IP屬地：上海
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單細胞轉(zhuǎn)錄組的分析方法 前沿追蹤
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這些影響人類歷史的偉大思想會指引人類前進的方向。
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生信小白也能玩轉(zhuǎn)GEO/TCGA數(shù)據(jù)庫，關(guān)注微信公眾號：“百味科研芝士”，解鎖更多技能
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農(nóng)學(xué)跨生信，之前總覺得，沒人教，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實實從基礎(chǔ)一點一點積累慢慢學(xué)起。一會看看生物，一會寫寫代碼，抓不住重點也沒有提高。 后來關(guān)注了生信技能樹，還蹭了建設(shè)人Jimmy大佬組織的線下聚會，聽到幾位大佬介紹后，發(fā)現(xiàn)他們都是自學(xué)，自己摸索的，并且給我強調(diào)了記筆記的重要性。 這是一個對知識管理的過程，記錄下學(xué)習(xí)的一點一滴，寫下來的筆記是給自己的（有時候會覺得寫的不好，也不敢分享出來，沒有正向激勵，漸漸就不寫了），當(dāng)然如果也可以像大佬們那樣對他人的學(xué)習(xí)起到幫助，我也會覺得非常榮幸和開心吶。 加油啦～～
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作業(yè)在：RNA-seq小考核 | 生信菜鳥團，鏈接是 http://www.bio-info-trainee.com/3920.html 任務(wù)量有點重，歡迎大家在提交作業(yè)的同時寫一下自己的心得體會，踩坑記錄等等
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本小推車專門推各種perl相關(guān)的基本語法介紹，資源，應(yīng)用。特別是與生物信息學(xué)應(yīng)用相關(guān)的文章。 ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? perl基本語法，比如和python語法的區(qū)別 ?? perl上下文，比如將列表賦值給標量會發(fā)生什么 ?? perl特殊變量，比如$_ $/ $\ ?? perl入門，比如循環(huán)，常見的正則使用等 ?? perl進階，比如引用，比如map grep等 ?? perl高級，比如命名空間，繼承，閉包等 ?? perl的單行程序，比如與linux的各個工具搭配 ?? perl常用模塊，比如File::Basename Yaml ?? perl繪圖，比如svg模塊，GD模塊，circos工具等等 ?? perl與生物信息學(xué)之間的關(guān)系，比如用perl提取genbank ?? perl6的相關(guān)用法（生信不太建議學(xué)perl6） 備注：本文很多的文章也可在 JSON_NULL 的專題 『碼神之路：perl篇』 中找到。這個專題對我的幫助很大，感謝這位簡友
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生信在線數(shù)據(jù)庫
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記錄數(shù)據(jù)分析過程中遇到的那些讓我漲知識的坑，生信札記
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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記錄學(xué)習(xí)生信的點滴
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學(xué)與算法知識相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學(xué) * 各類算法 * 機器學(xué)習(xí)
