共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。今天主要測試的是Python版McScan（jcvi工具包），這個(gè)包很強(qiáng)大，是從MCScanx升級(jí)而來的基因組共線性分析軟件。 ...
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共線性分析 | MCscan (Python version JCVI 包) -
GATK4 多個(gè)樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport
我們知道，GATK 4 多個(gè)樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件：1）a sin...
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GWAS全流程#02 | 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備寫在前面 gwas整套流程按順序如下： 1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fastp） 2.比對(duì)&標(biāo)記重復(fù)（bwa，samtools） 3.變異檢測（gatk） 4.關(guān)聯(lián)分析 前面一篇文章已...
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GWAS全流程#01 | 變異位點(diǎn)獲得（gatk）寫在前面 原理應(yīng)用部分就不多說了，太多文章了。這里稍微注意一下樣本的選擇問題： 1.盡可能得選擇自然群體（野生個(gè)體），或者說遺傳關(guān)系相對(duì)較遠(yuǎn)的個(gè)體，不要選擇群體結(jié)構(gòu)較為簡單的...
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基因組注釋01# | 重復(fù)序列注釋（RepeatModler+RepeatMasker）寫在前面 進(jìn)行這部分重復(fù)序列提取和注釋，主要是為了屏蔽基因組的重復(fù)序列，以保證后面基因結(jié)構(gòu)注釋的準(zhǔn)確性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler對(duì)組裝好的基因組進(jìn)...
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R學(xué)習(xí)筆記1 | 初步認(rèn)識(shí)R雖然前期陸陸續(xù)續(xù)間斷學(xué)習(xí)用過R，當(dāng)時(shí)感覺自己現(xiàn)在每次用R又要花很多時(shí)間重新理解R的語言邏輯，所以想系統(tǒng)學(xué)習(xí)下R語言，主要記錄下自己的R的學(xué)習(xí)過程，做下筆記加深印象。 R及Rs...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個(gè)最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級(jí)別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號(hào)李恒在主題為Pac...
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@榮_e687 先分別生成你的二代和三代HIFI測序數(shù)據(jù)的路徑文件，在.cfg配置文件中的sgs_fofn/lgs_fofn那里改成相應(yīng)文件就行
De novo組裝#05 | 基因組糾錯(cuò)polish（racon+pilon, nextpolish）
寫在前面 在進(jìn)行染色體掛載之前一般對(duì)得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進(jìn)行進(jìn)一步的優(yōu)化，以減少錯(cuò)誤，提高基因組的質(zhì)量和準(zhǔn)確性。然后再將這些...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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@13cdd6ddd9c3 不用刪，非T2T級(jí)別基因組組裝有一些沒有掛在到染色體的contig很正常，一般你去下載的基因組fasta文件都是由chr1 chr2 .....，以及一些scaffold## 組成的。你就不用管他，因?yàn)槟阋哺悴磺逅降资腔蚪M上真實(shí)存在的序列由于所在的位置比較復(fù)雜沒有掛上，還是前面軟件組裝產(chǎn)生的垃圾，你自己很難判斷手動(dòng)去移到真正準(zhǔn)確的位置。建議用juicerbox調(diào)整完就重新去用assembly文件去重新生成fasta，可以設(shè)置下過濾參數(shù)，把那些太短contig都過濾掉，剩下比較長可以留著說不定里面確實(shí)有重要的東西但又沒掛上，你用這個(gè)基因組做后續(xù)其他分析的時(shí)候可以選擇只用chr水平的序列去做。關(guān)于juicerbox軟件具體用法我有點(diǎn)記不清了，不過有一點(diǎn)需要注意下，隨時(shí)調(diào)整分辨率，對(duì)一些比較短的contig進(jìn)行操作的時(shí)候需要放大一點(diǎn)鼠標(biāo)箭頭才會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)的形狀
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）
寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
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性染色體的鑒定（GATK4）寫在前面 性別被稱為“進(jìn)化生物學(xué)問題的皇后”，一直是生命科學(xué)領(lǐng)域中最具吸引力和最熱門研究方向之一。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎(chǔ)，這篇文章主要介紹一套鑒定性染色體...
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fastqc只是用來檢測測序數(shù)據(jù)是否存在質(zhì)量問題（有沒有接頭，低質(zhì)量的reads等），輸出結(jié)果就是一個(gè)檢測報(bào)告，本身并沒有做過濾，一般都是fastp來跑數(shù)據(jù)過濾。不過現(xiàn)在的測序公司釋放給你的測序數(shù)據(jù)都是跑過fastp的"clean data"了，一般不會(huì)給你raw data要你自己跑過濾。你可以看下公司給你的結(jié)題報(bào)告，一般都會(huì)有fastqc/fastp的相關(guān)結(jié)果
De novo組裝#01 | 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fasqc+fastp）
fastqc查看數(shù)據(jù)基本情況 1#安裝fastqc課題組超算已安裝的fastqc報(bào)錯(cuò)，在自己目錄下新建一個(gè)software目錄用于安裝相應(yīng)的軟件，手動(dòng)安裝: 2#運(yùn)行程序安裝...
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gvcf文件與vcf文件一、解釋一 這里注意HaplotypeCaller只能處理單樣本文件，當(dāng)有多樣本時(shí)，官方建議使用HaplotypeCaller對(duì)單bam文件分別進(jìn)行變異檢測，生成GVCF文件...
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De novo組裝#08 | 基因組組裝評(píng)估寫在前面 基因組組裝完成后，我們需要對(duì)我們組裝好的基因組進(jìn)行一個(gè)質(zhì)量評(píng)估，質(zhì)量評(píng)估主要從連續(xù)性（continuity），完整性（completeness），準(zhǔn)確性（ accu...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
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De novo組裝#06 | Scaffolding和gap filling
基于三代測序reads進(jìn)行Scaffold構(gòu)建以及補(bǔ)洞gap filling，我這里只有一種三代測序數(shù)據(jù)CLR，這里就先不做了，而且我看文章做這步的人也非常少。后面有時(shí)間再補(bǔ)...
