由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了,前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳,所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白,也剛剛了解NG...
由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了,前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳,所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白,也剛剛了解NG...
在腫瘤研究領(lǐng)域,biomarker的研究以及相應(yīng)試劑盒的開始,是服務(wù)于腫瘤臨床的一個方向。這類研究項目依賴于大量腫瘤臨床樣本和機器學(xué)習(xí)算法。由于眾多高通量數(shù)據(jù)庫的建立,使得大...
你好 我想問一下 在科技部進行備案填寫資料時多是人遺方面的信息比如家系這類的 但我的文章的測序數(shù)據(jù)只是腫瘤組織的測序 不知道如何填寫 有什么經(jīng)驗可以提供嗎 感激
人遺測序數(shù)據(jù)的備份備案及共享為發(fā)表論文故,測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫,對我們而言,國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI,國內(nèi)的可上傳至GSA。其中,人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human,其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
細胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
通過exprs函數(shù)獲取表達矩陣后我們可以通過以下三種方法判斷是否需要進行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識別 最簡單粗暴的方法就是,根據(jù)數(shù)值大小粗略估計:如果表達量的數(shù)值在50以內(nèi),通...
1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
前言 我們知道,細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用,另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子,即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游,有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
有時候我們想看某一特定通路的富集情況,這時就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
0.背景知識 TCGA或TCGA+GTEx的表達矩陣,行名都是ensamble id,因為TCGA數(shù)據(jù)的參考基因組版本是genecode V22,xena重新分析的TCGA+...
軌跡分析系列: 單細胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析(Pseudot...
想問一下 備案是必要要等到文章發(fā)表才能進行嗎
人遺測序數(shù)據(jù)的備份備案及共享為發(fā)表論文故,測序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫,對我們而言,國外數(shù)據(jù)庫一般選NCBI,國內(nèi)的可上傳至GSA。其中,人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human,其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
R包 R包是多個函數(shù)的集合,具有詳細的說明和示例。 安裝和加載R包 鏡像設(shè)置設(shè)置CRAN鏡像方法一:在Rstudio的程序設(shè)置中 但即使設(shè)置了這里,Rstudio也不是每次都...
數(shù)據(jù)類型 向量(vector)矩陣(Matrix)數(shù)組(Array)數(shù)據(jù)框(Data frame)List 向量 標量和向量元素指的是數(shù)字或者字符串(用chr表示)等,根據(jù)它...
R和Rstudio的安裝 避免用戶名為中文 下載R和RstudioR: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/[https://...
軟件管理conda 軟件下載器,作用相當(dāng)于App store,90%以上的軟件都能搜到,一鍵安裝。日常生信使用小而精的Miniconda即可,Miniconda 是一個 An...
linux是什么? 與windows、mac一樣是操作系統(tǒng) 以開源、免費、穩(wěn)定、安全為特點 應(yīng)用于服務(wù)器 支持多人獨立使用 目錄結(jié)構(gòu)(文件夾)區(qū)別于windows的C/D/E...
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