2021.02.14今天收集了三個與譜系分化有關(guān)的單細胞高級算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它們...
IP屬地：寧夏
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單細胞譜系分化高級算法 -
EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個月過去，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時間干點啥不好，裂...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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單細胞smart-seq2建庫原理應(yīng)用單細胞測序技術(shù)研究科學(xué)問題越來越普遍，當(dāng)下應(yīng)用最火熱的是10X Genomics公司的解決方案，但是在某些特殊或者少量細胞樣本的單細胞轉(zhuǎn)錄組研究中，Smart-seq2技...
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【轉(zhuǎn)錄組07】樣本表達分布、相關(guān)性分析&差異表達分析一.樣本表達分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個圖結(jié)合起來可以看總體樣本表達分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹————通過計算點與點之間的空間距離對樣本進行類別...
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2022-12-27懷疑word中插入了重復(fù)的引文怎么辦如果利用endnote插入文獻時，發(fā)現(xiàn)endnote 組中的文獻數(shù)量和word中不一致時，word中更多，就會想第一：是不是endnote 組中重復(fù)插入，但是很好對比，就直接...
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單細胞 & 空間整合去批次方法比較作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，沒有最好，只有更好，因為單細胞這張關(guān)系網(wǎng)越來越大了。 今天繼續(xù)回答粉絲提出的問題，關(guān)于多樣本整合方式的問題，方式有很多種，我先把常見的列...
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2022-09-16-10X-single cell 上游分析流程
step1_從網(wǎng)站上下載.sra文件： step2_將.sra文件 轉(zhuǎn)為fastq文件： step3_利用 fastqc 進行質(zhì)控檢驗，輸出網(wǎng)頁文件： step4_批量改名 ...
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Seurat的三種單細胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細胞數(shù)據(jù)由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實際的生物學(xué)意義，...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上，或者找不到基因，這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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很有用，另外建一個conda 環(huán)境，可以不用第3步
安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決
問題 安裝R包（ade4）時遇到以下問題（缺少庫文件）： 從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到lapack和blas庫（-l 是lib的意思，xxx是庫名） 問題解決： 1...
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安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決
問題 安裝R包（ade4）時遇到以下問題（缺少庫文件）： 從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到lapack和blas庫（-l 是lib的意思，xxx是庫名） 問題解決： 1...
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安裝monocle2 加載時報錯 object ‘clusterApply’ is not exported by 'namespace:BiocGenerics'
一開始使用conda 安裝 安裝方法： Bioconductor Monocle :: Anaconda.org[https://anaconda.org/bioconda/...
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DoHeatmap畫熱圖時應(yīng)該注意的點日常瞎掰 ??通過標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個函數(shù)來自于Seurat包，處理過單細胞的人應(yīng)該都知道這個函數(shù)就是用來畫每個cluster的m...
