FIMO官網(wǎng)教程 官網(wǎng)：這里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web] （一）什么FIMO？ FI...
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Motif scanning tool: FIMO（在線版分析筆記） -
集群任務(wù)管理系統(tǒng)SGE的簡明教程
我用的一個服務(wù)器上裝了一個集群管理工具(SGE, Sun Grid Engine), 用于從登陸節(jié)點上向計算節(jié)點進行任務(wù)投遞。一開始，不太會用，但是經(jīng)過一段時間的摸索學(xué)習(xí)后，...
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hyphy計算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單。 運...
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零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個完美的教程，徹底...
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用PLAM下的mcmctree做分歧時間估計
用mcmctree做分歧時間估計的時候遇到報錯： 問題是序列不符合phylip格式，每個名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對結(jié)果，fa...
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一個簡易版提取最長轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長轉(zhuǎn)錄本有很多工具，但發(fā)現(xiàn)沒有一個適合我的，因為那些工具有各種輸入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個課題組都可以單獨負擔(dān)的價碼，大量物種的基因組序列被測定和釋放。與此同時，對應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件，如GTF或GFF3文件...
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「基因組」日常工作之修改注釋文件和NCBI基因組下載
只想水一水，我某一天水別人的東西。今天，看了半個小時的nextdenovo組裝 segmentation fault 報錯異常，終于從github上的回復(fù)看到了解決思路，老...
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超級爽！~精細比較近源物種 / 單倍型 / 基因組的神器！寫在前面 三年前，那時往“全國植物基因組會議”投個了摘要，也準備了下墻報，有點期待能得到點認可。當(dāng)然和以前一樣，優(yōu)秀跟我沒啥關(guān)系。這是結(jié)果，結(jié)果當(dāng)然不會反過來影響過程。為了讓...
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大佬，我想問下您修改后的gff文件有沒有嘗試上傳到ncbi呢？這樣修改后會不會有什么問題？
python-gffutils 修改gff3文件基因名稱
gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式，一共是9列，依次為基因組序列id，注釋來源，類型，起始位置，終止位置，得分，正負鏈，相位，屬性?；蚪Y(jié)構(gòu)注釋文件中，基因包...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名稱gff3格式 基因結(jié)構(gòu)注釋文件一般為gff3的格式，一共是9列，依次為基因組序列id，注釋來源，類型，起始位置，終止位置，得分，正負鏈，相位，屬性?；蚪Y(jié)構(gòu)注釋文件中，基因包...
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跑通GWAS，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準備 1.理論知識 強烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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如何使用Juicebox 對juicer和3dDNA運行后的HiC結(jié)果進行可視化編輯推薦首先研讀官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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跟著Nature Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析：使用GEC軟件計算有效位點數(shù)從而確定GWAS的閾值論文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across...
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「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖主成分分析(PCA)是一種線性降維方法，能從紛繁復(fù)雜的數(shù)據(jù)中抽離出關(guān)鍵因素，用來區(qū)分不同的樣本。這里我們不談PCA背后的數(shù)學(xué)原理，只談哪些軟件能夠處理數(shù)據(jù)，我找到了以下三款 ...
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2022-06-14eggNOG注釋及cluster Profiler富集eggNOG網(wǎng)站注釋蛋白序列得到文件query_seqs.fa.emapper.annotations python環(huán)境 #git clone https://github....
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如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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2022-07-09學(xué)習(xí)構(gòu)建orgdb庫以下內(nèi)容全部來自于此文章http://www.itdecent.cn/p/f2e4dbaae719[http://www.itdecent.cn/p/f2e4dbaae7...