越來(lái)越懶了，不想寫(xiě)記錄呀！算了，強(qiáng)迫自己一把！ 水平有限，若有錯(cuò)誤，懇請(qǐng)指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工過(guò)程中的精細(xì)調(diào)控對(duì)基因的表達(dá)具有重...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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Dapars2 分析可變多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）與腫瘤
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單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之SpatialScope作者，Evil Genius 今天有人問(wèn)我，HD的出現(xiàn)是否會(huì)取代visium,我個(gè)人覺(jué)得短期不會(huì)，visium和HD會(huì)并行存在很長(zhǎng)時(shí)間，現(xiàn)有的visium數(shù)據(jù)也也很大部分沒(méi)有...
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山東第一醫(yī)科大學(xué)， 青年教師一枚，三代測(cè)序技術(shù)愛(ài)好者。
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最新7+生信，從單細(xì)胞出發(fā)，結(jié)合腫瘤分型并建模，確定基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證影響因子：7.3 研究概述：作為最致命的乳腺癌亞型，三陰性乳腺癌（TNBC）是一種侵襲性極強(qiáng)的內(nèi)分泌惡性腫瘤，復(fù)發(fā)率和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移率都很高。盡管化療和新輔助免疫療法在改善患者預(yù)后...
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蛋白組DIA分析：Spectronaut軟件使用指南官方文檔： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 準(zhǔn)備 Spectronaut軟件是蛋白組DIA...
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生信 | 生信人搭建數(shù)據(jù)庫(kù)的學(xué)習(xí)流程
寫(xiě)在前面 目前各種組學(xué)培訓(xùn)開(kāi)展的如火如荼，卻鮮有生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)搭建的相關(guān)教程和學(xué)習(xí)流程。原因有以下幾個(gè)： 1.學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)庫(kù)的搭建付出多，回報(bào)少。有這功夫應(yīng)該可以把大部分組學(xué)知...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，因?yàn)槠浼夹g(shù)原因，在很多時(shí)候，會(huì)造成雙細(xì)胞的情況，一般我們進(jìn)行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后，好點(diǎn)的數(shù)據(jù)是沒(méi)有問(wèn)題的。目前也有很多算法進(jìn)行雙細(xì)胞的預(yù)測(cè)，但是一定要注意，無(wú)論是哪種...
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RunPrestoAll：Seurat差異基因分析加速利器！單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的差異基因表達(dá)分析是一種用于比較不同細(xì)胞之間基因表達(dá)水平的方法。在單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中，每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平都被測(cè)量，并以基因計(jì)數(shù)矩陣的形式進(jìn)行存儲(chǔ)。差異...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（八）：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過(guò)擬時(shí)序分析推斷細(xì)胞分化軌跡。slingshot包可以對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時(shí)間推斷，它...
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單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉1.利用箱線(xiàn)圖比較兩類(lèi)樣本的某個(gè)細(xì)胞比例差異 比較直觀(guān)，但是缺點(diǎn)在于如果單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)過(guò)少且異質(zhì)性大，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個(gè)，我的...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記8-GNN與GCN原理GNN 輸入：鄰接矩陣A?點(diǎn)的特征X 優(yōu)勢(shì)：傳統(tǒng)輸入的格式是固定的，GNN可以接受更加復(fù)雜的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 任務(wù)：graph級(jí)別的任務(wù)：對(duì)整個(gè)圖進(jìn)行分類(lèi)或預(yù)測(cè)Node或edge級(jí)別...
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RSS指數(shù)及regulon細(xì)胞類(lèi)型特異性RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡(luò)CSI評(píng)估基因關(guān)聯(lián)性及regulon聚類(lèi)模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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8.8分1區(qū)純生信，10種聚類(lèi)方法+百種機(jī)器學(xué)習(xí)方法，可重復(fù)！影響因子：8.8 研究概述：膀胱癌是最常見(jiàn)的尿路上皮癌，其中肌層浸潤(rùn)性膀胱癌（MIBC）往往進(jìn)展迅速并發(fā)生轉(zhuǎn)移，死亡率高。雖然免疫療法在肌層浸潤(rùn)性尿路上皮癌（MUC）的治療中...
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算法筆記（3）-機(jī)器學(xué)習(xí)算法分類(lèi)機(jī)器學(xué)習(xí)根據(jù)任務(wù)的不同，可以分為監(jiān)督學(xué)習(xí)、無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)、半監(jiān)督學(xué)習(xí)、強(qiáng)化學(xué)習(xí)。具體總結(jié)成如下圖所示： 監(jiān)督學(xué)習(xí) 訓(xùn)練數(shù)據(jù)包含了類(lèi)別信息。要解決的問(wèn)題是分類(lèi)和回歸，分類(lèi)典型的算法...
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轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的綜合基因組分析（NGS panel + 機(jī)器學(xué)習(xí)）轉(zhuǎn)移性黑色素瘤的綜合基因組分析：來(lái)自7個(gè)意大利癌癥中心的網(wǎng)絡(luò)篩查結(jié)果 Comprehensive genomic profiling on metastatic Melano...
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多個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集整合方法1. 整合不同數(shù)據(jù)集中同一類(lèi)細(xì)胞方法： 該方法來(lái)自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
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單細(xì)胞3端和5端測(cè)序的區(qū)別單細(xì)胞5端測(cè)序就是再在每一個(gè)單獨(dú)的GEM里，除了 Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列，還有游離的poly-dT作為引物來(lái)結(jié)合RNA 3'端 pol...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫(xiě)了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化，...
