靈魂萬里挑一” 進化樹的構(gòu)建絕不僅僅是將一堆序列扔進MEGA等建樹軟件，隨便生成樹那么簡單，因為總...
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基因家族分析（3）進化樹構(gòu)建及美化基因家族樹構(gòu)建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，構(gòu)建進化樹之前，需要進行多序列比對。 多序列比對 多序列比對的作用是將核酸或者氨基酸序列對齊，使得相同殘基的位點位于同一...
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@Wei_Sun 好的，謝謝，解決了
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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read.table()報錯 incomplete final line; line xx did not have xx elements
問題 今天在讀取一個.xls文件的時候報錯，incomplete final line。 .xls文件另存為.txt，繼續(xù)報錯，line 2 did not have 6 e...
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你好，問下做線性混合模型時報錯信息[main] ERROR net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: unknown fork: -runfork4
mlm.sh: line 2: $'\r': command not found是怎么回事9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
