由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程 -
TCGA+biomarker——常見結(jié)果展示
在腫瘤研究領(lǐng)域，biomarker的研究以及相應(yīng)試劑盒的開始，是服務(wù)于腫瘤臨床的一個方向。這類研究項目依賴于大量腫瘤臨床樣本和機器學(xué)習(xí)算法。由于眾多高通量數(shù)據(jù)庫的建立，使得大...
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你好 我想問一下 在科技部進行備案填寫資料時多是人遺方面的信息比如家系這類的 但我的文章的測序數(shù)據(jù)只是腫瘤組織的測序 不知道如何填寫 有什么經(jīng)驗可以提供嗎 感激
人遺測序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，對我們而言，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI，國內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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細胞類型鑒定--單細胞marker基因（持續(xù)修正）細胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過exprs函數(shù)獲取表達矩陣后我們可以通過以下三種方法判斷是否需要進行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識別 最簡單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計：如果表達量的數(shù)值在50以內(nèi)，通...
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Cre小鼠的簡介與應(yīng)用1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
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CellChat：細胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用，另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時候我們想看某一特定通路的富集情況，這時就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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TCGA的ID轉(zhuǎn)換可以一步到位了
0.背景知識 TCGA或TCGA+GTEx的表達矩陣，行名都是ensamble id，因為TCGA數(shù)據(jù)的參考基因組版本是genecode V22，xena重新分析的TCGA+...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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想問一下 備案是必要要等到文章發(fā)表才能進行嗎
人遺測序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫，對我們而言，國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI，國內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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學(xué)習(xí)小組Day6筆記--小鹿R包 R包是多個函數(shù)的集合，具有詳細的說明和示例。 安裝和加載R包 鏡像設(shè)置設(shè)置CRAN鏡像方法一：在Rstudio的程序設(shè)置中 但即使設(shè)置了這里，Rstudio也不是每次都...
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學(xué)習(xí)小組Day5筆記--小鹿
數(shù)據(jù)類型 向量（vector）矩陣（Matrix）數(shù)組（Array）數(shù)據(jù)框（Data frame）List 向量 標量和向量元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等，根據(jù)它...
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學(xué)習(xí)小組Day4筆記--小鹿R和Rstudio的安裝 避免用戶名為中文 下載R和RstudioR： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/[https://...
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學(xué)習(xí)小組Day3筆記--小鹿軟件管理conda 軟件下載器，作用相當(dāng)于App store，90%以上的軟件都能搜到，一鍵安裝。日常生信使用小而精的Miniconda即可，Miniconda 是一個 An...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--小鹿linux是什么？ 與windows、mac一樣是操作系統(tǒng) 以開源、免費、穩(wěn)定、安全為特點 應(yīng)用于服務(wù)器 支持多人獨立使用 目錄結(jié)構(gòu)（文件夾）區(qū)別于windows的C/D/E...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--小鹿
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