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TCGA數(shù)據(jù)庫下載：多種方法及優(yōu)缺點介紹在TCGA數(shù)據(jù)庫下載文件有很多種方法： 一.利用R語言下載（本文重點介紹這個） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個方法??！目前沒發(fā)現(xiàn)明顯缺點） 方法2：RTCGAT...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘五：突變數(shù)據(jù)畫圖一.整理并加載數(shù)據(jù) （這里沒有把整理數(shù)據(jù)步驟放進去，直接加載的已經(jīng)整理好的maf文件） 二.把基因突變情況可視化 三.畫基因突變瀑布圖 縱是基因，取的突變數(shù)量前30個；橫的是...
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ATAC-seq分析實操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實戰(zhàn)（附上收費視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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重磅干貨：外顯子的那些疑問
作者：Raymon T編輯：angelica 外顯子組分析有助檢測出和疾病相關(guān)的編碼區(qū)突變，從而研究DNA變異對正常生物學機制與疾病發(fā)病機制的影響。繼上篇關(guān)于外顯子在實驗方面...
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R-可視化之顏色與色板選擇在用R繪圖時，顏色設(shè)置是美化過程中不可缺少的一步，這次簡單的學習與總結(jié)一下。 一、在R中顏色的表示 （1） 顏色的名字 built-in color names R內(nèi)置了65...
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ROH分析及熱點區(qū)域計算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復制粘貼。盡管每個步驟都實際運行過，但因為是一邊實驗一邊寫，難免存在錯誤各種排版，細節(jié)問題懶得細摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
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利用基因組信息改善牲畜 -綜述（2019）閱讀Michel Georges綜述的筆記。這邊綜述從家畜物種（即牛、綿羊、山羊、豬、家禽和鮭魚）的可用基因組資源的狀況，以及如何使用這些資源來加速缺陷致病基因的發(fā)現(xiàn)和管理，...
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2-群體遺傳的基礎(chǔ)介紹1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）單倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 兩者的區(qū)別關(guān)鍵：...
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RNA-seq： 用perl進行基因ID轉(zhuǎn)換RNAseq上游分析得到的矩陣通常是如下的基因id，這對于我們找差異基因不夠直觀，所以做差異分析之前一般會進行一個基因id轉(zhuǎn)換。 輸入文件 即轉(zhuǎn)換為這種格式，方法如下。 輸出...
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GeneiASE —— ASE檢驗
在ASEReadCounter完成位點的覆蓋度信息計數(shù)統(tǒng)計之后，還需要對位點添加基因ID，隨后做二項分布和費舍爾精確檢驗，這里推薦GENEiase軟件。 ASE （等位基因特...
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RNA-seq 檢測變異之 GATK 最佳實踐流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比對 對 RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行變異檢測分析，與常規(guī)重測序的主要區(qū)別就在序列比...
