2021.02.14今天收集了三個與譜系分化有關(guān)的單細胞高級算法:MAGIC(2018 Cell),PHATE(2019 NBT),Palantir(2019 NBT)。它們...
2021.02.14今天收集了三個與譜系分化有關(guān)的單細胞高級算法:MAGIC(2018 Cell),PHATE(2019 NBT),Palantir(2019 NBT)。它們...
2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個月過去,本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T,c4gh解碼失敗了一半有這些時間干點啥不好,裂...
應(yīng)用單細胞測序技術(shù)研究科學(xué)問題越來越普遍,當(dāng)下應(yīng)用最火熱的是10X Genomics公司的解決方案,但是在某些特殊或者少量細胞樣本的單細胞轉(zhuǎn)錄組研究中,Smart-seq2技...
一.樣本表達分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個圖結(jié)合起來可以看總體樣本表達分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹————通過計算點與點之間的空間距離對樣本進行類別...
如果利用endnote插入文獻時,發(fā)現(xiàn)endnote 組中的文獻數(shù)量和word中不一致時,word中更多,就會想第一:是不是endnote 組中重復(fù)插入,但是很好對比,就直接...
作者,追風(fēng)少年i hello,大家好,沒有最好,只有更好,因為單細胞這張關(guān)系網(wǎng)越來越大了。 今天繼續(xù)回答粉絲提出的問題,關(guān)于多樣本整合方式的問題,方式有很多種,我先把常見的列...
step1_從網(wǎng)站上下載.sra文件: step2_將.sra文件 轉(zhuǎn)為fastq文件: step3_利用 fastqc 進行質(zhì)控檢驗,輸出網(wǎng)頁文件: step4_批量改名 ...
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細胞數(shù)據(jù)由于實驗平臺或樣本等原因會造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng),這種批次效應(yīng)是人為因素造成的,沒有實際的生物學(xué)意義,...
適用背景 當(dāng)我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上,或者找不到基因,這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt,另外還查到NCB...
很有用,另外建一個conda 環(huán)境,可以不用第3步
安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決問題 安裝R包(ade4)時遇到以下問題(缺少庫文件): 從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到lapack和blas庫(-l 是lib的意思,xxx是庫名) 問題解決: 1...
問題 安裝R包(ade4)時遇到以下問題(缺少庫文件): 從報錯信息可以看出報錯根本原因是找不到lapack和blas庫(-l 是lib的意思,xxx是庫名) 問題解決: 1...
一開始使用conda 安裝 安裝方法: Bioconductor Monocle :: Anaconda.org[https://anaconda.org/bioconda/...
日常瞎掰 ??通過標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個函數(shù)來自于Seurat包,處理過單細胞的人應(yīng)該都知道這個函數(shù)就是用來畫每個cluster的m...