在看文獻(xiàn)Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
在看文獻(xiàn)Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
作者,追風(fēng)少年i 周四了,一周最好的時(shí)光,不知道大家感覺(jué)怎么樣了?2022年上半年的最后一天,時(shí)光總是匆匆,不會(huì)為自己停留片刻。白哥有一句臺(tái)詞,之前做的再好也回不去了,項(xiàng)目交...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
推薦理由這篇文章涉及單細(xì)胞的細(xì)胞類型鑒定、擬時(shí)分析、細(xì)胞交流等主流的單細(xì)胞分析方式,提供數(shù)據(jù)及代碼,因而學(xué)習(xí)和參考價(jià)值較高。 卡路里限制重編程老化小鼠的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄景觀 老化導(dǎo)...
您好,請(qǐng)問(wèn)一下,我在運(yùn)行cds<-orderCells(cds)時(shí),出現(xiàn)報(bào)錯(cuò):Error in if (class(projection)!="matrix") projection<-as.matrix(projection): the condition has length > 1
之前所有步驟按照您的教程來(lái)是ok的,總是卡在這一步,還請(qǐng)老師指點(diǎn)迷津,謝謝!
請(qǐng)問(wèn)R里面怎么輸出KEGG和REACTUM的全部通路呢?
怎么樣展示有差異的通路呢?
單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包,用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性,目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包,用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性,目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
cds <- cluster_cells(cds) 報(bào)錯(cuò)了:
求助┭┮﹏┭┮
Error in leidenbase::leiden_find_partition(graph_result[["g"]], partition_type = partition_type, :
REAL() can only be applied to a 'numeric', not a 'NULL'
Monocle3:擬時(shí)序分析寫在前面:今天突然想寫這個(gè)教程,花了一下午看資料,其實(shí)我前面是有一些基礎(chǔ)的,但是看的還是會(huì)很亂,所以想把這個(gè)包的脈絡(luò)寫一下,希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個(gè)包的...
0.簡(jiǎn)介 seurat自帶的小提琴圖,在基因數(shù)量多時(shí)變得不易讀??吹揭粋€(gè)漂亮的版本。 比較如下: 1.數(shù)據(jù) pbmc數(shù)據(jù)是seurat標(biāo)準(zhǔn)流程findcluster得到的,p...
原文:信號(hào)通路研究思路_百度文庫(kù) https://wenku.baidu.com/view/449d5a41ec3a87c24128c450 證明一個(gè)藥物能通過(guò)抑制P38表...
簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能,可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖,主要依賴于Seurat V4,circlize,Compl...
找到原因了,示例數(shù)據(jù)的基因數(shù)16000+,太多了,嘗試把基因縮減,代碼就跑通了
NetAct代碼實(shí)操之單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析的新時(shí)代前言 Immugent在之前的一篇推文;NetAct:利用基因活性構(gòu)建核心轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
gsearslts <- TF_Selection(GSDB = mDB, DErslt = DErslt, minSize = 5, nperm = 10000,
qval = 0.05, compList = compList,
nameFile = "gsearslts_tutorial")
我注意到你代碼里并沒(méi)跑這部分,而是直接readRDS本地文件。我跑這部分代碼,一跑就R崩潰,怎么回事呢?..
NetAct代碼實(shí)操之單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析的新時(shí)代前言 Immugent在之前的一篇推文;NetAct:利用基因活性構(gòu)建核心轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
生信小課堂,全網(wǎng)同名! 影響因子:9.029 本文建模方式比較普通,效果也一般。機(jī)器學(xué)習(xí)目前在腫瘤和非腫瘤生信中越來(lái)越常見(jiàn),不管是構(gòu)建模型還是篩選關(guān)鍵基因,都有很出色的發(fā)揮。...
前言 在前一期的推文;hdWGCNA:將單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實(shí)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...
前言 Immugent最近讀到了一篇非常炸裂的文獻(xiàn),篇名為:High dimensional co-expression networks enable discovery ...
請(qǐng)問(wèn)構(gòu)建假細(xì)胞是啥意思呢?為什么可以減少樣本數(shù)呢
使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(懶人版) 2023-05-18背景介紹 WGCNA是權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,是常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的重要分析內(nèi)容之一,能找到與表型相關(guān)聯(lián)的基因模塊,所謂基因模塊其實(shí)就是基因集,不過(guò)在WGCNA中是有共...
各位同學(xué),大家好,今天我們繼續(xù)WGCNA的分析點(diǎn),這一次,我們需要聯(lián)合兩種技術(shù),10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組,也就是在多組學(xué)層面上分析WGCNA得到的模塊,關(guān)于WGCNA,...