首先放出參考鏈接： https://jokergoo.github.io/2020/05/11/set-cell-width/height-in-the-heatmap/[h...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Complexheatmap::pheatmap圖cell尺寸設(shè)置 -
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請(qǐng)問這種基因是線條的圖，怎么在添加顏色的同時(shí)添加形狀呀？比如圖中這種紅色三角形
Error in array(col.rgb[, i], dim(node.rgb)[3:1]) : negative length vectors are not allowed
使用pathview時(shí)遇到一個(gè)error，初始代碼如下： 部分pathway可以正常生成，如ko00970 但是部分pathway無法生成，報(bào)錯(cuò)，如 仔細(xì)對(duì)比發(fā)現(xiàn)，這兩幅圖的...
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Error in array(col.rgb[, i], dim(node.rgb)[3:1]) : negative length vectors are not allowed使用pathview時(shí)遇到一個(gè)error，初始代碼如下： 部分pathway可以正常生成，如ko00970 但是部分pathway無法生成，報(bào)錯(cuò)，如 仔細(xì)對(duì)比發(fā)現(xiàn)，這兩幅圖的...
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請(qǐng)問修改前的圖中，圖例的標(biāo)題是怎么添加的？
R pheatmap 圖例顯示不完整/超出邊界 添加標(biāo)題 解決辦法
轉(zhuǎn)換為ggplot對(duì)象，調(diào)整右邊距 前： 后：
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R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細(xì)介紹pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對(duì)熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動(dòng)整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源，保證...
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關(guān)于GSEA富集結(jié)果條目數(shù)一跑一變的迷思和恍然大悟當(dāng)只有自己發(fā)生狀況時(shí)，歸結(jié)給運(yùn)氣和自己太菜；當(dāng)別人發(fā)生同樣的狀況時(shí)，歸結(jié)給共同的客觀原因，比如網(wǎng)速太慢、電腦太爛；當(dāng)偉大的互聯(lián)網(wǎng)告訴你有更多的人遭遇了同樣的困惑，才終于投向科...
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詳解GO的層級(jí)關(guān)系在富集分析中的應(yīng)用對(duì)于Gene ontology 而言，目前共有2萬多個(gè)Go trems。 做完富集分析后，我們可能會(huì)得到幾百甚至幾千個(gè)富集到的GO terms, 這樣的一個(gè)數(shù)據(jù)量對(duì)于人工一個(gè)...
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GO-plot:超好看的GO富集可視化以下代碼均來自GO-plot的manual（GOplot (wencke.github.io)[https://wencke.github.io/]）。GO-plot用條形圖...
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R語言繪圖包02--熱圖pheatmapR語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] 熱圖輸入的數(shù)據(jù)是數(shù)值型...
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@果蠅飼養(yǎng)員的生信筆記 所以如果后面繼續(xù)用DESeq進(jìn)行差異分析，其實(shí)并不需要另外進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化對(duì)嗎？標(biāo)準(zhǔn)化得到的normalized_counts是用來做其他差異分析？
DESeq2詳細(xì)用法
1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
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DESeq2中rlog標(biāo)準(zhǔn)化那些事前言 我們?cè)谑褂肈ESeq2做下游分析的時(shí)候，往往會(huì)利用到DESeq2的標(biāo)準(zhǔn)化函數(shù)：rlog和vst函數(shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，而這兩種標(biāo)準(zhǔn)化方式是有一定區(qū)別的： rlog更適用于樣本量...
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DESeq2三種標(biāo)準(zhǔn)化的區(qū)別
count標(biāo)準(zhǔn)化 我們構(gòu)建dds對(duì)象以后，可以計(jì)算每個(gè)文庫的標(biāo)準(zhǔn)化因子，那么count函數(shù)加normalized=TRUE意味著每一列的基因除以對(duì)于的標(biāo)準(zhǔn)化因子，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)文...
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6、無重復(fù)差異基因分析（edgeR包的使用）1）簡(jiǎn)介 edgeR作用對(duì)象是count文件，rows 代表基因，行代表文庫，count代表的是比對(duì)到每個(gè)基因的reads數(shù)目。它主要關(guān)注的是差異表達(dá)分析，而不是定量基因表達(dá)...
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EnhancedVolcano -- 火山圖全攻略小郭叨叨叨：本文檔主要介紹EnhancedVolcano包及參數(shù)說明。作者 Kevin Blighe，R包信息參見Publication-ready volcano plot...
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用EnhancedVolcano 繪制火山圖最近發(fā)現(xiàn)一個(gè)新包EnhancedVolcano，畫火山圖令人發(fā)指的簡(jiǎn)單，而且用戶自主設(shè)置顏色、形狀、大小和陰影等參數(shù)定義不同的繪圖屬性，還可以通過添加連線的方式有效避免數(shù)據(jù)點(diǎn)...
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KEGG API 用法詳解下篇
本篇接著介紹下列 4種 api 的用法： get conv link 4.ddi get 根據(jù)提供的kegg 標(biāo)識(shí)符，返回特定的記錄，多個(gè)標(biāo)識(shí)符之間用+ 連接，一次最多允許1...
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KEGG API 用法詳解上篇
對(duì)于大多數(shù)的數(shù)據(jù)庫而言，API接口可以方便的從數(shù)據(jù)庫中檢索數(shù)據(jù)。kegg 數(shù)據(jù)庫的API 鏈接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi...
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熱圖去掉聚類樹但是保留聚類
看到這個(gè)問題，你可能搜了好多答案，比如 熱圖如何去掉聚類樹的同時(shí)保留聚類的順序？ - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/e...