單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖 -
您好，請(qǐng)問(wèn)只有barcode gene matrix可以構(gòu)建anndata格式嘛
Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData
AnnData是python中存儲(chǔ)單細(xì)胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個(gè)slots：X contains the expression matri...
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10X scRNA免疫治療學(xué)習(xí)筆記-3-走Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程劉小澤寫于19.10.15筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（三）：從featureCounts與Salmon輸出文件獲取counts矩陣本節(jié)概覽：從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構(gòu)建counts矩陣；樣品的重命名和分組；counts與TPM轉(zhuǎn)換；基因...
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轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集
寫在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì) 調(diào)用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
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【原創(chuàng)】R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)：read counts如何轉(zhuǎn)化為TPM和FPKM, TPM和FPKM相互轉(zhuǎn)化
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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單細(xì)胞之rds，loom和h5ad數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換
Seurat依舊是單細(xì)胞分析的利器，也有越來(lái)越的的單細(xì)胞分析工具基于python開(kāi)發(fā)。在數(shù)據(jù)分析時(shí)，有時(shí)需要將seurat的結(jié)果遷移到python下游分析，手動(dòng)遷移seura...
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你好，請(qǐng)問(wèn)rds數(shù)據(jù)怎么下載呀??謝謝～
單細(xì)胞-傻瓜式Seurat的rds文件轉(zhuǎn)Scanpy的h5ad文件
在Seurat主導(dǎo)的單細(xì)胞世界里，Scanpy算是有點(diǎn)小眾了?？墒强拥氖亲约哼€必須用scanpy(誰(shuí)讓流程已經(jīng)搭建好了，數(shù)據(jù)已經(jīng)處理一半了；誰(shuí)讓師兄說(shuō)這個(gè)數(shù)據(jù)量大R帶不起來(lái)...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可視化1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? limma-voom，edge...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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R語(yǔ)言繪圖 | 使用pheatmap快速繪制熱圖
歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)“生信小王子”！熱圖是我們展示數(shù)據(jù)時(shí)常用的圖形，今天小編教大家使用"pheatmap"快速繪制熱圖。 首先，我們需要準(zhǔn)備輸入文件。比如，我想繪制熱圖來(lái)比較3...
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
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遺傳學(xué) 博士
