在看文獻Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
發(fā)簡信
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DoRothEA：scRNAseq轉錄因子活性預測工具 -
10X單細胞（10X空間轉錄組）細胞通訊分析聯(lián)合大全作者，追風少年i 周四了，一周最好的時光，不知道大家感覺怎么樣了？2022年上半年的最后一天，時光總是匆匆，不會為自己停留片刻。白哥有一句臺詞，之前做的再好也回不去了，項目交...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細胞文章解讀+代碼復現(xiàn)（一）推薦理由這篇文章涉及單細胞的細胞類型鑒定、擬時分析、細胞交流等主流的單細胞分析方式，提供數(shù)據(jù)及代碼，因而學習和參考價值較高。 卡路里限制重編程老化小鼠的單細胞轉錄景觀 老化導...
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昨夜星辰云雨 ·您好，請問一下，我在運行cds<-orderCells(cds)時，出現(xiàn)報錯：Error in if (class(projection)!="matrix") projection<-as.matrix(projection): the condition has length > 1
之前所有步驟按照您的教程來是ok的，總是卡在這一步，還請老師指點迷津，謝謝！ -
請問R里面怎么輸出KEGG和REACTUM的全部通路呢？
怎么樣展示有差異的通路呢？單細胞量化代謝活性-scMetabolism
一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個R包，用于在單細胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進行...
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單細胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個R包，用于在單細胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進行...
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cds <- cluster_cells(cds) 報錯了：
求助┭┮﹏┭┮
Error in leidenbase::leiden_find_partition(graph_result[["g"]], partition_type = partition_type, :
REAL() can only be applied to a 'numeric', not a 'NULL'Monocle3：擬時序分析
寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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大漂亮版本的單細胞小提琴圖0.簡介 seurat自帶的小提琴圖，在基因數(shù)量多時變得不易讀?？吹揭粋€漂亮的版本。 比較如下： 1.數(shù)據(jù) pbmc數(shù)據(jù)是seurat標準流程findcluster得到的，p...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細胞數(shù)據(jù)簡介 plot1cell包提供了多種單細胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能，可以基于Seurat分析結果對象直接進行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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找到原因了，示例數(shù)據(jù)的基因數(shù)16000+，太多了，嘗試把基因縮減，代碼就跑通了
NetAct代碼實操之單細胞轉錄因子分析的新時代
前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性構建核心轉錄因子調(diào)控網(wǎng)絡[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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gsearslts <- TF_Selection(GSDB = mDB, DErslt = DErslt, minSize = 5, nperm = 10000,
qval = 0.05, compList = compList,
nameFile = "gsearslts_tutorial")
我注意到你代碼里并沒跑這部分，而是直接readRDS本地文件。我跑這部分代碼，一跑就R崩潰，怎么回事呢？..NetAct代碼實操之單細胞轉錄因子分析的新時代
前言 Immugent在之前的一篇推文；NetAct:利用基因活性構建核心轉錄因子調(diào)控網(wǎng)絡[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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最新9+純生信，基于中心體擴增相關基因建模+單細胞分析，可模仿！生信小課堂，全網(wǎng)同名！ 影響因子：9.029 本文建模方式比較普通，效果也一般。機器學習目前在腫瘤和非腫瘤生信中越來越常見，不管是構建模型還是篩選關鍵基因，都有很出色的發(fā)揮。...
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hdWGCNA系列推文（一）：分析流程的搭建
前言 在前一期的推文；hdWGCNA：將單細胞和空間轉錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1...
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hdWGCNA：將單細胞和空間轉錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實前言 Immugent最近讀到了一篇非常炸裂的文獻，篇名為：High dimensional co-expression networks enable discovery ...
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請問構建假細胞是啥意思呢？為什么可以減少樣本數(shù)呢
使用WGCNA分析單細胞轉錄組數(shù)據(jù)（懶人版） 2023-05-18
背景介紹 WGCNA是權重基因共表達網(wǎng)絡分析，是常規(guī)轉錄組和單細胞轉錄組的重要分析內(nèi)容之一，能找到與表型相關聯(lián)的基因模塊，所謂基因模塊其實就是基因集，不過在WGCNA中是有共...
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10X單細胞WGCNA分析聯(lián)合10X空間轉錄組WGCNA分析各位同學，大家好，今天我們繼續(xù)WGCNA的分析點，這一次，我們需要聯(lián)合兩種技術，10X單細胞和10X空間轉錄組，也就是在多組學層面上分析WGCNA得到的模塊，關于WGCNA，...