前情提要 ggplot2不能截?cái)嗫v坐標(biāo)腫么辦講了幾種截?cái)喾椒?，各有長(zhǎng)短，我在這篇文章發(fā)出去后收到兩個(gè)反饋，特來與大家分享? 新方法1.拼圖 出處：https://huifan...
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ggplot2截?cái)嗫v坐標(biāo)--后續(xù) -
試圖厘清熱圖相關(guān)的一些細(xì)節(jié)森嚴(yán)森語： 生活中很多時(shí)候我都習(xí)慣于不知所以而為之，其結(jié)果通常壞。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無知。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法，推文一經(jīng)發(fā)出...
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Meta小課題：K-mer什么是K-mer? mer : 分子生物學(xué)領(lǐng)域中意義為：monomeric unit ( mer) ：?jiǎn)误w單元，相當(dāng)于nt或者bp。通常用于雙鏈核酸中的單位，100 mer ...
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使用mixcr構(gòu)建免疫組庫及下游分析免疫組庫（Immune Repertoire，IR）是指?jìng)€(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和，即V(D)J序列多樣性的集合。免疫組庫分析是指運(yùn)用高通...
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【文獻(xiàn)】T細(xì)胞受體庫分析方法綜述-2018-12-03背景 T細(xì)胞介導(dǎo)的抗原識(shí)別主要是依靠T細(xì)胞受體（TCR）和主要組織相容性復(fù)合體MHC的相互作用。如下圖a：TCR是一群具有高度多樣性的二聚體，由α鏈和β鏈構(gòu)成，或者由γ鏈和δ...
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復(fù)旦研究僧，一個(gè)從計(jì)算機(jī)坑跳進(jìn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘的小白
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Permutation test（置換檢驗(yàn)）以及在R中的應(yīng)用Permutation test 可以稱作是置換檢驗(yàn)，F(xiàn)isher于20世紀(jì)30年代提出的一種基于大量計(jì)算（computationally intensive），利用樣本數(shù)據(jù)...
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不愿閉門造車<br>歡迎批評(píng)指正
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2019-08-09 一張圖串聯(lián)基本的統(tǒng)計(jì)學(xué)自從入了生信的坑，就無時(shí)不刻不被導(dǎo)師吐槽統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)和思想的匱乏。思想一時(shí)半會(huì)是夠嗆建立了，先把知識(shí)學(xué)一下吧。搜集各方資料，出圖一張！ 另外，特別喜歡這個(gè)博主的生物統(tǒng)計(jì)專題：分...
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使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細(xì)介紹pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對(duì)熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動(dòng)整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源，保證...
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一起學(xué)生信。
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R語言基礎(chǔ)7--R語言中的正則表達(dá)式R語言基礎(chǔ)系列： R語言基礎(chǔ)1--R數(shù)據(jù)格式：.rds和.rda的區(qū)別[http://www.itdecent.cn/p/6a824548887b] R語言基礎(chǔ)2--數(shù)據(jù)排...
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2019-12-05（關(guān)于logfc和p值）
9：00-9：40 昨天在小郭老師講述了關(guān)于logfc和p值的含義，差不多有點(diǎn)理解的框架。差異倍數(shù)(fold change)，fold change翻譯過來就是倍數(shù)變化。li...
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單細(xì)胞研究聯(lián)合T細(xì)胞受體分析2022年【最新進(jìn)展】這篇文章是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（scRNAseq）和TCRseq聯(lián)合分析的一個(gè)綜述，介紹了目前關(guān)于這兩種數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的最新進(jìn)展(2022年)。 1. 介紹 1.1 T細(xì)胞受體的作用 ...
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個(gè)人wx公眾號(hào)：木舟筆記。
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記錄自己一些代碼
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使用immunarch包進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析（五）：Repertoire overlap and public clonotypes免疫組庫重疊分析 免疫組庫重疊（Repertoire overlap）是度量不同樣本之間TCR或BCR庫相似性的最常用方法。它是通過計(jì)算在給定的Repertoire之間共享的...
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R語言畫實(shí)現(xiàn)t-SNE分析和畫圖1.編一個(gè)數(shù)據(jù) 需要一個(gè)行為樣本，列為變量(例如基因)的矩陣。 2.完成tsne分析并畫圖 畫圖搞起 3.神奇參數(shù)perplexity perplexity的默認(rèn)值是30。樣...
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R語言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
