前情提要 ggplot2不能截斷縱坐標腫么辦講了幾種截斷方法，各有長短，我在這篇文章發(fā)出去后收到兩個反饋，特來與大家分享? 新方法1.拼圖 出處：https://huifan...
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ggplot2截斷縱坐標--后續(xù) -
試圖厘清熱圖相關的一些細節(jié)森嚴森語： 生活中很多時候我都習慣于不知所以而為之，其結果通常壞。原因在于經常的盲目自信和偶爾不愿承認自己的無知。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法，推文一經發(fā)出...
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Meta小課題：K-mer什么是K-mer? mer : 分子生物學領域中意義為：monomeric unit ( mer) ：單體單元，相當于nt或者bp。通常用于雙鏈核酸中的單位，100 mer ...
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使用mixcr構建免疫組庫及下游分析免疫組庫（Immune Repertoire，IR）是指個體在某個特定時間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細胞和B細胞的總和，即V(D)J序列多樣性的集合。免疫組庫分析是指運用高通...
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【文獻】T細胞受體庫分析方法綜述-2018-12-03背景 T細胞介導的抗原識別主要是依靠T細胞受體（TCR）和主要組織相容性復合體MHC的相互作用。如下圖a：TCR是一群具有高度多樣性的二聚體，由α鏈和β鏈構成，或者由γ鏈和δ...
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復旦研究僧，一個從計算機坑跳進醫(yī)學數據挖掘的小白
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Permutation test（置換檢驗）以及在R中的應用Permutation test 可以稱作是置換檢驗，Fisher于20世紀30年代提出的一種基于大量計算（computationally intensive），利用樣本數據...
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不愿閉門造車<br>歡迎批評指正
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2019-08-09 一張圖串聯(lián)基本的統(tǒng)計學自從入了生信的坑，就無時不刻不被導師吐槽統(tǒng)計學知識和思想的匱乏。思想一時半會是夠嗆建立了，先把知識學一下吧。搜集各方資料，出圖一張！ 另外，特別喜歡這個博主的生物統(tǒng)計專題：分...
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使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數詳細介紹pheatmap參數： 網上有針對熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動整理了熱圖的全參數介紹。 mat 數組矩陣（要繪制熱圖的數據源，保證...
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一起學生信。
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R語言基礎7--R語言中的正則表達式R語言基礎系列： R語言基礎1--R數據格式：.rds和.rda的區(qū)別[http://www.itdecent.cn/p/6a824548887b] R語言基礎2--數據排...
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2019-12-05（關于logfc和p值）
9：00-9：40 昨天在小郭老師講述了關于logfc和p值的含義，差不多有點理解的框架。差異倍數(fold change)，fold change翻譯過來就是倍數變化。li...
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單細胞研究聯(lián)合T細胞受體分析2022年【最新進展】這篇文章是單細胞轉錄組（scRNAseq）和TCRseq聯(lián)合分析的一個綜述，介紹了目前關于這兩種數據聯(lián)合分析的最新進展(2022年)。 1. 介紹 1.1 T細胞受體的作用 ...
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個人wx公眾號：木舟筆記。
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記錄自己一些代碼
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使用immunarch包進行單細胞免疫組庫數據分析（五）：Repertoire overlap and public clonotypes免疫組庫重疊分析 免疫組庫重疊（Repertoire overlap）是度量不同樣本之間TCR或BCR庫相似性的最常用方法。它是通過計算在給定的Repertoire之間共享的...
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R語言畫實現t-SNE分析和畫圖1.編一個數據 需要一個行為樣本，列為變量(例如基因)的矩陣。 2.完成tsne分析并畫圖 畫圖搞起 3.神奇參數perplexity perplexity的默認值是30。樣...
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R語言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 加載示例數據 使用prcomp函數進行PCA分析 使用基礎plot函數繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
