????R剛?cè)腴T的時候，能夠正確讀取單個文件就覺得小有成就，隨著時間的積累，單一文件地讀取已經(jīng)不能滿足需求了，此時，批量地做就是解放雙手地過程。 使用for循環(huán)把下載地TCG...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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【R語言】批量讀取某路徑下文件內(nèi)容
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Kaplan-Meier生存分析的結(jié)果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析，它可用于研究1個因素對于生存時間的影響。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
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R循環(huán)追加數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)框
list轉(zhuǎn)化為data.frame ??在數(shù)據(jù)處理過程中會遇到各式各樣的要求，格式轉(zhuǎn)換、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)重構(gòu)等需求可以說是家常便飯了，所以R語言本身也提供了很多數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換的函數(shù)或者...
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@LZY_c906 可以
STAR 2-pass, picard 到gatk的使用
!!!對 RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行變異檢測分析，與常規(guī)重測序的主要區(qū)別就在序列比對這一步，因為 RNA-seq 的數(shù)據(jù)是來自轉(zhuǎn)錄本的，比對到參考基因組需要跨越轉(zhuǎn)錄剪切位...
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A4: 蛋白質(zhì)組搜庫--安裝，建庫，搜庫，整合，分析
搜庫前準備 搜庫前應(yīng)重裝系統(tǒng)，清空不必要的東西，可在服務(wù)器A4, A5重裝win7 PE版本（自帶U深度PE裝機工具）;安裝完后需要激活一下win7 安裝，均在A4服務(wù)器的C...
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一只健忘豬
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Gfold安裝:Error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot object file: No such fileopen s...
conda 下安裝gfold 解決： gfold 依賴于gsl庫，先確認好已安裝好gsl相關(guān)軟件，which gsl查找一下； 查找到已安裝過gsl, ln -s軟連接到co...
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WGD（全基因組復制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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GATK DepthOfCoverage 太慢DepthOfCoverage會輸出7個文本結(jié)果。其中一個是按照interval上的每個堿基，輸出一行統(tǒng)計信息，所以會比較慢： .DepthOfCoverage.txt結(jié)果 ...
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GenVisR 基因組數(shù)據(jù)可視化實戰(zhàn)(二)上一篇講了GenVisR 基因組數(shù)據(jù)可視化實戰(zhàn) (一)[http://www.itdecent.cn/p/bb695b053246]是GenVisR畫waterfall 圖...
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2018-09-24 wes流程文件解讀2
上次我們整理到bwa比對后得到bam文件，下一步我們要通過GATK流程從bam文件中call variant。一、使用GATK前須知事項： 對GATK的測試主要使用的是人類全...
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@橡樹_f3d2 跟著我寫的先走一遍
snpEff注釋vcf前構(gòu)建庫的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #進入還有java高版本的conda所屬環(huán)境snpEff #啟動 snpEff 構(gòu)建小鼠的數(shù)據(jù)庫 先進入 snpeff-5.1-1...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
