有人問(wèn)miRNA靶基因如何預(yù)測(cè)的問(wèn)題，鑒于自己也做過(guò)相關(guān)的分析，稍有點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)，總結(jié)記錄一下。 一、miranda預(yù)測(cè) 軟件安裝 測(cè)試example 再舉一例（個(gè)性化分析） mi...
IP屬地：江西
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miRNA靶基因預(yù)測(cè) -
關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對(duì)具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類整理結(jié)果。 兩類測(cè)序bias 長(zhǎng)度bi...
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方便快捷的smallRNA數(shù)據(jù)分析流程前言 ??今天來(lái)跟大家分享一個(gè)smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]。這個(gè)流程是...
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走進(jìn)R語(yǔ)言，走進(jìn)可視化，讓你無(wú)所不能！
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CubicHeatMap - 重磅推出 - 魔方熱圖 - 偽三維Emmm, 今天的主圖， 寫(xiě)在前面 博士畢業(yè)論文中，使用的樣品包括： 不同的類型 / 或者說(shuō)不同的組織 不同的時(shí)間 / 或者說(shuō)時(shí)間序列所以，是一個(gè)多X多的設(shè)計(jì)。對(duì)于這類實(shí)驗(yàn)設(shè)...
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R繪圖 | 兩組genes的累積曲線分布比較！
出發(fā)點(diǎn)： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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bamtofastq 將bam文件轉(zhuǎn)成fastq文件目標(biāo) 通常比對(duì)好的bam，如果需要重新比對(duì)，需要將文件轉(zhuǎn)成原始的測(cè)序文件的格式fastq。通過(guò)bedtools中的bamtofastq 能夠?qū)⑽募D(zhuǎn)成fastq bedtoo...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫(xiě)于19.6.8之前最開(kāi)始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^(guò)兩篇推文，當(dāng)時(shí)簡(jiǎn)單做了了解，但有朋友說(shuō)意猶未盡，嗯我也這么覺(jué)得，總覺(jué)得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀：https://github...
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【陳巍學(xué)基因-3】small RNA-seqMicro RNA參與許多的生命調(diào)節(jié)過(guò)程，是近十年來(lái)的一個(gè)研究重點(diǎn)。 這次介紹：1.small RNA建庫(kù)測(cè)序方法2.small RNA的生物信息學(xué)分析 表達(dá)量差異分析 聚類...
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生信介紹-資源分享與匯總
1. linux 學(xué)習(xí)：http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/ 2.python：http...
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bedtools intersect簡(jiǎn)單介紹整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 一般而言，我們獲得了MACS的peak calling結(jié)果時(shí)，我們會(huì)想探...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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基因組重復(fù)序列檢測(cè)：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測(cè)的常用工具，通過(guò)與參考數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性比對(duì)來(lái)準(zhǔn)確識(shí)別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測(cè)注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進(jìn)行Normalization 測(cè)序深度：某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測(cè)序深度時(shí)才能檢測(cè)到。一般而言，隨著測(cè)序深度的增加，基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會(huì)...
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Kaplan-Meier生存分析的結(jié)果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析，它可用于研究1個(gè)因素對(duì)于生存時(shí)間的影響。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
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利用R包TCGAbiolinks進(jìn)行各種數(shù)據(jù)下載下載TCGA數(shù)據(jù)的方法有很多，上一篇介紹了如何用gdc-client批量下載數(shù)據(jù)，基于網(wǎng)上有很多用TCGAbiolinks包下載數(shù)據(jù)的教程，所以也想學(xué)習(xí)一下這個(gè)方法。TCGA...
