Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對(duì)象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
IP屬地：江蘇
-
R-Seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程 -
快速修剪-多序列比對(duì)結(jié)果-構(gòu)建靠譜的進(jìn)化樹寫在前面 年初在汕頭婚宴上，我問一個(gè)朋友，現(xiàn)在在做什么工作。他回復(fù)了我： 但行好事，莫問前程。 現(xiàn)在看來，挺好。 構(gòu)建進(jìn)化樹的基礎(chǔ)是序列對(duì)齊，或者說多序列比對(duì)。做序列對(duì)齊的主...
-
使用SnapATAC分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（一）: SnapATAC簡(jiǎn)介與安裝SnapATAC簡(jiǎn)介 SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一個(gè)能夠快速、準(zhǔn)確和全面分析單細(xì)胞A...
-
picard 使用
https://broadinstitute.github.io/picard/picard-metric-definitions.html[https://broadins...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)？ 細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)技術(shù)的測(cè)序水平是在個(gè)體或群體水平上對(duì)數(shù)萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，因...
-
recos基因組及共線性可視化簡(jiǎn)介 這篇簡(jiǎn)文主要介紹一下recos軟件的安裝，以及該軟件可以繪制什么樣的基因組共線性圖。與circos類似，它可以將基因組之間的共線性和基因組的相關(guān)特性展示到圖中，不同的是...
-
GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一個(gè)基于 web 的 Genbank 數(shù)據(jù)可視化和比較工具，使用 streamlit web 框架開發(fā)。 GBKviz 允許用戶在用戶指定的基因組區(qū)域（PNG...
-
用scaffold10x基于10x genomics數(shù)據(jù)做genome scaffolding
背景介紹 在得到初步的組裝結(jié)果之后，如果手上有10x genomics的基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的話，除了可以用supernova基于10x數(shù)據(jù)獨(dú)立組裝出一個(gè)新版本的基因組外(詳見我的...
-
一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過 一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時(shí)間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)，新方法出來了，有更好的的方法...
-
提取bam/sam文件指定區(qū)域reads
若想要從sam或bam文件中提取指定區(qū)域內(nèi)的reads，可以使用samtools和bedtools來實(shí)現(xiàn)。 首先準(zhǔn)備一個(gè)區(qū)域信息文件。region.bed #第一列為染色體...
-
宏基因組標(biāo)準(zhǔn)流程--metaWRAP1. metaWRAP簡(jiǎn)介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成為一個(gè)易于使用的宏基因組數(shù)據(jù)...
-
利用quickmerge對(duì)基因組組裝的contig去重
quickmerge是一個(gè)用來去除基因組組裝中的重復(fù)的軟件。 該軟件沒有單獨(dú)的文章，是作為某個(gè)基因組組裝中的衍生腳本。該基因組文章是 Improved Genome Asse...
-
FinisherSC升級(jí)基因組—你還在用MUMmer3?軟件介紹 FinisherSC 是一個(gè)能夠利用三代測(cè)序的 raw subreads 對(duì)基因組進(jìn)行升級(jí)的軟件。其是一個(gè)Python寫的軟件，能夠并行化調(diào)用MUMmer軟件進(jìn)行序...
-
structure繪圖（Rscript）pophelper（R 包） Usage:Rscript ../../script/draw_admixture.R order admixture.fam root_tes...
-
使用element_text在ggplot2中自定義文本ggplot2的主題系統(tǒng)可以讓我們更好的控制圖形非數(shù)據(jù)元素的細(xì)節(jié)，通過更加精細(xì)的修改來提升圖像的美感，ggplot2 的主題系統(tǒng)[https://ggplot2-book.o...
-
基因家族分析（3）進(jìn)化樹構(gòu)建及美化基因家族樹構(gòu)建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，構(gòu)建進(jìn)化樹之前，需要進(jìn)行多序列比對(duì)。 多序列比對(duì) 多序列比對(duì)的作用是將核酸或者氨基酸序列對(duì)齊，使得相同殘基的位點(diǎn)位于同一...
-
10X空間轉(zhuǎn)錄組聚類分析回顧之SpaGCN(結(jié)合基因表達(dá)信息、空間位置和形態(tài)學(xué))隔離的第九天，孤獨(dú)仍在，但亦師亦友，今天我們來回顧一下10X空間轉(zhuǎn)錄組聚類的分析軟件SpaGCN，這個(gè)軟件之前分享過，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組聚類分析之圖卷積網(wǎng)絡(luò)（graph ...