生信小白一枚，我不是牛人，我只是一頭開(kāi)荒牛，希望大家能在我的學(xué)習(xí)基礎(chǔ)上更進(jìn)一步，共同提高！
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單細(xì)胞之軌跡分析-5：slingshot軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
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GWAS分析-說(shuō)人話（15）- 如何查看SNP所在的基因前言 當(dāng)我們獲得一堆“感興趣”/“有意義”的SNPs之后， 怎樣知道這些SNPs所在的基因呢？ 不要告訴我一個(gè)一個(gè)在pubmed查就好～ 我們需要知道Plink哪個(gè)參數(shù)可以幫...
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孟德?tīng)栯S機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系1. 孟德?tīng)栯S機(jī)化方法 傳統(tǒng)觀察性流行病學(xué)研究在發(fā)現(xiàn)疾病病因以及因果推斷中存在諸多挑戰(zhàn)，比如反向因果關(guān)聯(lián)、潛在混雜因素、微效暴露因素以及多重檢驗(yàn)等，當(dāng)研究者訴諸于隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)...
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MTAG(multi-trait analysis of GWAS)又開(kāi)始一個(gè)新的軟件啦，大家是否有需要的？可以同一人群的不同trait做。咱們就開(kāi)始吧~官網(wǎng)地址：URLs. MTAG software is available at htt...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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群體遺傳分析—LD連鎖不平衡本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見(jiàn)的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的...
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫(xiě)在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對(duì)此格式對(duì)應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）。在多次花時(shí)間寫(xiě)腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實(shí)...
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最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
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conda 從入門(mén)到精通
conda是最常用的軟件安裝工具之一。conda能夠解決程序依賴問(wèn)題，可以快速的安裝各種軟件，把我們從安裝軟件的大坑中解放出來(lái)。 1. 查看conda的環(huán)境配置 conda有...
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生物信息說(shuō)人話系列-GWAS分析
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GWAS分析-說(shuō)人話（8）合并數(shù)據(jù)前言 重要的，還是要知道自己在做什么！ 為什么要合并數(shù)據(jù)？ 是為了個(gè)性化的GWAS分析。plink的指令，只識(shí)別“一個(gè)”名字的文件（如下圖的MY_DATA）。 聰明的你，應(yīng)該...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）實(shí)操全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）實(shí)操 數(shù)據(jù)及代碼來(lái)源：GWAS_in_R[https://github.com/whussain2/R-for-Plant-Breeding/tr...
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GWAS分析-說(shuō)人話（4）打開(kāi)文件
前言 這是寫(xiě)給小白的，大神請(qǐng)直接路過(guò)（點(diǎn)贊就好了～） 獲得文件后怎樣打開(kāi)，偷窺一下內(nèi)容？ 不！要！告！訴！我！雙擊！文件?。。。。。?！ 我現(xiàn)在有這樣的一個(gè)文件：sclschr...
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GWAS分析-說(shuō)人話（2）認(rèn)識(shí)文件名前言 認(rèn)識(shí)文件名，這玩意太重要了！行外人看不懂?。。。。。。?高逼格的東西自己閱讀參考文件了，我只上最粗暴的！～ 尼馬的，給我記好了，不然在GWAS分析的路上活不下的?。?！ ...
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我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學(xué)小蛋散”哦～<br>讓學(xué)醫(yī)快樂(lè)～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
