單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生，我們今天就來(lái)了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
IP屬地：臺(tái)灣
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運(yùn)行cellranger及結(jié)果解讀
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小王小王，垃圾大王<br>
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下，我安裝過(guò)程的慘痛經(jīng)歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個(gè)老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個(gè)垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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CellphoneDB V5CellphoneDB工具通過(guò)利用我們的CellphoneDB數(shù)據(jù)庫(kù)中與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)交互的分子，提供不同的方法來(lái)評(píng)估不同細(xì)胞類型之間的細(xì)胞間通訊。 v5 的新特性 新的P...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組分析之空間模式與共定位hello，大家好，又是周五，一周又將過(guò)去了，時(shí)間總是匆匆，片刻不停留，我們唯一能做的，就是在時(shí)間流逝的過(guò)程中，留下點(diǎn)印記，雖然我們窮，找不下對(duì)象，但是過(guò)的開(kāi)心也是成功~~~...
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英國(guó)日期的表達(dá)方式有一次給英國(guó)的同事發(fā)郵件，因?yàn)槭虑榫o急，我寫(xiě)的很快，寫(xiě)完就發(fā)，沒(méi)注意把日期改一下，直寫(xiě)成最簡(jiǎn)潔的數(shù)字：7.16。 果然，英國(guó)人回我郵件之后不忘PS：the date shou...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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DoHeatmap畫(huà)熱圖時(shí)應(yīng)該注意的點(diǎn)日常瞎掰 ??通過(guò)標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來(lái)自于Seurat包，處理過(guò)單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來(lái)畫(huà)每個(gè)cluster的m...
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單細(xì)胞36計(jì)之29---錯(cuò)誤：無(wú)法分配大小為6.9Gb的矢量
29、第二十九計(jì) 樹(shù)上開(kāi)花比喻將本求利，別人收獲。此計(jì)是說(shuō)借助某種局面（或手段）布成有利的陣勢(shì)，兵力弱小但可使陣勢(shì)顯出強(qiáng)大的樣子或者是弱小的部隊(duì)通過(guò)憑借某種因素，改變外部形態(tài)...
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貼壁細(xì)胞非變性總蛋白co-immunoprecipitation原理，步驟和注意事項(xiàng)
免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）是使用能夠特異性結(jié)合目的蛋白質(zhì)的抗體將目的蛋白從溶液中沉淀出來(lái)的技術(shù)。該方法可從含有數(shù)千種不同蛋白質(zhì)的樣品中分離和濃...
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教程- Image J 計(jì)數(shù)（手動(dòng)和自動(dòng)2種方法）
細(xì)胞計(jì)數(shù)怎么整？ 靠心算？ 那小編只能向您致以崇高的敬意了。 養(yǎng)細(xì)胞、拍照、計(jì)數(shù)可謂是科研界的鐵人三項(xiàng)。 減輕科研壓力，從應(yīng)用軟件做起！ This is the div...
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多個(gè)切片的空間轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)圖（tsne降維圖/空間分布圖）修改顏色一、加載包 二、下載測(cè)試數(shù)據(jù) 三、合并多個(gè)切片，同時(shí)進(jìn)行基礎(chǔ)分析 四、繪制基因表達(dá)的tsne圖,也可以畫(huà)umap圖，看個(gè)人喜好 五、繪制基因空間分布圖
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中future包的使用跑錨點(diǎn)整合的時(shí)候遇到報(bào)錯(cuò) 提示future.globals.maxSize不足解決辦法參考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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seurat V5升級(jí)：一些常見(jiàn)報(bào)錯(cuò)1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組基因相關(guān)性分析之schex（尋找空間細(xì)胞單元）hello，今天分享一個(gè)重要的內(nèi)容，在空間上尋求基因的相關(guān)性，當(dāng)然，也可以利用這個(gè)方法尋找我們的空間細(xì)胞“單元”，我們來(lái)看看詳細(xì)的分析。 我們知道，空間分析中常見(jiàn)的是解析每個(gè)...
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UMAP圖上同時(shí)展示多個(gè)marker基因
最近有小伙伴問(wèn)道一個(gè)問(wèn)題，如何在一個(gè)單細(xì)胞UMAP/TSNE圖上展示多個(gè)marker基因的表達(dá)，乍一看挺簡(jiǎn)單的，后來(lái)也是思考了一些時(shí)間，慢慢解決了這個(gè)問(wèn)題。 首先，Seura...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之共定位分析（細(xì)胞類型和配受體基因）hello，大家好，今天我們來(lái)深入分析一下有關(guān)10X空間轉(zhuǎn)錄組的共定位分析問(wèn)題，其實(shí)有關(guān)共定位問(wèn)題呢，之前的一些文章也都分享過(guò)，文章在空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類型的spot dista...
