每天持續(xù)更新，感謝你的的關(guān)注和點(diǎn)贊分享Python、數(shù)據(jù)分析、可視化、Excel、爬蟲。<br>本人B站視頻號(hào)：Python與數(shù)據(jù)分析_青青<br><br><br>關(guān)注我 <br> ↓
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測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度，怎么估算？在我們開始測(cè)序之前，經(jīng)常會(huì)被問道，你需要的測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度的概念，比如在測(cè)序線粒體的DNA時(shí)候，測(cè)序小哥就問說1個(gè)G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面就給大家解釋下這兩個(gè)概念： 測(cè)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的跨物種分析文章信息 作者信息 摘要： 使用scRNA測(cè)序分析成千上萬個(gè)單細(xì)胞的能力徹底改變了細(xì)胞和發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域，為跨許多物種的細(xì)胞類型和功能的多樣性提供了令人難以置信的見解。這些技術(shù)...
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基因相關(guān)性的計(jì)算在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機(jī)制[http://www.itdecent.cn/p/f270b9431427]里面看到計(jì)算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫的是這樣做...
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單細(xì)胞軌跡分析之應(yīng)用篇作者，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細(xì)胞軌跡分析當(dāng)回事，拿到樣本不定義直接跑monocle，這能對(duì)么？我看了都著急，基本理論要多多學(xué)習(xí)啊~~~，網(wǎng)...
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超全總結(jié)--單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析方法總結(jié)這一篇我們做一個(gè)詳細(xì)的總結(jié)，周五了，疫情還沒結(jié)束，父母也都老了，有時(shí)候真的感覺身為兒子實(shí)在不孝，常年在外，回家很少，家里有點(diǎn)事父母也不會(huì)跟我這個(gè)兒子說，小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的注釋流派作者，追風(fēng)少年i~ 高考第二天，去看了一下在今天高考的數(shù)學(xué)卷子，驚奇的發(fā)現(xiàn)最后的壓軸題自己還會(huì)做，?? ，大家不妨試一試，題在下面 以前學(xué)數(shù)學(xué)的時(shí)候總是覺得生活中根本用不到，買...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）原始數(shù)據(jù)真的是zero-inflated分布？今天我們來將一個(gè)數(shù)據(jù)分布的情況，接觸10X單細(xì)胞或者10X空間轉(zhuǎn)錄組不久之后，就認(rèn)識(shí)到了一些數(shù)據(jù)的特征，比如經(jīng)常提到的dropout/missing data/zero-in...
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NGS原理- 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序-介紹CEL-seq2, Drop-seq, SCRBseq, Smart-seq
轉(zhuǎn)載自https://www.plob.org/article/9429.html 導(dǎo)讀 在單細(xì)胞研究的大潮中，新的測(cè)序方法層出不窮。不過，很少有人對(duì)這些方法進(jìn)行系統(tǒng)的比對(duì)。...
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DSP(Digital Spatial Profiler)空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析之cell2location這一篇繼續(xù)回顧一下cell2location，使用我們推薦用于基于探針的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的 cell2location 方法的一個(gè)版本，將胎兒腦細(xì)胞類型映射到使用 Nanos...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細(xì)梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，不負(fù)韶華。 這一篇還是想詳細(xì)梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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10X單細(xì)胞空間個(gè)性化回顧總結(jié)這一篇，我們繼續(xù)總結(jié)，這里用到的PPT是我給產(chǎn)品技術(shù)培訓(xùn)用的PPT，當(dāng)然了，有一些內(nèi)容一筆帶過，有的地方詳細(xì)講了講，免費(fèi)分享給大家，祝愿大家科研順利，喜歡生物信息的，喜歡單細(xì)...
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10X單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析之DAVAE隔離的第10天，孤獨(dú)仍在，且行且珍惜，每個(gè)人都會(huì)做一些選擇，選擇之后，珍惜眼前人。好了，今天我們分享的方法是10X單細(xì)胞、10XATAC、10X空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析相互之間的聯(lián)...
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人類肝臟的單細(xì)胞、單核和空間 RNA 測(cè)序可識(shí)別膽管細(xì)胞和間充質(zhì)異質(zhì)性hello，周二了，隔離的第二天，一個(gè)人的日子總是難熬，耐得住寂寞的人，都成了圣人~~~，今天我們分享的文獻(xiàn)在Single-Cell, Single-Nucleus, and...
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10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析之表征細(xì)胞狀態(tài)和生態(tài)型（EcoTyper）隔離的第三天，一個(gè)人的日子總是很難熬，沒辦法，孤獨(dú)總是常伴我身，今天我們分享的文獻(xiàn)在Atlas of clinically distinct cell states and ...
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Nature Reviews Genetics| 在基因組學(xué)中應(yīng)用機(jī)器學(xué)習(xí)的常見陷阱Nature Reviews Genetics| 在基因組學(xué)中應(yīng)用機(jī)器學(xué)習(xí)的常見陷阱 Whalen, S., Schreiber, J., Noble, W.S. et al...
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R語言入門--第九節(jié)（功效分析）功效分析是在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)籌備階段進(jìn)行的分析手段。一般用于求達(dá)到目標(biāo)顯著性水平與功效（把握），求所需樣本量；或者給定樣本量，實(shí)驗(yàn)有多大的把握做出判斷。 0、基礎(chǔ)四要素 樣本大?。好?..
