對于通路分析結(jié)果的可視化而言，最常用的展現(xiàn)方式就是在通路中高亮顯示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在線服務(wù)，可以方便的完成這一任務(wù)。 網(wǎng)址如下： ...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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color pathway 使用指南 : 在通路圖中標(biāo)記基因
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KEGG API 用法詳解下篇
本篇接著介紹下列 4種 api 的用法： get conv link 4.ddi get 根據(jù)提供的kegg 標(biāo)識符，返回特定的記錄，多個標(biāo)識符之間用+ 連接，一次最多允許1...
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KEGG API 用法詳解上篇
對于大多數(shù)的數(shù)據(jù)庫而言，API接口可以方便的從數(shù)據(jù)庫中檢索數(shù)據(jù)。kegg 數(shù)據(jù)庫的API 鏈接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi...
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KEGG pathway 數(shù)據(jù)庫
pathway 建立在ko 數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上，基于我們對生命活動中的分子相互作用和化學(xué)物質(zhì)的反應(yīng)的認(rèn)識，構(gòu)建了復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，采用通路圖的形式，進(jìn)行展示。 通路圖中融合了ko,...
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KEGG Glycan 數(shù)據(jù)庫
復(fù)合糖作為糖類與蛋白質(zhì)或者脂質(zhì)結(jié)合的產(chǎn)物 ，在生物中分布廣泛，具有重要的功能。GLYCAN 數(shù)據(jù)庫收錄了實驗驗證過的復(fù)合糖的信息，主要是結(jié)構(gòu)信息。每條記錄用G number ...
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KEGG Genes 數(shù)據(jù)庫
kegg genes 數(shù)據(jù)庫收錄了物種的基因信息。 kegg 使用自己定義的ID 唯一區(qū)別每個基因，叫做kegg gene ID。 對于每個基因，除了給出對應(yīng)的物種，染色體...
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KEGG Genome 數(shù)據(jù)庫
kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3個數(shù)據(jù)庫構(gòu)成。 kegg Organisms 數(shù)據(jù)庫收錄了有完整...
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KEGG Drug 數(shù)據(jù)庫
kegg drug 數(shù)據(jù)庫是一個藥物相關(guān)信息的綜合數(shù)據(jù)庫，包括了在日本，美國，歐洲上市的的藥物。所有在日本上市的藥物，不論處方藥還是非處方藥，包括天然藥物和中藥，都會在Dru...
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KEGG Network 數(shù)據(jù)庫
kegg orthology 數(shù)據(jù)庫是 kegg 的核心，利用基因在不同物種之間的保守性，使得我們可以在更高層次上解讀基因功能。 pathway, brite, module...
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KEGG Disease 數(shù)據(jù)庫
kegg disease 數(shù)據(jù)庫收錄了已經(jīng)報告的各種疾病的信息，每個記錄用H Number 唯一標(biāo)識， 比如H00004。 在kegg 中，將疾病視作分子網(wǎng)絡(luò)的一個不正常的狀...
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KEGG Reaction 數(shù)據(jù)庫
KEGG Reaction 是收錄酶促反應(yīng)相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫，包含了所有代謝通路中的酶促反應(yīng)和一些只在enzyme 數(shù)據(jù)庫中有記錄的酶促反應(yīng)，每條記錄用R Number 唯一標(biāo)...
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KEGG Enzyme 數(shù)據(jù)庫
生物體內(nèi)的大多數(shù)反應(yīng)都需要酶的參與，酶在生命活動中發(fā)揮了重要作用。IUBMB/UPAC 國際標(biāo)準(zhǔn)化命名委員會對已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的酶都提供了標(biāo)準(zhǔn)化的的命名方式，叫做EC number。...
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KEGG COMPOUND 數(shù)據(jù)庫
kegg compound 數(shù)據(jù)庫存儲了在生命活動中發(fā)揮作用的各種小分子，生物大分子和其他類型的化學(xué)物質(zhì)，采用C number 進(jìn)行標(biāo)識，比如C00047, 代表L-賴氨酸...
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KEGG Orthology 數(shù)據(jù)庫簡介
我們經(jīng)常會使用KEGG數(shù)據(jù)庫來研究基因的功能，而在KEGG 數(shù)據(jù)庫中，直接存儲分子功能的就是KEGG Orthology 數(shù)據(jù)庫。 KEGG Orthology 簡稱KO,該...
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KEGG Brite 數(shù)據(jù)庫
KEGG被稱為京都基因組百科全書，是一個綜合性的數(shù)據(jù)庫。對于如此龐大的數(shù)據(jù)庫，肯定需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行分門別類的整理。除了將各種數(shù)據(jù)拆分到不同的子數(shù)據(jù)庫中之外，KEGG還對所有的數(shù)...
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KEGG Module 數(shù)據(jù)庫
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中，每個KO 代表具體的一個功能。在生命活動中，往往需要多個功能單位共同發(fā)揮作用，比如多個蛋白質(zhì)構(gòu)成復(fù)合體來發(fā)揮調(diào)控作...
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如何做火一個微博賬號這是我在V峰會的演講內(nèi)容 分享給大家，恩，沒什么好保留的，好的模式，不怕公開 以下是演講全文： 大家好，我要開始裝逼了！ 在座的各位應(yīng)該都不認(rèn)識我，就算認(rèn)識的出了這個門估計也...
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Disease Ontology:人類疾病分類數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! Gene Ontology, 簡稱GO, 是最常用的基因功能注釋數(shù)據(jù)庫之一。Disease Ontolog與GO數(shù)據(jù)庫類似，通過參照MeSH, I...
