有人問(wèn)miRNA靶基因如何預(yù)測(cè)的問(wèn)題,鑒于自己也做過(guò)相關(guān)的分析,稍有點(diǎn)經(jīng)驗(yàn),總結(jié)記錄一下。 一、miranda預(yù)測(cè) 軟件安裝 測(cè)試example 再舉一例(個(gè)性化分析) mi...
有人問(wèn)miRNA靶基因如何預(yù)測(cè)的問(wèn)題,鑒于自己也做過(guò)相關(guān)的分析,稍有點(diǎn)經(jīng)驗(yàn),總結(jié)記錄一下。 一、miranda預(yù)測(cè) 軟件安裝 測(cè)試example 再舉一例(個(gè)性化分析) mi...
背景 feature 定義:基因組上對(duì)具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如:gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點(diǎn):利于分類整理結(jié)果。 兩類測(cè)序bias 長(zhǎng)度bi...
前言 ??今天來(lái)跟大家分享一個(gè)smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]。這個(gè)流程是...
Emmm, 今天的主圖, 寫(xiě)在前面 博士畢業(yè)論文中,使用的樣品包括: 不同的類型 / 或者說(shuō)不同的組織 不同的時(shí)間 / 或者說(shuō)時(shí)間序列所以,是一個(gè)多X多的設(shè)計(jì)。對(duì)于這類實(shí)驗(yàn)設(shè)...
出發(fā)點(diǎn): 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
目標(biāo) 通常比對(duì)好的bam,如果需要重新比對(duì),需要將文件轉(zhuǎn)成原始的測(cè)序文件的格式fastq。通過(guò)bedtools中的bamtofastq 能夠?qū)⑽募D(zhuǎn)成fastq bedtoo...
劉小澤寫(xiě)于19.6.8之前最開(kāi)始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^(guò)兩篇推文,當(dāng)時(shí)簡(jiǎn)單做了了解,但有朋友說(shuō)意猶未盡,嗯我也這么覺(jué)得,總覺(jué)得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀:https://github...
Micro RNA參與許多的生命調(diào)節(jié)過(guò)程,是近十年來(lái)的一個(gè)研究重點(diǎn)。 這次介紹:1.small RNA建庫(kù)測(cè)序方法2.small RNA的生物信息學(xué)分析 表達(dá)量差異分析 聚類...
1. linux 學(xué)習(xí):http://wiki.jikexueyuan.com/project/learn-linux-step-by-step/ 2.python:http...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 一般而言,我們獲得了MACS的peak calling結(jié)果時(shí),我們會(huì)想探...
tags: Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要,去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
RepeatMasker是重復(fù)序列檢測(cè)的常用工具,通過(guò)與參考數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性比對(duì)來(lái)準(zhǔn)確識(shí)別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列,屬于同源預(yù)測(cè)注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
1. 為什么我們要進(jìn)行Normalization 測(cè)序深度:某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測(cè)序深度時(shí)才能檢測(cè)到。一般而言,隨著測(cè)序深度的增加,基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會(huì)...
1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析,它可用于研究1個(gè)因素對(duì)于生存時(shí)間的影響。參考:生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
下載TCGA數(shù)據(jù)的方法有很多,上一篇介紹了如何用gdc-client批量下載數(shù)據(jù),基于網(wǎng)上有很多用TCGAbiolinks包下載數(shù)據(jù)的教程,所以也想學(xué)習(xí)一下這個(gè)方法。TCGA...