聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機(jī)器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實(shí)踐等。
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Juicer: 輔助基因組組裝
Juicer: 輔助基因組組裝 導(dǎo)讀 本文主要對(duì)處理HiC數(shù)據(jù)的Juicer程序進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)短的介紹，并展示如何利用Juicer進(jìn)行基因組組裝中染色體掛載的第一步。 1. 介紹...
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你好，請(qǐng)問(wèn)juicer.sh那步?jīng)]有生成nodups.txt文件是什么原因呀??????????
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）
寫(xiě)在前面 初始組裝經(jīng)過(guò)基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
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【轉(zhuǎn)】單倍型基因組組裝方法1. 什么是單倍型？ 同源染色體：同源染色體，一個(gè)來(lái)自母本，一個(gè)來(lái)自于父本。 單倍型：?jiǎn)伪扼w基因型的簡(jiǎn)稱。遺傳學(xué)上指在單條染色體上一系列遺傳變異位點(diǎn)的組合。 2. 單倍型組裝...
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基于3D-DNA，ALLHiC掛載二倍體基因組關(guān)于3D-DNA，前面已經(jīng)有簡(jiǎn)單介紹，本次主要介紹ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分為以下5個(gè)步驟： Prune: 修剪（二倍體基因組可以不用） Partitio...
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可以大佬回復(fù)啦也踢我一下
用Hifiasm基于HiFi數(shù)據(jù)組裝基因組：（一）簡(jiǎn)介Hifiasm軟件和HiFi數(shù)據(jù)
(全文約900字) 1. HiFi數(shù)據(jù) HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于環(huán)化一致性序列（Circular...
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使用EDTA評(píng)估基因組LAI值EDTA的功能設(shè)計(jì)是用來(lái)de novo注釋全基因組的TE序列 安裝EDTA EDTA github[https://github.com/oushujun/EDTA] ED...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（二）：Survey數(shù)據(jù)質(zhì)控、NT比對(duì)寫(xiě)在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1. Survey分析的目的 ...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（一）：基礎(chǔ)知識(shí)與基本思路寫(xiě)在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班課堂筆記 1. Genome de nove 基礎(chǔ)知...
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如何使用Juicebox 對(duì)juicer和3dDNA運(yùn)行后的HiC結(jié)果進(jìn)行可視化編輯推薦首先研讀官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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2024-07-25 liunx系統(tǒng)技術(shù)歷史命令
建立一個(gè).inputrc文件夾 # /etc/inputrc - global inputrc for libreadline # See readline(3readlin...
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2021-05-20 ###520###之親愛(ài)的在哪里？
神奇動(dòng)物在哪里？（linux命令中which、whereis、locate有什么區(qū)別？） 1.find find是最常用和最強(qiáng)大的查找命令。它能做到實(shí)時(shí)查找，精確查找，但速度...
