Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu):AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù):預(yù)處理和聚類(lèi)[https://...
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scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程。 環(huán)...
PCA和PLS-DA 我們使用SRBCT數(shù)據(jù)集來(lái)說(shuō)明PCA和sPLS-DA。 安裝并加載mixOmics包 示例數(shù)據(jù)集 示例數(shù)據(jù)是mixOmics包自帶的經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化處理過(guò)的可...
MetaboAnalystR: 這是一款用于代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的 R 包,它包含了數(shù)據(jù)處理、數(shù)據(jù)分析和結(jié)果解釋的一系列功能,這些功能都基于 MetaboAnalyst 網(wǎng)頁(yè)平臺(tái)...
作者:童蒙編輯:angelica 01.什么是BCR和TCR B細(xì)胞和T細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的受體分別被稱(chēng)為B細(xì)胞受體(B Cell Receptor ,BCR)和T細(xì)胞受體(T Ce...
R-ggplot2-箱圖系列(1) basic - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
什么是火山圖? 火山圖其實(shí)是一種很形象的叫法,它可以通過(guò)關(guān)注對(duì)象的落點(diǎn)從而直觀地展示該對(duì)象的所屬區(qū)域。其通常用于展示差異結(jié)果,比如RNA-seq差異基因展示。讀懂了“火山”火...
由于太久沒(méi)有分析過(guò)bulk數(shù)據(jù)了,前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳,所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白,也剛剛了解NG...
COUNT: 高通量測(cè)序中比對(duì)到exon上的reads數(shù)。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
TCGA數(shù)據(jù)下載方法:gdc-client,Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息(樣本):(存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù),需整理為表達(dá)矩陣) + (存儲(chǔ)樣本文件的...
TCGA學(xué)習(xí)01:數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書(shū) [http://www.itdecent.cn/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02:差異分析 - 簡(jiǎn)書(shū) [htt...
基于上游分析獲得表達(dá)矩陣后,就可以進(jìn)行差異分析了,最基礎(chǔ)的莫過(guò)于利用DEseq2包尋找差異基因。學(xué)習(xí)自b站視頻生信技能樹(shù)轉(zhuǎn)錄組視頻~ 0、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及前處理 由于目前在家不方便...
一、質(zhì)控 前面我們從GEO下好了SRA數(shù)據(jù)并轉(zhuǎn)換為fastq文件,現(xiàn)在需要對(duì)fastq文件進(jìn)行質(zhì)控,這里用的軟件為fastqc。首先建好文件夾用來(lái)存放數(shù)據(jù) fastqc 這步...
ggpubr: 'ggplot2' Based Publication Ready Plots 一款基于ggplot2的可視化包ggpubr,能夠一行命令繪制出符合出版物要求...