Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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Scanpy可視化函數(shù)匯總 -
scanpy | 基本單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程。 環(huán)...
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單組學(xué)的多變量分析|1.PCA和PLS-DAPCA和PLS-DA 我們使用SRBCT數(shù)據(jù)集來(lái)說(shuō)明PCA和sPLS-DA。 安裝并加載mixOmics包 示例數(shù)據(jù)集 示例數(shù)據(jù)是mixOmics包自帶的經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化處理過(guò)的可...
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代謝組學(xué)常見(jiàn)的R包
MetaboAnalystR: 這是一款用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的 R 包，它包含了數(shù)據(jù)處理、數(shù)據(jù)分析和結(jié)果解釋的一系列功能，這些功能都基于 MetaboAnalyst 網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)...
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一文看懂10X VDJ
作者：童蒙編輯：angelica 01.什么是BCR和TCR B細(xì)胞和T細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的受體分別被稱為B細(xì)胞受體（B Cell Receptor ，BCR）和T細(xì)胞受體（T Ce...
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ComplexHeatmap復(fù)雜熱圖繪制學(xué)習(xí)——3.熱圖注釋（一）第 3 章 熱圖注釋 熱圖注釋是熱圖的重要組成部分，它顯示與熱圖中的行或列相關(guān)聯(lián)的附加信息。 ComplexHeatmap包為設(shè)置注釋和定義新的注釋圖形提供了非常靈活的...
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R-ggplot2-箱圖系列（2） 注釋P值與組間比較R-ggplot2-箱圖系列（1） basic - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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R繪制火山圖 EnhancedVolcano+ggplot什么是火山圖？ 火山圖其實(shí)是一種很形象的叫法，它可以通過(guò)關(guān)注對(duì)象的落點(diǎn)從而直觀地展示該對(duì)象的所屬區(qū)域。其通常用于展示差異結(jié)果，比如RNA-seq差異基因展示。讀懂了“火山”火...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒(méi)有分析過(guò)bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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RNAseq-踩坑03 -- 差異分析 要用 read_countCOUNT: 高通量測(cè)序中比對(duì)到exon上的reads數(shù)。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...
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TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書 [http://www.itdecent.cn/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書 [htt...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.4下游分析之DEseq2包差異分析基于上游分析獲得表達(dá)矩陣后，就可以進(jìn)行差異分析了，最基礎(chǔ)的莫過(guò)于利用DEseq2包尋找差異基因。學(xué)習(xí)自b站視頻生信技能樹(shù)轉(zhuǎn)錄組視頻~ 0、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及前處理 由于目前在家不方便...
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RNA-seq入門（二）質(zhì)控及fastqc報(bào)告解讀一、質(zhì)控 前面我們從GEO下好了SRA數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換為fastq文件，現(xiàn)在需要對(duì)fastq文件進(jìn)行質(zhì)控，這里用的軟件為fastqc。首先建好文件夾用來(lái)存放數(shù)據(jù) fastqc 這步...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(一)ggpubr: 'ggplot2' Based Publication Ready Plots 一款基于ggplot2的可視化包ggpubr，能夠一行命令繪制出符合出版物要求...
