單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生,我們今天就來(lái)了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生,我們今天就來(lái)了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
先記錄一下,我安裝過(guò)程的慘痛經(jīng)歷??,希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝,不論是使用conda還是pip工具,發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB(4.0.0)在she...
我安裝了一天之后快哭了,然后去100塊買了個(gè)老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢,就是我這個(gè)垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
CellphoneDB工具通過(guò)利用我們的CellphoneDB數(shù)據(jù)庫(kù)中與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)交互的分子,提供不同的方法來(lái)評(píng)估不同細(xì)胞類型之間的細(xì)胞間通訊。 v5 的新特性 新的P...
常用的細(xì)胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]:是公開(kāi)的人工校正的,儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
hello,大家好,又是周五,一周又將過(guò)去了,時(shí)間總是匆匆,片刻不停留,我們唯一能做的,就是在時(shí)間流逝的過(guò)程中,留下點(diǎn)印記,雖然我們窮,找不下對(duì)象,但是過(guò)的開(kāi)心也是成功~~~...
有一次給英國(guó)的同事發(fā)郵件,因?yàn)槭虑榫o急,我寫(xiě)的很快,寫(xiě)完就發(fā),沒(méi)注意把日期改一下,直寫(xiě)成最簡(jiǎn)潔的數(shù)字:7.16。 果然,英國(guó)人回我郵件之后不忘PS:the date shou...
單細(xì)胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
日常瞎掰 ??通過(guò)標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來(lái)自于Seurat包,處理過(guò)單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來(lái)畫(huà)每個(gè)cluster的m...
29、第二十九計(jì) 樹(shù)上開(kāi)花比喻將本求利,別人收獲。此計(jì)是說(shuō)借助某種局面(或手段)布成有利的陣勢(shì),兵力弱小但可使陣勢(shì)顯出強(qiáng)大的樣子或者是弱小的部隊(duì)通過(guò)憑借某種因素,改變外部形態(tài)...
免疫沉淀(immunoprecipitation, IP)是使用能夠特異性結(jié)合目的蛋白質(zhì)的抗體將目的蛋白從溶液中沉淀出來(lái)的技術(shù)。該方法可從含有數(shù)千種不同蛋白質(zhì)的樣品中分離和濃...
細(xì)胞計(jì)數(shù)怎么整? 靠心算? 那小編只能向您致以崇高的敬意了。 養(yǎng)細(xì)胞、拍照、計(jì)數(shù)可謂是科研界的鐵人三項(xiàng)。 減輕科研壓力,從應(yīng)用軟件做起! This is the div...
一、加載包 二、下載測(cè)試數(shù)據(jù) 三、合并多個(gè)切片,同時(shí)進(jìn)行基礎(chǔ)分析 四、繪制基因表達(dá)的tsne圖,也可以畫(huà)umap圖,看個(gè)人喜好 五、繪制基因空間分布圖
跑錨點(diǎn)整合的時(shí)候遇到報(bào)錯(cuò) 提示future.globals.maxSize不足解決辦法參考:stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù),但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)(缺依賴包)。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
hello,今天分享一個(gè)重要的內(nèi)容,在空間上尋求基因的相關(guān)性,當(dāng)然,也可以利用這個(gè)方法尋找我們的空間細(xì)胞“單元”,我們來(lái)看看詳細(xì)的分析。 我們知道,空間分析中常見(jiàn)的是解析每個(gè)...
最近有小伙伴問(wèn)道一個(gè)問(wèn)題,如何在一個(gè)單細(xì)胞UMAP/TSNE圖上展示多個(gè)marker基因的表達(dá),乍一看挺簡(jiǎn)單的,后來(lái)也是思考了一些時(shí)間,慢慢解決了這個(gè)問(wèn)題。 首先,Seura...
hello,大家好,今天我們來(lái)深入分析一下有關(guān)10X空間轉(zhuǎn)錄組的共定位分析問(wèn)題,其實(shí)有關(guān)共定位問(wèn)題呢,之前的一些文章也都分享過(guò),文章在空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類型的spot dista...