1、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
發(fā)簡信
IP屬地：澳門
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R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因 -
因?yàn)樽罱K是cat打印到終端的，linux可以寫個(gè)標(biāo)準(zhǔn)輸出到文件中，R語言的話，建議改源代碼，將其存為data.frame的形式
CORNAS：一種快速簡單鑒定無重復(fù)轉(zhuǎn)錄組差異基因的方法
還記得上次文章的最后提到CORNAS這種方法嗎？最近剛好在Github上看到了這個(gè)項(xiàng)目，就花了點(diǎn)時(shí)間看了下文檔感覺操作也比較簡單，這里記錄一下使用過程，大家共同學(xué)習(xí)一下。 介...
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單細(xì)胞譜系分化高級(jí)算法2021.02.14今天收集了三個(gè)與譜系分化有關(guān)的單細(xì)胞高級(jí)算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它們...
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利用貝葉斯的方法獲得cell cluster的marker基因
理論 參考文章為：genesorteR[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/676379v2.full]簡單理解下，每個(gè)cell ...
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一只末流985生物
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利用Seurat包Transfer數(shù)據(jù)集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09關(guān)鍵詞 FindTransferAnchors函數(shù) TransferData函數(shù) 細(xì)胞類型注釋 映射數(shù)據(jù)集/Transfer 數(shù)據(jù)集 適用背景 細(xì)胞注釋的標(biāo)準(zhǔn)一直備受爭議，就...
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不同物種可參考《Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer》自行構(gòu)建邏輯回歸模型（彈性網(wǎng)絡(luò)正則化）用于對齊不同的細(xì)胞類型
利用Seurat包Transfer數(shù)據(jù)集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09
關(guān)鍵詞 FindTransferAnchors函數(shù) TransferData函數(shù) 細(xì)胞類型注釋 映射數(shù)據(jù)集/Transfer 數(shù)據(jù)集 適用背景 細(xì)胞注釋的標(biāo)準(zhǔn)一直備受爭議，就...
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https://github.com/satijalab/seurat/issues/3930 此問題的出現(xiàn)是由于細(xì)胞數(shù)過少產(chǎn)生的，IntegrateData運(yùn)行過程中需要按照行或列取最小值生成一個(gè)對稱的矩陣，默認(rèn)是100。若細(xì)胞數(shù)小于100就會(huì)報(bào)錯(cuò)，將k.weight參數(shù)改為最小的細(xì)胞數(shù)就能成功運(yùn)行了。
Error in idx[i, ] <- res[[i]][[1]] : number of items to replace is not a multiple of replacement ...
調(diào)整下參數(shù)就好了
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這相當(dāng)于沒寫
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調(diào)整下參數(shù)就好了
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PLSDA是一種有監(jiān)督的方法，可以用于計(jì)算兩組差異的特征。用在這里比較不同樣本的區(qū)別不太合適，還是得用pca
PLS-DA代替PCA試試降維效果？
最近有小伙伴問道PLS-DA（Partial least squares Discriminant Analysis，偏最小二乘判別分析），一種組學(xué)分析中常用的多變量分析方法...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）巨噬細(xì)胞分析之M1/M2分型討論
hello,大家好，周三了，一周又要過去了，時(shí)間真的是過得飛快，根本來不及反應(yīng)，真的是一寸光陰一寸金，寸金難買寸光陰~~~ 今天分享一個(gè)小的知識(shí)點(diǎn)，單細(xì)胞關(guān)于巨噬細(xì)胞分析的常...
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使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] Seurat是分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)一個(gè)非常好用的包，自帶...
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好的謝謝??
Scissor：聯(lián)合表型數(shù)據(jù)，Bulk-seq和scRNA的分析軟件
前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù)，尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群，然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義。作者開發(fā)Scissor的動(dòng)機(jī)...
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作者您好有個(gè)問題，這里的bulk數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)必須對應(yīng)同一來源的樣本是嗎
Scissor：聯(lián)合表型數(shù)據(jù)，Bulk-seq和scRNA的分析軟件
前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù)，尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群，然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義。作者開發(fā)Scissor的動(dòng)機(jī)...
