在看文獻(xiàn)Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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DoRothEA：scRNAseq轉(zhuǎn)錄因子活性預(yù)測(cè)工具 -
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）細(xì)胞通訊分析聯(lián)合大全作者，追風(fēng)少年i 周四了，一周最好的時(shí)光，不知道大家感覺(jué)怎么樣了？2022年上半年的最后一天，時(shí)光總是匆匆，不會(huì)為自己停留片刻。白哥有一句臺(tái)詞，之前做的再好也回不去了，項(xiàng)目交...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞文章解讀+代碼復(fù)現(xiàn)（一）推薦理由這篇文章涉及單細(xì)胞的細(xì)胞類型鑒定、擬時(shí)分析、細(xì)胞交流等主流的單細(xì)胞分析方式，提供數(shù)據(jù)及代碼，因而學(xué)習(xí)和參考價(jià)值較高。 卡路里限制重編程老化小鼠的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄景觀 老化導(dǎo)...
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昨夜星辰云雨 ·您好，請(qǐng)問(wèn)一下，我在運(yùn)行cds<-orderCells(cds)時(shí)，出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)：Error in if (class(projection)!="matrix") projection<-as.matrix(projection): the condition has length > 1
之前所有步驟按照您的教程來(lái)是ok的，總是卡在這一步，還請(qǐng)老師指點(diǎn)迷津，謝謝！ -
請(qǐng)問(wèn)R里面怎么輸出KEGG和REACTUM的全部通路呢？
怎么樣展示有差異的通路呢？單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism
一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包，用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
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單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包，用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
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cds <- cluster_cells(cds) 報(bào)錯(cuò)了：
求助┭┮﹏┭┮
Error in leidenbase::leiden_find_partition(graph_result[["g"]], partition_type = partition_type, :
REAL() can only be applied to a 'numeric', not a 'NULL'Monocle3：擬時(shí)序分析
寫在前面：今天突然想寫這個(gè)教程，花了一下午看資料，其實(shí)我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會(huì)很亂，所以想把這個(gè)包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個(gè)包的...
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大漂亮版本的單細(xì)胞小提琴圖0.簡(jiǎn)介 seurat自帶的小提琴圖，在基因數(shù)量多時(shí)變得不易讀?？吹揭粋€(gè)漂亮的版本。 比較如下： 1.數(shù)據(jù) pbmc數(shù)據(jù)是seurat標(biāo)準(zhǔn)流程findcluster得到的，p...
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信號(hào)通路研究思路
原文：信號(hào)通路研究思路_百度文庫(kù) https://wenku.baidu.com/view/449d5a41ec3a87c24128c450 證明一個(gè)藥物能通過(guò)抑制P38表...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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找到原因了，示例數(shù)據(jù)的基因數(shù)16000+，太多了，嘗試把基因縮減，代碼就跑通了
NetAct代碼實(shí)操之單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析的新時(shí)代
前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性構(gòu)建核心轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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gsearslts <- TF_Selection(GSDB = mDB, DErslt = DErslt, minSize = 5, nperm = 10000,
qval = 0.05, compList = compList,
nameFile = "gsearslts_tutorial")
我注意到你代碼里并沒(méi)跑這部分，而是直接readRDS本地文件。我跑這部分代碼，一跑就R崩潰，怎么回事呢？..NetAct代碼實(shí)操之單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析的新時(shí)代
前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性構(gòu)建核心轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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最新9+純生信，基于中心體擴(kuò)增相關(guān)基因建模+單細(xì)胞分析，可模仿！生信小課堂，全網(wǎng)同名！ 影響因子：9.029 本文建模方式比較普通，效果也一般。機(jī)器學(xué)習(xí)目前在腫瘤和非腫瘤生信中越來(lái)越常見(jiàn)，不管是構(gòu)建模型還是篩選關(guān)鍵基因，都有很出色的發(fā)揮。...
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hdWGCNA系列推文（一）：分析流程的搭建
前言 在前一期的推文；hdWGCNA：將單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實(shí)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...
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hdWGCNA：將單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實(shí)前言 Immugent最近讀到了一篇非常炸裂的文獻(xiàn)，篇名為：High dimensional co-expression networks enable discovery ...
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請(qǐng)問(wèn)構(gòu)建假細(xì)胞是啥意思呢？為什么可以減少樣本數(shù)呢
使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（懶人版） 2023-05-18
背景介紹 WGCNA是權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，是常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的重要分析內(nèi)容之一，能找到與表型相關(guān)聯(lián)的基因模塊，所謂基因模塊其實(shí)就是基因集，不過(guò)在WGCNA中是有共...
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10X單細(xì)胞WGCNA分析聯(lián)合10X空間轉(zhuǎn)錄組WGCNA分析各位同學(xué)，大家好，今天我們繼續(xù)WGCNA的分析點(diǎn)，這一次，我們需要聯(lián)合兩種技術(shù)，10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組，也就是在多組學(xué)層面上分析WGCNA得到的模塊，關(guān)于WGCNA，...