單細胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
IP屬地：貴州
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單細胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運行cellranger及結(jié)果解讀
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小王小王，垃圾大王<br>
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適用于scRNA-seq的細胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導生信自學要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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CellphoneDB V5CellphoneDB工具通過利用我們的CellphoneDB數(shù)據(jù)庫中與單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)交互的分子，提供不同的方法來評估不同細胞類型之間的細胞間通訊。 v5 的新特性 新的P...
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單細胞分析之細胞交互-1：CellphoneDB常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組分析之空間模式與共定位hello，大家好，又是周五，一周又將過去了，時間總是匆匆，片刻不停留，我們唯一能做的，就是在時間流逝的過程中，留下點印記，雖然我們窮，找不下對象，但是過的開心也是成功~~~...
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英國日期的表達方式有一次給英國的同事發(fā)郵件，因為事情緊急，我寫的很快，寫完就發(fā)，沒注意把日期改一下，直寫成最簡潔的數(shù)字：7.16。 果然，英國人回我郵件之后不忘PS：the date shou...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細胞熱圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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DoHeatmap畫熱圖時應(yīng)該注意的點日常瞎掰 ??通過標題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個函數(shù)來自于Seurat包，處理過單細胞的人應(yīng)該都知道這個函數(shù)就是用來畫每個cluster的m...
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單細胞36計之29---錯誤：無法分配大小為6.9Gb的矢量
29、第二十九計 樹上開花比喻將本求利，別人收獲。此計是說借助某種局面（或手段）布成有利的陣勢，兵力弱小但可使陣勢顯出強大的樣子或者是弱小的部隊通過憑借某種因素，改變外部形態(tài)...
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貼壁細胞非變性總蛋白co-immunoprecipitation原理，步驟和注意事項
免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）是使用能夠特異性結(jié)合目的蛋白質(zhì)的抗體將目的蛋白從溶液中沉淀出來的技術(shù)。該方法可從含有數(shù)千種不同蛋白質(zhì)的樣品中分離和濃...
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教程- Image J 計數(shù)（手動和自動2種方法）
細胞計數(shù)怎么整？ 靠心算？ 那小編只能向您致以崇高的敬意了。 養(yǎng)細胞、拍照、計數(shù)可謂是科研界的鐵人三項。 減輕科研壓力，從應(yīng)用軟件做起！ This is the div...
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多個切片的空間轉(zhuǎn)錄組基因表達圖（tsne降維圖/空間分布圖）修改顏色一、加載包 二、下載測試數(shù)據(jù) 三、合并多個切片，同時進行基礎(chǔ)分析 四、繪制基因表達的tsne圖,也可以畫umap圖，看個人喜好 五、繪制基因空間分布圖
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單細胞數(shù)據(jù)分析中future包的使用跑錨點整合的時候遇到報錯 提示future.globals.maxSize不足解決辦法參考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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seurat V5升級：一些常見報錯1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)，但是V3環(huán)境中導入V5環(huán)境會報錯（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組基因相關(guān)性分析之schex（尋找空間細胞單元）hello，今天分享一個重要的內(nèi)容，在空間上尋求基因的相關(guān)性，當然，也可以利用這個方法尋找我們的空間細胞“單元”，我們來看看詳細的分析。 我們知道，空間分析中常見的是解析每個...
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UMAP圖上同時展示多個marker基因
最近有小伙伴問道一個問題，如何在一個單細胞UMAP/TSNE圖上展示多個marker基因的表達，乍一看挺簡單的，后來也是思考了一些時間，慢慢解決了這個問題。 首先，Seura...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之共定位分析（細胞類型和配受體基因）hello，大家好，今天我們來深入分析一下有關(guān)10X空間轉(zhuǎn)錄組的共定位分析問題，其實有關(guān)共定位問題呢，之前的一些文章也都分享過，文章在空間轉(zhuǎn)錄組細胞類型的spot dista...
