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IP屬地：河南
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根據(jù)Eggnog注釋信息構(gòu)建orgDb數(shù)據(jù)庫(kù)并進(jìn)行GO、KEGG分析
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使用egg-nog進(jìn)行非模式生物的基因注釋——以昆蟲為例
為什么寫這個(gè)文章，其實(shí)是自己在安裝和運(yùn)行的過(guò)程中遇到了兩個(gè)關(guān)于軟件安裝版本的問題，和一個(gè)路徑問題（1）軟件安裝的版本不是最新的。（2）安裝上新版本了，但是內(nèi)部涵蓋的軟件本身的...
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PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop<br>
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用hifiasm組裝基因組
hifiasm大概是目前為止支持PacBio HiFi數(shù)據(jù)組裝的所有軟件中表現(xiàn)最優(yōu)異的軟件了。它不但能輸出primary assembly result，還能分別組裝出單倍體...
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如何用一行 CSS 實(shí)現(xiàn) 10 種現(xiàn)代布局現(xiàn)代 CSS 布局使開發(fā)人員只需按幾下鍵就可以編寫十分有意義且強(qiáng)大的樣式規(guī)則。上面的討論和接下來(lái)的帖文研究了 10 種強(qiáng)大的 CSS 布局，它們實(shí)現(xiàn)了一些非凡的工作。 01....
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跟著Plos Biology學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2雙Y軸折線圖論文 Large variation in the association between seasonal antibiotic use and resistance ac...
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從零開始的基因組分析自學(xué)（七）-基因組質(zhì)量評(píng)估
#quality assessment (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzkyNjMzNTgx...
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blobtools鑒定轉(zhuǎn)錄組污染來(lái)源方法參考De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa ...
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snpEFF的使用
0.關(guān)于snpEff，建議大家去官網(wǎng)[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者。逝者已去，深切緬懷。同時(shí)看下官方文檔[ht...
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De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)，如 CLR 的測(cè)序錯(cuò)誤，基因組自身的雜合性和重復(fù)序列的影響等等，purge_dups軟件能根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs...
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利用snpEff對(duì)基因型VCF文件進(jìn)行變異注釋的詳細(xì)方法利用snpEff對(duì)VCF文件進(jìn)行變異注釋 群體遺傳研究中，在獲得SNP位點(diǎn)后,我們需要對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋，對(duì)這些SNP位點(diǎn)進(jìn)行更深的了解。 snpEff是一個(gè)用于對(duì)基因組單...
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小麥BSRseq一 ：hisat2流程 HISAT2安裝及使用[https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52527205] hisat2...
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文獻(xiàn)解讀：兩條件時(shí)間序列轉(zhuǎn)錄組的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn) 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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seq2HLA:利用RNA_seq數(shù)據(jù)進(jìn)行HLA分型原網(wǎng)址：https://cloud.tencent.com/developer/article/1626413 對(duì)于不同的HLA Allel來(lái)說(shuō)，exon2和exon3 序列...
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一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過(guò) 一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時(shí)間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)，新方法出來(lái)了，有更好的的方法...
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Nanopore測(cè)序筆記
原理：基于不同建立經(jīng)過(guò)納米孔時(shí)，電流信號(hào)的差異典型應(yīng)用： 讀長(zhǎng)比較長(zhǎng)，利于拼接 解決動(dòng)植物多倍體高重復(fù)、高雜合的特性 也適用于細(xì)菌拼接 對(duì)RNA直接測(cè)序，無(wú)需反轉(zhuǎn)錄，直接識(shí)別...
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2021-評(píng)估不同軟件組合檢測(cè)ONT數(shù)據(jù)中g(shù)ermline SV的表現(xiàn)
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件列表
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個(gè)方面：從頭注釋（de novo prediction）、同源注釋（homology-based prediction）以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋（tra...
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【Jellyfish和KMC，我應(yīng)該選誰(shuí)？】
比較軟件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用數(shù)據(jù)：大腸桿菌基因組 但是histo文件似乎有一些不一樣。 1、jellyfish的Kmer頻數(shù)統(tǒng)計(jì) 2、...